Полiт.ua Государственная сеть Государственные люди Войти
1 мая 2017, понедельник, 01:40
Facebook Twitter LiveJournal VK.com RSS

НОВОСТИ

СТАТЬИ

АВТОРЫ

ЛЕКЦИИ

PRO SCIENCE

СКОЛКОВО

РЕГИОНЫ

15 сентября 2012, 21:41

Что управляет генами

Прошлая неделя ознаменовалась прецедентом, который случается в научном мире нечасто. В среду, 5 сентября 2012 года, авторитетные научные журналы Nature, Genome Research и Genome Biology скоординировано опубликовали серию из тридцати статей, открытых для свободного доступа, которые посвящены одному исследованию. Кроме того, обзорные статьи вышли в журналах Science, Cell и ряде других. В совокупности эти публикации представляют результаты пятилетней работы международного проекта по аннотированию функциональных элементов генома человека. 

Объем собранных и проанализированных данных, передаваемых в пользование научному сообществу, колоссален. По словам координатора проекта Эвана Бирни (Ewan Birney) из Европейского института биоинформатики (Кембридж), для их распечатки понадобится лента 16 метров в ширину и 30 километров в длину, если 1 кв. см. будет соответствовать 1000 пар оснований ДНК. Однако кратко сформулировать главный итог исследований можно. Он звучит так: большая часть (80.4%) генома человека задействуется в биохимической активности клеток. И если до недавнего времени считалось, что наша ДНК преимущественно заполнена бесполезными последовательностями, то теперь такой взгляд, скажем аккуратно, поставлен под сомнение. 

Эван Бирни (в центре) с коллегами по проекту. Фото: genome.gov

Представлять роль каждого участка генома важно не только с позиций фундаментального знания, но и в связи с очевидными практическими задачами. Многолетние попытки установить генетическую компоненту многочисленных заболеваний и осложнений имеют пока очень ограниченный успех. Расшифровав геном человека, ученые получили в свое распоряжение текст, в котором понятное значение имеют не более 3% слов. Именно столько суммарно занимают гены – последовательности, кодирующие белки.

Чем занята остальная «темная материя» генома, выяснить гораздо сложнее. Было естественно предположить, что некая очень небольшая часть приходится на регулирующие элементы, тогда как остальное пространство – до 95% всей ДНК – представляет собой накопленный эволюцией мусор, не несущий никакой функции. С целью найти эти значимые участки (помимо генов) был создан научный консорциум, финансируемый Национальным институтом изучения генома человека (NHGRI). Проект, получивший название «Энциклопедия ДНК элементов» (Encyclopedia of DNA Elements), для краткости ENCODE, стартовал в 2003 году. Он объединил свыше 440 специалистов из 32 лабораторий, находящихся в разных странах.  

Первые четыре года ушли на то, чтобы проверить варианты и определиться с технологиями, методами обработки, выявить тонкие места и получить первый реальный результат. В 2007 году ENCODE представил данные, охватывающие суммарно 1% ДНК. Уже тогда можно было говорить о том, что полученные цифры значительно превышают прогнозируемые. Из анализа следовало, что большая часть человеческой ДНК служит матрицей для разнообразных молекул РНК, причем эти последовательности часто перекрывают друг друга. 

Консорциум обнаружил множество ранее неизвестных сайтов инициации транскрипции (т.е.  специфических последовательностей ДНК, на которых происходит сборка комплекса белков (не РНК), осуществляющих транскрипцию) и регуляторные участки, расположенные не до, а после них (в направлении 3'). Картина организации генома усложнялась, взаимосвязи между его фрагментами походили на хитро сплетенную сеть. Тем не менее, в силу незначительности процента изученных областей выводы, полученные в ходе пилотного этапа, можно и нужно было считать крайне предварительными. 

На сегодняшний день ENCODE обладает внушительным объемом информации уже по всему человеческому геному. В общей сложности база состоит из 1640 отдельных массивов данных, собранных на основе работы со 147 типами клеток, включая раковые и эмбриональные. Согласно ENCODE, одни только сайты связывания факторов транскрипции занимают минимум 8% генома, что существенно превосходит допроектные прогнозы.

исследование ДНК. Фото: gbcghana.com

Важный результат исследований состоит в том, что регулирующая ДНК занимает в разы больше места, нежели кодирующая, относимая к генам. При этом, как показал сравнительный анализ, эволюция первой отличается от эволюции второй. Взяв ген человека, мы в большинстве случаев найдем у мыши практически такой же. Однако это правило не работает для регуляторных элементов. Получается, именно они, а не гены, ответственны за львиную долю видовых различий между организмами. В ходе проекта также обнаружилось множество участков, регулирующих транскрипцию генов, значительно удаленных от них «по тексту», иногда даже находящихся на других хромосомах. Тем самым модель линейных взаимодействий приобретает трехмерный вид. То, какими элементами управляется активность гена, зависит не только от молекулярной последовательности, но и от ее пространственной упаковки.

