Полiт.ua Государственная сеть Государственные люди Войти
5 декабря 2016, понедельник, 17:42
Facebook Twitter LiveJournal VK.com RSS

НОВОСТИ

СТАТЬИ

АВТОРЫ

ЛЕКЦИИ

PRO SCIENCE

ТЕАТР

РЕГИОНЫ

Российская наука перед новой угрозой

Профессор Павел Певзнер рассказал "Полит.ру", что он и его коллеги из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки геномов бактерий, известных как «темная материя жизни». Однако новые правила финансирования мегагрантов могут привести к тому, что молодые биоинформатики со своими знаниями и разработками уедут из России.

Открытия

Ученые из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки (секвенирования) геномов бактерий, которые известны как «темная материя жизни». Так ученые называют большинство из тысяч видов бактерий, ранее не поддававшихся современным методам расшифровки геномов, при этом производящих неизвестные антибиотики или живущих в организме человека. «Эта часть жизни на Земле, которая всегда была загадкой, теперь стала доступной для ученых», – сказал руководитель проекта Павел Певзнер, профессор Калифорнийского университета (Сан-Диего, США). 

Традиционные методы чтения геномов требуют по крайней мере миллиона клеток, которые сначала должны быть выращены в лаборатории. Однако 99% бактерий не желают расти в лаборатории и остаются невидимыми для современной науки. Певзнер и его команда продемонстрировали, как читать геномы из одной единственной клетки. Этот результат позволяет изучать микробы, которые играют важную роль в нашей жизни, ведь 10% нашего веса составляют бактерии. Одни могут сильно осложнить нашу жизнь, в то время как другие круглосуточно работают, помогая нам переваривать пищу. Третьи, как недавно показано, даже манипулируют нами, заставляя нас есть больше, чем нам нужно. К сожалению, если мы не знаем львиную долю бактерий, живущих в нас, очень трудно понять, как этот сложный мир внутри нас функционирует. Новый метод позволяет прочитать геномы всех этих игроков, и плохих и хороших.  

Секвенирование отдельных клеток – одна из быстро растущих и наиболее важных областей современной геномики. Осенью 2011 года группа Певзнера в сотрудничестве с пионером по секвенированию одиночных клеток Роджером Ласкеном (Roger Lasken) разработали программу E+V-SC, впервые давшую возможность анализировать геномы отдельных клеток, и опубликовали её в журнале Nature Biotechnology. Новый алгоритм, разработанный российскими учеными (тоже под руководством Певзнера) в рекордно короткий срок и недавно опубликованный в Journal of Computational Biology, на порядок улучшил американский E+V-SC. Алгоритм назвали SPAdes (Saint Petersburg Assembler) и у него есть все шансы стать первым российским брендом в биотехнологии – области, где российская наука никогда не блистала. 

В настоящее время исследователи из Академического Университета РАН используют SPAdes для секвенирования «темной материи жизни» и человеческих патогенов. Напомним, что Певзнер стал одним из победителей первого конкурса мегагрантов. Благодаря мегагранту и ректору Академического университета Жоресу Алферову в Санкт-Петербурге появилась Лаборатории алгоритмической биологии и первая в России магистерская программа в этой области. 

Певзнеру удалось собрать команду из талантливых молодых математиков и программистов, которые поначалу ничего не знали о секвенировании геномов. Все они прошли обучение в школах по биоинформатике и уже два месяца спустя начали разрабатывать SPAdes. «Ассемблирование фрагментов ДНК – задача очень похожая на сборку паззла из миллиарда кусочков. Она считается одной из самых сложных проблем биоинформатики. Разработка нового ассемблера может занять годы у профессиональной биоинформатической лаборатории. Тот факт, что ребята из России без биоинформатического бэкграунда так быстро и справились с нею за полгода, это – замечательно», – так Павел Певзнер прокомментировал работу коллег порталу Phys.org

Планы и угрозы

Планируете ли вы и ваши коллеги перейти от чтения бактериальной «темной материи жизни» к чтению не менее загадочных раковых клеток? 

Чтение индивидуальных раковых клеток – одно из самых горячих направлений в современной геномике. Современная технология требует по крайней мере миллиона клеток, чтобы прочесть раковый геном. А это значит, что рак остается невидимым для современных секвенирующих машин, пока он не наработал первый миллион раковых клеток, а это часто слишком поздно. Вот почему начальные стадии рака (до первого миллиона клеток) остаются тайной за семью замками, а США и Китай вкладывают огромные усилия в чтение индивидуальных клеток для того, чтобы эти замки открыть. И в экспериментальные и в не менее важные вычислительные аспекты этой проблемы. 

