Полiт.ua Государственная сеть Государственные люди Войти
24 февраля 2017, пятница, 11:03
Facebook Twitter LiveJournal VK.com RSS

НОВОСТИ

СТАТЬИ

АВТОРЫ

ЛЕКЦИИ

PRO SCIENCE

СКОЛКОВО

РЕГИОНЫ

Константин Попадьин

#ЗНАТЬ. «По-моему, я все время был в науке»

Константин Попадьин
Константин Попадьин
Фото: Наташа Четверикова/polit.ru

В преддверии лекции 6 декабря в рамках Фестиваля Публичных лекций #ЗНАТЬ мы побеседовали с биологом, научным сотрудником Института проблем передачи информации РАН Константином Попадьиным.

Как вы пришли в науку?

Я даже не помню. По-моему, я все время был в науке. В детстве я во всякие кружки ходил – экологические, биологические. Дед мой любил выращивать всякие редкие растения. Я участвовал в олимпиадах начиная с седьмого класса. В школе я сразу полюбил биологию, экологию – вообще все науки, но биологию и экологию больше. Поэтому, наверное, большого выбора у меня не было. Я начал участвовать в олимпиадах, стал занимать хорошие места, ездил по разным городам. Это все мне было интересно. И, наверное, уже тогда я сильно не задумывался, куда идти. Я хотел в какой-то университет, где есть биология. Конечно, было много выбора – МГУ, не МГУ. Но начиная со второй половины старшей школы, я более или менее понимал, что я хочу изучать биологию. Всякие детали определялись еще долго, до сих пор определяются. Я прыгаю из одной области в другую, но, по крайней мере, общее направление остается.

Интерес к биологии сформировался благодаря школе или помимо школы?

Сложно сказать. Я не могу сказать, что у меня были очень хорошие учителя, которые бы меня сильно заинтересовывали биологией. Я, честно говоря, не знаю, почему мне так понравилась в последних классах школы биология. Возможно, я прочитал несколько хороших книжек, что-то типа «Эгоистичного гена» Докинза – такие популярные книжки, которые многих завлекают. Но я не ассоциирую это с какими-то конкретными людьми или учителями. Пожалуй, кружок. Я родился в Рязани. В Рязани был Дом пионеров, и в нем был биологический кружок. И там мы делали разные вещи – считали, сколько лишайников на дереве, придумывали, почему они отличаются и так далее. В общем, мы ходили по городу, все изучали, пытались объяснить. Это было интересно. И может быть, это было одним из таких важных событий, которые меня подтолкнули идти дальше в биологию, экологию. Возможно, да. Кружок в Доме пионеров. Сейчас это называется Дворец детского творчества, раньше это был Дом пионеров.

Что было после того, как вы поступили в университет?

Я очень долго выбирал конкретную область. В университет я поступил на биофак МГУ на одно отделение (там есть несколько отделений). Одно более натуралистичное – зоолого-ботаническое. Другое более молекулярное. Я поступил на молекулярное. Долго ходил, мучился, думал, что же мне делать на этом молекулярном отделении. После первого года на этом отделении я перевелся на другое отделение, зоолого-ботаническое, немало удивив всех, потому что молекулярное было более престижным и сложным. Я что-то искал, сам не понимал что. Я беседовал с профессорами, приставал ко всем, просил советов и в итоге перешел на это более натуралистичное отделение, где зоология и ботаника, классические науки, были основными. Молекулярную биологию, генетику люди изучали не так глубоко.

А потом все равно, будучи на зоолого-ботаническом отделении, закончив кафедру зоологии позвоночных (очень хорошая кафедра, мне очень нравится), стал заниматься в итоге генетикой, молекулярной биологией, но на другом уровне. На уровне компьютерной генетики, на уровне биоинформатики. То есть далее у меня довольно часто менялись темы, я пытался изучать одну область, потому другую, более генетическую, более эволюционную. И до сих пор я сижу как будто на двух стульях, даже между тремя стульями. У меня все проекты связаны с классической генетикой, с анализом геномов, с экологией. У меня есть такой экологический бэкграунд, и эволюция. Между этими тремя науками есть много проблем, много интересных вопросов. Когда у тебя есть возможность проверить эволюционные гипотезы, имея в руках и изучая как экологические данные, так и генетические, у тебя просто больше степеней свободы. Ты можешь больше придумать и проверить всяких гипотез. То есть эта область мне нравится до сих пор. И многие статьи, многие проекты я делаю на стыке эволюции, экологии и генетики. Это отражает мои блуждания по наукам, мои переходы с одного отделения на другое, поиск тем.

Почему вы решили в своей грядущей лекции рассказать о «молодых и старых генах в геноме человека»?