Предварительные данные, полученные в 2007 году, подтвердились. С подавляющей части ДНК считываются транскрипты, а верхняя граница оценки функционального генома составляет 80%. Это исключительно высокий показатель, не вписывающийся ни в какие разумные предположения, сделанные ранее. Что примечательно, некодирующие молекулы РНК распределены внутри клетки неравномерно и, кроме того, специфично относительно ее типа. Иными словами, в клетке печени набор РНК будет отличаться от набора, характерного для клетки кожи, а молекулы в ядре - от молекул в цитоплазме. 

Столь усложненная картина регуляции возвращает нас к вопросу генетических факторов заболеваний. Последние годы в интересах медицины проводятся так называемые полногеномные исследования, которые нацелены на поиск однонуклеотидных полиморфизмов (различий между людьми в одну букву генома), связанных с той или иной болезнью. Как ни удивительно, изо всех найденных к настоящему времени полиморфизмов (снипов – SNPs) лишь незначительный процент приходится непосредственно на гены.

Вместе с тем, в ходе исследований ENCODE удалось установить, что большая часть снипов либо находится внутри функциональных элементов, либо поблизости от них. Таким образом, во многих случаях те или иные расстройства могут быть ассоциированы с конкретным типом клеток или фактором транскрипции. Это настолько обнадеживающие данные, что участники консорциума потратили дополнительные усилия, чтобы перепроверить свои результаты. 

В то же время будет преувеличением считать, что итоги второго этапа ENCODE содержат в себе сенсацию. Как отмечалось выше, многие принципы и оценки просматривались уже в прошлом десятилетии, на основе исследований отдельных генетических фрагментов.

Сегодняшний прорыв состоит, прежде всего, в масштабности полученной картины. Теперь с уверенностью можно утверждать, что геном человека не представляет собой на 95% инертную пустыню, никак не влияющую на происходящие процессы.

Возможно, с понятием «мусорная ДНК» придется обращаться осторожнее, либо вовсе отказаться от подобной метафоры. Авторы проекта, в свою очередь, сравнивают геном с джунглями: непролазная чаща, где легко можно заблудиться и где приходится очень тщательно выбирать маршрут, чтобы  добраться до нужного места. 

Проект ENCODE показывает, как на наших глазах усложняется картина взаимодействия транскриптов, хроматина и ДНК. Участки перекрывают друг друга, читаются в обе стороны, управляются удаленными элементами, а РНК транскрибируются почти по всей длине генома. Именно принципы и механизмы регуляции выходят на первый план, если речь идет о понимании биологии человека. Члены консорциума в своих комментариях отмечают, что полученные результаты потребуют изменений и в учебниках - в том, как там описываются и излагаются многие генетические концепции. В частности, они полагают, что фундаментальной единицей наследственности следует считать не традиционный ген, а транскрипт, либо еще радикальнее – всякую устойчиво воспроизводящуюся в поколениях биохимически значимую структуру генома.

Вместе с тем то, что предоставил проект ENCODE, не является готовым ответом – скорее, это огромный кладезь информации, в которой еще предстоит разбираться. 

Пока неизвестно, например, какую роль играют многочисленные РНК, считывающиеся с разных мест генома, и оправдано ли рассматривать их в качестве полноценных функциональных элементов. Позиция участников проекта на этот счет уже вызвала критику со стороны ряда специалистов и породила ожесточенные споры. Во многом итоговые цифры зависят от трактовки понятия «функциональность». Если под ней понимать нечто, влияющее на биохимические свойства клетки, тогда 80% ДНК человека попадут в данный сегмент. Но можно выбрать консервативный подход и считать функциональным только то, что выраженно сказывается на фенотипе организма и подвержено естественному отбору. В этом случае оценка будет существенно ниже и составит порядка 20%. С другой стороны, далеко не все признаки организма непосредственно влияют на выживаемость. Например, отбор может быть нейтрален к участкам генома, влияющим на форму носа, но будет нелепо отказать им в функциональности. 

В рамках ENCODE проделана необходимая, очень трудоемкая и скрупулезная работа. Однако времени почивать на лаврах практически нет: впереди еще более масштабные и сложные задачи. Прежде всего, очень важно получить ту же информацию в динамике: имеющиеся на сегодня данные отражают лишь один конкретный момент в жизни клеток. Знать, как меняется регуляция во времени, было бы исключительно полезно, для медицины - в первую очередь. Значительная часть анализа проводилась по клеточным линиям, но более корректная информация может быть получена в результате работы с клетками разных тканей одного человека. 