Как ваша Санкт-Петербургская лаборатория планирует участвовать в этой гонке? 

Россия сейчас неожиданно стала биоинформатическим лидером в одной из самых быстро развивающих областей геномики, и я горд, что в этой области совсем молодые ребята из моей лаборатории успешно конкурируют (и сотрудничают!) с ведущими геномными центрами. Мы вплотную подошли к созданию, пожалуй, первого мирового бренда в геномной биоинформатике, разработанного в России. 

Однако, отвечая на ваш вопрос о том, как мы планируем продолжать участвовать в этой гонке, я боюсь что никак, так как, по-видимому, моя (и многие другие) мегагрантовская лаборатория скоро закроется. И как это уже неоднократно случалось, идеи, изначально разработанные в России, будут окончательно воплощены в жизнь и коммерциализованы на Западе. В связи с неясными перспективами по поводу продолжения мегагрантов некоторые ребята из моей команды уже начинают упаковывать чемоданы. Скажу откровенно, я их с удовольствием возьму студентами и постдоками в Калифорнийский университет. 

Почему у вас такие мрачные прогнозы по поводу будущего мегагрантов? 

Они не мрачные, а реалистичные. Мегагранты, несомненно, представляли очень своевременный и полезный эксперимент в российской науке. 2 года назад, когда я приехал, в России не было ни одного эксперта по алгоритмам для чтения геномов. А ведь без таких экспертов никакой серьезной геномики и персональной медицины в России быть не может.  Конечно, в России есть биоинформатические звезды, как Михаил Гельфанд, но их можно пересчитать по пальцам одной руки и многие ключевые области в этой стремительно развивающейся дисциплине (как, например, алгоритмическая биология, занимающаяся сборкой геномов) в России просто отсутствуют. Я очень рад, что менее чем за 2 года в России появилась команда мирового класса в этой области. Однако мегагранты, хорошо начав, боюсь, закончат голом в свои ворота. Я не удивлюсь, если некоторые успешные мегагрантовские лаборатории закроются и просто переедут на Запад в 2013 году. 

Дело в том, что финансирование по мегагрантам работало всего 2 года. Ни в одной стране мира серьезные научные проекты такого масштаба не планируются на такой короткий срок – обычно это 5 лет. Петр I это хорошо понимал, когда он давал первые российские мегагранты (аж 1000 золотых рублей в год!). И в результате великий Леонард Эйлер приехал в Россию на 30 лет. 

A вот российское правительство этого, похоже, не понимает. Что еще более неожиданно, по новым правилам, мегагранты можно продолжить только при условии софинансирования в равном размере университетом, в котором была организована лаборатория в рамках мегагранта. Это еще одно чисто российское изобретение – такого нет ни в одной стране мира. Даже в США, стране богатых университетов, особенно по сравнению с российскими университетами, которые часто влачат нищенское существование. Если я бы пришел к своему ректору в Калифорнии и попросил миллион долларов на финансирование, он бы подумал, что я сошел с ума – это просто не функция университетов. Я еще могу представить, что такие огромные университеты как МГУ смогут правдами и неправдами наскрести софинансирование, но моя лаборатория находится в маленьком элитном университете, который в 100 раз меньше МГУ. 

Похоже, вы не очень лестного мнения о новых правилах мегагрантов и о Министерстве образования и науки в целом? 

У меня на самом деле высокое мнение и о нынешнем и о прошлом министре – мне нравятся их инициативы и по мегагрантам и по новой карте российской науки. Но я увидел как в России хорошие инициативы сталкиваются с административной реальностью, когда люди в моей лаборатории полгода не получали зарплату и когда у них заняло год купить первые компьютеры. 

Что же вы предлагаете? 

По гамбургскому счету, российская наука сжалась до уровня одного приличного американского университета в таких ключевых областях, как биология и компьютерные науки - две дисциплины, которые сегодня задают моду в Кремниевой долине. Например, мой университет в США по количеству ученых-звезд значительно впереди «России всей» в этих дисциплинах. Поэтому каждая российская лаборатория мирового уровня сейчас на вес золота. 