Выбор темы на лекцию был достаточно тривиальным и рациональным. Это то, чем я плотно занимался последний год. Просто сейчас эта тема, эта область в голове, в оперативной памяти. Мне достаточно быстро собрать всю интересную, более или менее популярную информацию, чтобы прочитать лекцию. Наверное, в среднем, раз в год, как и любой, наверное, ученый, я немного меняю темы, перехожу на новые проекты. И последний проект, созревший, который сидит у меня в оперативной памяти в голове – это возраст генов в нашем геноме. В этой теме всегда можно найти что-то интересное для широкой публики. Поэтому это то, что, как это ни пошло звучит, что мне легче всего будет интересно рассказать широкой аудитории. Я думаю, в следующем году возраст генов у меня уже не будет приоритетным направлением. А сейчас это проще и интереснее из всего, что я смогу рассказать.

Когда вы начали заниматься биоинформатикой?

Знаете, биоинформатика – достаточно большая наука, я думаю, я ее всю не знаю. Я занимался маленьким ее кусочком, сравнивал геномы разных зверей, пытался понять, почему они разные. И примерно этим я занимаюсь и сейчас. Просто сравниваю не только геномы, но и траскриптомы, то есть не только ДНК, но и то, как каждый ген интенсивно работает, скажем так. Один сильно работает, другой слабо экспрессируется, как мы это называем. И вместо разных зверей, разных млекопитающих, сейчас я сосредоточился на разных людях. Анализирую изменчивость внутри человеческой популяции. Но, в общем-то, я знаю этот маленький и не очень репрезентативный кусочек биоинформатики. Я себя в биоинформатике ощущаю юзером. Я использую много существующих программ, я пишу простенькие свои программки, скрипты.

А на каких языках пишете скрипты?

В основном это PERL и язык R, статистический язык. И на самом деле 95% времени я работаю на языке R и 5% времени на языке PERL.

Используя R, вы ведь фактически привязаны к данным довольно ограниченного объема?

Да. R любит все держать в оперативной памяти, и есть проблема, поэтому приходится пользоваться и другими программками. Вообще очень хорошо, выгодно иногда коллаборировать с лабораториям, которые занимаются какой-то областью, например, изучают транскриптомы людей, уровень экспрессии каждого гена. От них можно получить данные высокого качества, мы это называем метаданными. То есть большие таблицы, которые уже как-то обработаны, - это уже не совсем сырые данные эксперимента. Это уже высокого качества промежуточные данные. Соответственно, их меньше уже будет, то бишь, многие анализы можно гонять даже на ноутбуке. И они уже качественные и чистые. То есть можно сказать, что ты снимаешь сливки с хороших результатов, которые были получены для каких-то других целей, более функциональных генетических целей. Имея доступ к таким данным, ты ставишь другие вопросы. Ты понимаешь, что имея эти данные, ты можешь решить другой вопрос, ты ставишь вопрос, пробуешь его решить.

Поэтому я не всегда я начинаю проект с каких-то очень сырых данных, когда я скачиваю уровень экспресии каждого гена или скорость эволюции, выравнивание, из каждого банка. То есть частенько я начинаю свой проект уже с хороших предобработанных данных, полученных в результате труда нескольких людей, результаты свежей публикации. Тогда ты уверен, что работаешь с данными хорошего качества, часто с уникальными данными, если ничего не опубликовано, а ты просто напросился иметь доступ к этим данным. Это помогает быть уверенным, что ты не анализируешь какой-то шум, которого очень много. Это помогает быть на волне. То есть когда ты анализируешь новые уникальные данные, это всегда более интересно и более выгодно, скажем так.

Продолжение следует 

Обсудите в соцсетях


ПОДГОТОВКА ИНТЕРВЬЮ: Анна Сакоян
Система Orphus
Loading...