Кроме того, сама номенклатура типов клеток, исследованных в рамках ENCODE, далеко не полна. Множество других типов лишь предстоит изучить. То же относится и к факторам транскрипции: в ходе проекта было использовано лишь 119 из возможных 1800. В целом это серьезное основание, чтобы предполагать, что оценки доли функциональных элементов занижены. Будущие эксперименты с другими факторами и клетками могут существенно поднять нижнюю границу. 

Пока не был проанализирован полный геном одной клетки: в рамках имеющихся технологий обрабатывались большие количества клонов, и всякий раз речь фактически идет об усредненном геноме. Еще один возможный вызов – аннотация функциональных элементов шимпанзе и других значимых видов. Эволюция теперь все отчетливее предстает не как процесс модификации генов, а как изменение их регулирования. Возможно, именно там, в якобы «мусорной» ДНК, и содержится то, что придает человеку сложность, отличающую его от эволюционных родственников. Ту сложность, которую надеялись - и не смогли обнаружить в генах. 

Огромный массив информации, полученный ENCODE, обладает интересной парадоксальной чертой. С одной стороны, он приумножил сведения о геноме человека, находящиеся в распоряжении науки. Однако, с другой – открыл перед нами глубину нашего незнания. Проект ENCODE неизбежно переходит к третьему этапу. В завершение уместно будет привести слова многолетнего координатора проекта Эвана Бирни, сказанные на днях в интервью журналу Scientific American:«У меня стойкое ощущение, что раньше я не был осведомлен относительно собственной неосведомленности, но сейчас я ее осознаю. Всегда несколько удручает узнать степень собственного невежества. Но в этом, в том числе, и заключается прогресс».  

* * *

Алексей Кондрашов

"Полит.ру" обратилось за комментарием о главных итогах проекта к профессору Института биологических наук и кафедры экологии и эволюционной биологии Мичиганского университета США Алексею Кондрашову. Публикуем его ответ:

«Новизна этого проекта не идейная – это все хорошо известно по кускам, - а технологическая: огромная толпа коллективно аннотировала геном человека и много чего якобы нашла. Многое вызывает у меня сомнение – в частности, у них уж совсем не остается места для нейтральной эволюции. Я всегда был сторонником высокой доли важной ДНК (10% – вместо более популярных 5%), но 80% - полагаю, это перебор. Но информации там очень много, и это некий важный этап в исследовании генома человека».

 

* * *

Доктор биологических наук, старший научный сотрудник Института палеонтологии РАН Александр Марков прокомментировал в своем Живом журнале итоги проекта ENCODE так:

«...На самом деле эти 80% – это то, что удалось проаннотировать, то есть понять, что это такое в принципе, а не то, что жизненно необходимо организму. В эти 80% попали и все интроны (ну как же, они ведь транскрибируются), и все ретротранспозоны (ну как же, в них же есть промоторы и даже белок-кодирующие гены). Это примерно как если бы исследовали городскую свалку и объявили: так называемая свалка содержит множество ценных предметов с понятной функцией: там много топлива, ценного сырья для химической промышленности, корма для свиней, и даже множество совершенно целых, неповрежденных, нормально размножающихся пушистых зверьков, пригодных и для научных экспериментов, и в качестве домашних питомцев. Поэтому так называемая свалка – вовсе не свалка, а мусор – вовсе не мусор» (Ред. см. также дискуссию http://vigna.livejournal.com/163150.html). 

Обсудите в соцсетях

Система Orphus
Loading...