В прошлом году я предложил проект создания Российского национального университета (РНУ), направленного на сохранение таких лабораторий. Похоже, что разрабатываемая сейчас «дорожная карта» российской науки преследует ту же цель, и я от всей души желаю ей успеха. Я, правда, не понимаю, почему нужно полгода на создание такой карты – в моих дисциплинах (биологии и компьютерных науках) – я мог бы нарисовать такую карту за пару часов. И я боюсь, что пока Министерство работает над этой картой, ведущие российские команды, созданные мегагрантами, просто переедут на Запад, а то и на Восток. Ведь в Китае и Сингапуре финансирование научных проектов гораздо более стабильно, чем в России. На российский бизнес тоже рассчитывать пока не приходится, так как мало кто из российских бизнесменов понимает финансовые перспективы в геномике и персональной медицине. 

См. также:

Обсудите в соцсетях

Система Orphus

Главные новости

17:33 Инженеры выяснили причину перегрева Galaxy Note 7
17:27 Европа определилась с приоритетами в космических исследованиях
17:13 В разбившемся в Югре автобусе мог пропасть видеорегистратор
17:09 Кировский суд отказал в возвращении дела «Кировлеса» в прокуратуру
16:51 Чечня пообещала добиваться увеличения бюджетных дотаций
16:37 Путин пригласил избранного президента Узбекистана в Россию
16:26 Медведев решил «ограничить аппетиты» чиновников при госзакупках
16:08 Ливийские военные освободили Сирт от ИГ
16:01 Шувалов сообщил об изменении условий поддержки ипотеки
15:47 Минобороны подтвердило гибель в Сирии российского медика
15:41 Песков прокомментировал потерю второго истребителя с «Адмирала Кузнецова»
15:25 Дадина перевели в колонию в Кировской области
14:49 СМИ сообщили о гибели в Алеппо российской медсестры
14:47 Дело о ДТП в Югре передано Главному следственному управлению СКР
14:41 В конце дня шахматисты склонны к более рискованным ходам
14:32 Президентом Узбекистана избран Шавкат Мирзиёев
14:29 Минкомсвязи обсудит с прокурорами зарплату главы «Почты России»
14:08 Арбитраж в Киеве обязал «Газпром» выплатить 6,8 млрд долларов
13:54 «Почта России» запустила свои самолеты
13:26 Источник сообщил о падении в море второго истребителя с «Адмирала Кузнецова»
13:26 Цена барреля Brent впервые за полтора года превысила 55 долларов
13:15 Правительство немного снизило прожиточный минимум
12:56 После гибели детей в аварии в Югре ужесточили правила перевозки
12:52 СМИ: один из самых успешных проектов в области российского ритейла начался с любви к Айн Рэнд
12:51 ООН запросила на гуманитарную помощь рекордные 22,2 млрд долларов
12:44 ВЦИОМ сообщил о 80% счастливых россиян
12:21 Управление делами президента РФ начнет торговать продуктами онлайн
12:08 Второй обломок «Прогресса» обнаружили во дворе дома
11:53 В ВМФ объяснили сопровождение «Адмирала Кузнецова» кораблями НАТО
11:40 Жизнь предложили искать в атмосфере коричневых карликов
11:39 Евро рухнул из-за референдума в Италии
11:22 Кабмин отказался сокращать дотации Чечне
11:11 Суд отказал Навальному в прекращении дела «Кировлеса»
10:52 «Яндекс» решил проблему «телепортации» в районе Кремля
10:42 Дадина перевели в другую колонию
10:30 СМИ анонсировали увеличение суммы «невыездной» задолженности
10:27 В трех российских регионах объявили траур по жертвам ДТП в ХМАО
10:25 Создан протез хвоста для дельфина
10:11 Ученые подтвердили неизменность места гробницы Христа с IV века
10:04 В Минобороны рассказали об обустройстве сирийской базы Хмеймим
09:42 Трамп раскритиковал политику Китая
09:40 В Москве начнется третья волна сноса самостроя
09:19 СМИ сообщили о приписке ЕР голосов в Подмосковье
09:03 Умер председатель Исламского комитета России Гейдар Джемаль
08:54 Премьер Италии заявил об уходе в отставку
08:25 Полиция задержала водителей за нарушение правил движения при ДТП в ХМАО
08:02 Министр американских ВВС оценила опасность России для США
04.12 21:00 Путин выразил соболезнования родным погибших в ДТП в ХМАО
04.12 20:45 Число жертв пожара в ночном клубе в Окленде выросло до 24 человек
04.12 20:31 Организаторы «Евровидения» опровергли перенос конкурса в Москву
Apple Boeing Facebook Google NATO PRO SCIENCE видео ProScience Театр Pussy Riot Twitter аварии на железной дороге авиакатастрофа Австралия автопром Азербайджан Александр Лукашенко Алексей Навальный алкоголь амнистия Анатолий Сердюков Ангела Меркель Антимайдан Армения армия Арсений Яценюк археология астрономия атомная энергия Афганистан Аэрофлот банковский сектор Барак Обама Башар Асад беженцы Белоруссия беспорядки бизнес биология ближневосточный конфликт болельщики «болотное дело» Борис Немцов Бразилия Великая Отечественная война Великобритания Венесуэла Верховная Рада взрыв взятка видеозаписи публичных лекций «Полит.ру» видео «Полит.ру» визовый режим Виктор Янукович «ВКонтакте» ВКС Владимир Жириновский Владимир Путин ВМФ военная авиация Вторая мировая война вузы выборы выборы губернаторов выборы мэра Москвы газовая промышленность «Газпром» генетика Генпрокуратура Германия ГИБДД гомосексуализм госбюджет Госдеп Госдума гражданская авиация Греция Гринпис Грузия гуманитарная помощь гуманитарные и социальные науки Дагестан Дальний Восток День Победы дети Дмитрий Медведев Дмитрий Песков Дмитрий Рогозин доллар Домодедово Донецк драка ДТП Евгения Васильева евро Евромайдан Евросоюз Египет ЕГЭ «Единая Россия» Екатеринбург естественные и точные науки ЖКХ журналисты закон об «иностранных агентах» законотворчество здравоохранение в России землетрясение «Зенит» Израиль Индия Индонезия инновации Интервью ученых интернет инфляция Ирак Ирак после войны Иран Иркутская область ислам «Исламское государство» Испания история История человечества Италия Йемен Казань Казахстан Канада Киев кино Китай Климат Земли, атмосферные явления КНДР Книга. Знание кораблекрушение коррупция космос КПРФ кража Краснодарский край кредиты Кремль крушение вертолета Крым крымский кризис культура Латвия ЛГБТ ЛДПР лесные пожары Ливия Литва литература Луганск Малайзия МВД МВФ медиа медицина междисциплинарные исследования Мексика Мемория метро мигранты МИД России Минздрав Минкульт Минобороны Минобрнауки Минфин Минэкономразвития Минюст мировой экономический кризис «Мистраль» Михаил Саакашвили Михаил Ходорковский МКС Молдавия Мосгорсуд Москва Московская область мошенничество музыка МЧС наводнение налоги нанотехнологии наркотики НАСА наука Наука в современной России «Нафтогаз Украины» некролог Нерусский бунт нефть Нигерия Нидерланды Нобелевская премия Новосибирск Новые технологии, инновации Нью-Йорк «Оборонсервис» образование ОБСЕ общественный транспорт общество ограбление Одесса Олимпийские игры ООН оппозиция опросы оружие отставки-назначения Пакистан Палестинская автономия пенсионная реформа Пентагон Петр Порошенко погранвойска пожар полиция Польша правительство Право «Правый сектор» преступления полицейских преступность происшествия публичные лекции Рамзан Кадыров РАН Революция в Киргизии рейтинги религия Реформа армии РЖД Роскомнадзор Роскосмос Роспотребнадзор Россельхознадзор Российская академия наук Россия Ростовская область РПЦ рубль русские националисты Санкт-Петербург санкции Саудовская Аравия Сбербанк связь связь и телекоммуникации Севастополь сельское хозяйство сепаратизм Сергей Лавров Сергей Собянин Сергей Шойгу Сирия Сколково Славянск Следственный комитет следствие Совет Федерации социальные сети Социология в России Сочи Сочи 2014 «Спартак» «Справедливая Россия» спутники СССР стихийные бедствия Стихотворения на случай стрельба суды суицид США Таиланд Татарстан театр телевидение теракт терроризм технологии транспорт туризм Турция тюрьмы и колонии убийство Украина Федеральная миграционная служба физика Финляндия ФИФА фондовая биржа Фоторепортаж Франсуа Олланд Франция ФСБ ФСИН ФСКН футбол Хабаровский край хакеры Харьков химическое оружие хоккей Центробанк Цикл бесед "Взрослые люди" Челябинская область Чечня шахты Швейцария Швеция школа шпионаж Эбола Эдвард Сноуден экология экономика экономический кризис экстремизм Южная Корея ЮКОС Юлия Тимошенко ядерное оружие Япония

Редакция

Электронная почта: politru.edit1@gmail.com
Адрес: 129343, Москва, проезд Серебрякова, д.2, корп.1, 9 этаж.
Телефоны: +7 495 980 1893, +7 495 980 1894.
Стоимость услуг Полит.ру
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003г. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2014.