Главные новости

20:50 Путин провел хоккейную тренировку в Сочи
20:24 СМИ рассказали о поручении Кремля пресекать атаки на оппозиционеров
20:02 Польша отстранила консула в США из-за фото Туска в форме СС
19:33 ЦСКА уступил «Спартаку»
19:08 КНДР пообещала потопить атомную подлодку ВМС США
18:45 Трамп назвал согласие с Россией возможным
18:19 Умер украинский писатель и поэт Борис Олейник
17:47 Автор плана аренды Крыма опроверг слухи о лишении гражданства Украины
17:12 Боттас выиграл Гран-при России в гонках «Формула-1»
16:33 В Крыму ответили на строительство украинской дамбы
16:05 Путин наградил Киркорова орденом Почета
15:27 Навальный обвинил Кремль в нападении на него с зеленкой
14:53 Российский фильм получил Гран-при Academia Film Olomouс
14:22 СМИ узнали о подготовке двух терактов в Лондоне
13:43 Работник метро в Петербурге после теракта попал под следствие за халатность
13:23 СМИ назвали источник изъятой у Захарченко валюты
12:51 Украина построила дамбу для блокировки подачи воды в Крым
12:05 При крушении самолета на Кубе погибли восемь человек
11:26 Крупнейший в мире гидросамолет прошел наземное испытание
10:54 Сноуден получил премию за вклад в защиту свободы слова
10:20 Порошенко лишил гражданства Украины автора плана по «аренде» Крыма
09:47 Власти Турции объяснили блокировку Wikipedia
09:23 Владимир Кличко проиграл британцу Джошуа
09:06 Трамп подвел итоги первых 100 дней президентства
29.04 20:55 Аваков заявил об отказе Интерпола объявлять Яценюка в розыск по просьбе РФ
29.04 20:33 Шарапова проиграла в полуфинале теннисного турнира в Штутгарте
29.04 19:55 На сотрудника петербургского метро завели дело после теракта
29.04 19:29 Арестован подозреваемый в убийстве провизора аптеки в Москве
29.04 18:56 ЕС принял стратегию с требованием компенсации за Brexit
29.04 18:28 Москва потребовала от Вашингтона доказательств применения химоружия в Сирии и Ираке
29.04 17:56 МИД назвал размещение ПРО в Польше нарушением договора РСМД
29.04 17:33 Марин Ле Пен назвала кандидата в премьеры Франции
29.04 16:51 Посол РФ в Норвегии предупредил о последствиях размещения системы ПРО
29.04 16:24 Несогласованная акция «Открытой России» в Москве завершилась без задержаний
29.04 15:48 Мутко заявил о полной готовности РФ к проведению Кубка конфедераций
29.04 15:28 Улюкаев во время пробежки опроверг информацию о плохом самочувствии
29.04 14:52 В Минкульте объяснили выселение центра Рерихов из усадьбы Лопухиных
29.04 14:33 На акции «Открытой России» в Петербурге задержаны 30 человек
29.04 13:51 В Киргизии при сходе оползня погибли 24 человека
29.04 13:23 Песков прокомментировал «тайное» общение Путина и Порошенко
29.04 12:51 Власти Турции заблокировали доступ к Wikipedia
29.04 12:30 СКР заявил о наличии доказательств причастности Яценюка к расстрелам в Чечне
29.04 11:53 Американский авианосец «Карл Винсон» вошел в Японское море
29.04 11:29 В Крыму активисты «выполнили» обещание Аксенова вывалить мусор у домов чиновников
29.04 10:59 Венесуэла уведомила о выходе из Организации американских государств
29.04 10:28 В Совфеде заявили о приведении ПВО на Дальнем Востоке в боевую готовность
29.04 09:54 Президент Черногории назвал вступление в НАТО гарантией «вечного существования»
29.04 09:41 В Госдепе прокомментировали признание «Открытой России» нежелательной организацией
29.04 09:17 КНДР провела третий за месяц неудачный запуск баллистической ракеты
28.04 20:59 В Москве при нападении на аптеку погибла провизор
Apple Boeing Facebook Google IT NATO PRO SCIENCE видео ProScience Театр Pussy Riot Twitter аварии на железной дороге авиакатастрофа Австралия Австрия автопром администрация президента Азербайджан акции протеста Александр Лукашенко Алексей Кудрин Алексей Навальный Алексей Улюкаев алкоголь амнистия Анатолий Сердюков Ангела Меркель Антимайдан Армения армия Арсений Яценюк археология астрономия атомная энергия аукционы Афганистан Аэрофлот баллистические ракеты банковский сектор банкротство Барак Обама Башар Асад Башкирия беженцы Белоруссия Белый дом Бельгия беспорядки бизнес биология ближневосточный конфликт бокс болельщики «болотное дело» большой теннис Борис Немцов Бразилия ВВП Великая Отечественная война Великобритания Венесуэла Верховная Рада Верховный суд взрыв взятка видеозаписи публичных лекций «Полит.ру» видео «Полит.ру» визовый режим Виктор Янукович вирусы Виталий Мутко «ВКонтакте» ВКС Владивосток Владимир Жириновский Владимир Маркин Владимир Мединский Владимир Путин ВМФ военная авиация Волгоград ВТБ Вторая мировая война вузы выборы выборы губернаторов выборы мэра Москвы газовая промышленность «Газпром» генетика Генпрокуратура Германия ГИБДД ГЛОНАСС Голливуд гомосексуализм госбюджет Госдеп Госдума госзакупки гражданская авиация Греция Гринпис Грузия гуманитарная помощь гуманитарные и социальные науки Дагестан Дальний Восток деньги День Победы дети Дмитрий Медведев Дмитрий Песков Дмитрий Рогозин доллар Домодедово Дональд Трамп Донецк допинг дороги России драка ДТП Евгения Васильева евро Евровидение Еврокомиссия Евромайдан Евросоюз Египет ЕГЭ «Единая Россия» Екатеринбург ЕСПЧ естественные и точные науки ЖКХ журналисты Забайкальский край закон об «иностранных агентах» законотворчество здравоохранение в России землетрясение «Зенит» Израиль Индия Индонезия инновации Интервью ученых интернет инфляция Ирак Ирак после войны Иран Иркутская область искусство ислам «Исламское государство» Испания история История человечества Италия Йемен Казань Казахстан казнь Калининград Камчатка Канада Киев кино Киргизия Китай Климат Земли, атмосферные явления КНДР Книга. Знание Компьютеры, программное обеспечение кораблекрушение коррупция космодром Восточный космос КПРФ кража Краснодарский край Красноярский край кредиты Кремль крушение вертолета Крым крымский кризис Куба культура Латвия ЛГБТ ЛДПР Левада-Центр легкая атлетика лесные пожары Ливия лингвистика Литва литература Лондон Луганск Малайзия МВД МВФ медиа медицина междисциплинарные исследования Мексика Мемория метро мигранты МИД России Минздрав Минкомсвязи Минкульт Минобороны Минобрнауки Минтранспорта Минтруд Минфин Минэкономразвития Минюст мировой экономический кризис «Мистраль» Михаил Саакашвили Михаил Ходорковский МКС Молдавия Мосгорсуд Москва Московская область мошенничество музыка МЧС наводнение Надежда Савченко налоги нанотехнологии наркотики НАСА наука Наука в современной России «Нафтогаз Украины» недвижимость некоммерческие организации некролог Нерусский бунт нефть Нигерия Нидерланды Нобелевская премия Новосибирск Новые технологии, инновации Новый год Норвегия Нью-Йорк «Оборонсервис» образование обрушение ОБСЕ общественный транспорт общество ограбление Одесса Олимпийские игры ООН оппозиция опросы оружие отставки-назначения Пакистан палеонтология Палестинская автономия Папа Римский Париж ПДД педофилия пенсионная реформа Пентагон Петр Порошенко пищевая промышленность погранвойска пожар полиция Польша похищение права человека правительство Право правозащитное движение «Правый сектор» преступления полицейских преступность Приморский край происшествия публичные лекции Рамзан Кадыров РАН Революция в Киргизии Реджеп Эрдоган рейтинги религия Реформа армии РЖД ритейл Роскомнадзор Роскосмос Роспотребнадзор Россельхознадзор Российская академия наук Россия Ростов-на-Дону Ростовская область РПЦ рубль русские националисты РФС Санкт-Петербург санкции Саудовская Аравия Сахалин Сбербанк Свердловская область связь связь и телекоммуникации Севастополь сельское хозяйство сепаратизм Сербия Сергей Лавров Сергей Собянин Сергей Шойгу Сирия Сколково Славянск Следственный комитет следствие смартфоны СМИ Совбез ООН Совет по правам человека Совет Федерации сотовая связь социальные сети социология Социология в России Сочи Сочи 2014 «Спартак» спецслужбы «Справедливая Россия» спутники СССР Ставропольский край стихийные бедствия Стихотворения на случай страхование стрельба строительство суды суицид США Таджикистан Таиланд Татарстан театр телевидение телефонный терроризм теракт терроризм технологии транспорт туризм Турция тюрьмы и колонии убийство УЕФА Украина Условия труда ФАС Федеральная миграционная служба физика Филиппины Финляндия ФИФА фондовая биржа фоторепортаж Франсуа Олланд Франция ФСБ ФСИН ФСКН футбол Хабаровский край хакеры Харьков Хиллари Клинтон химическое оружие хоккей хулиганство Центробанк ЦИК Цикл бесед "Взрослые люди" ЦСКА Челябинская область Чехия Чечня ЧМ-2018 шахты Швейцария Швеция школа шоу-бизнес шпионаж Эбола Эдвард Сноуден экология экономика экономический кризис экстремизм Эстония Южная Корея ЮКОС Юлия Тимошенко ядерное оружие Япония

Редакция

Электронная почта: politru.edit1@gmail.com
Адрес: 129343, Москва, проезд Серебрякова, д.2, корп.1, 9 этаж.
Телефон: +7 495 980 1894.
Стоимость услуг Полит.ру
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003г. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2014.