Главные новости

11:03 В Москве началось прощание с Виталием Чуркиным
10:53 Трамп подтвердил претензии к России из-за развертывания ракетных комплексов
10:36 Южная Корея призвала американцев включить КНДР в список спонсоров терроризма
10:16 Депутаты России и Украины обсудили Донбасс в рамках ПА ОБСЕ
10:01 ФБР отказалось рассказать СМИ о связях администрации Трампа с россиянами
09:45 Палата представителей Нидерландов одобрила соглашение Украины с ЕС
09:22 Брата Ким Чен Ына отравили нервно-паралитическим газом
09:07 Временным постпредом России при ООН стал заместитель Чуркина
23.02 21:00 Суд в Вене отказал в аресте Фирташа по запросу Испании
23.02 20:40 ВТО отклонила апелляцию России по спору с ЕС
23.02 20:11 Канцлер Австрии призвал ЕС смягчить санкции против России
23.02 19:33 В Москве задержали посетителей антивоенного концерта
23.02 19:07 В Бобруйске при взлете загорелся МиГ-29
23.02 18:42 Алексея Петренко похоронят 27 февраля на Никольском кладбище
23.02 18:20 Экс-глава МВФ получил 4,5 года тюрьмы
23.02 17:54 На Украине нашли похищенного депутата
23.02 17:19 Путин назвал цели России в Сирии
23.02 16:43 Сирийская оппозиция взяла оплот ИГ на севере Алеппо
23.02 16:09 Transparency International нашла конфликт интересов в Минобороны из-за «Суперджетов»
23.02 15:39 На Украине похитили депутата Рады
23.02 15:01 Facebook досрочно разблокировал аккаунт советника Путина
23.02 14:22 Космический грузовик Dragon пристыковался к МКС
23.02 14:00 Россия попросит мировые державы выделить миллиарды на восстановление Сирии
23.02 13:31 Путин возложил венок к Могиле Неизвестного Солдата в Москве
23.02 13:09 Тело Виталия Чуркина доставили в Москву
23.02 12:45 Кабмин предложил следить за осужденными за нетяжкие «наркотические» преступления
23.02 12:05 В Екатеринбурге мигранты организовали акцию протеста против депортации
23.02 11:47 Саакашвили обвинили в посягательстве на суверенитет Украины
23.02 11:23 Трамп отложил публикацию нового миграционного указа
23.02 11:00 Малайзия обратилась в Интерпол в связи с убийством брата Ким Чен Ына
23.02 10:42 Власти Нью-Йорка отказались оплачивать охрану башни Трампа
23.02 10:24 Дэвид Боуи получил две Brit Awards посмертно
23.02 10:04 Генсек ООН предложил создать управление по борьбе с терроризмом
23.02 09:58 Генпрокуратура попросила отменить приговор осужденной за репост Чудновец
23.02 09:49 МИД Японии осудил размещение российской дивизии на Курилах
23.02 09:32 Кабмин выдвинул Сердюкова в совет директоров ОАК
23.02 08:54 Умер актер Алексей Петренко
22.02 21:00 Генсек Совета Европы выступил по поводу дела Дадина
22.02 20:41 В Белоруссии согласились выборочно впускать по паспортам ДНР и ЛНР
22.02 20:19 Росстат зафиксировал рост доходов россиян после выплаты 5 тысяч пенсионерам
22.02 20:00 Во главе полиции Лондона впервые стала женщина
22.02 19:47 Путин повысил в звании руководивших операцией в Сирии генералов
22.02 19:26 Правительство расширит список препятствующих тюрьме заболеваний
22.02 19:06 Экс-главред РИА Новости ушла из Сбербанка
22.02 18:44 В Саратове катафалк вновь приехал раньше скорой
22.02 18:24 Советник Путина по интернету заявил о переходе «ВКонтакте» из-за блокировки в Facebook
22.02 18:15 Глава «Ростелекома» отправлен в отставку
22.02 18:02 Депутаты одобрили перевод бюджетников на карты «Мир»
22.02 17:47 Вооруженный мужчина ворвался в салон Ксении Бородиной в центре Москвы
22.02 17:37 Московские врачи лишились обязательных доплат за ученые степени
Apple Boeing Facebook Google IT NATO PRO SCIENCE видео ProScience Театр Pussy Riot Twitter аварии на железной дороге авиакатастрофа Австралия Австрия автопром администрация президента Азербайджан акции протеста Александр Лукашенко Алексей Кудрин Алексей Навальный Алексей Улюкаев алкоголь амнистия Анатолий Сердюков Ангела Меркель Антимайдан Армения армия Арсений Яценюк археология астрономия атомная энергия аукционы Афганистан Аэрофлот баллистические ракеты банковский сектор банкротство Барак Обама Башар Асад Башкирия беженцы Белоруссия Белый дом Бельгия беспорядки бизнес биология ближневосточный конфликт бокс болельщики «болотное дело» большой теннис Борис Немцов Бразилия ВВП Великая Отечественная война Великобритания Венесуэла Верховная Рада Верховный суд взрыв взятка видеозаписи публичных лекций «Полит.ру» видео «Полит.ру» визовый режим Виктор Янукович вирусы Виталий Мутко «ВКонтакте» ВКС Владивосток Владимир Жириновский Владимир Маркин Владимир Мединский Владимир Путин ВМФ военная авиация Волгоград ВТБ Вторая мировая война вузы выборы выборы губернаторов выборы мэра Москвы газовая промышленность «Газпром» генетика Генпрокуратура Германия ГИБДД ГЛОНАСС Голливуд гомосексуализм госбюджет Госдеп Госдума госзакупки гражданская авиация Греция Гринпис Грузия гуманитарная помощь гуманитарные и социальные науки Дагестан Дальний Восток деньги День Победы дети Дмитрий Медведев Дмитрий Песков Дмитрий Рогозин доллар Домодедово Дональд Трамп Донецк допинг дороги России драка ДТП Евгения Васильева евро Еврокомиссия Евромайдан Евросоюз Египет ЕГЭ «Единая Россия» Екатеринбург ЕСПЧ естественные и точные науки ЖКХ журналисты Забайкальский край закон об «иностранных агентах» законотворчество здравоохранение в России землетрясение «Зенит» Израиль Индия Индонезия инновации Интервью ученых интернет инфляция Ирак Ирак после войны Иран Иркутская область искусство ислам «Исламское государство» Испания история История человечества Италия Йемен Казань Казахстан казнь Калининград Камчатка Канада Киев кино Киргизия Китай Климат Земли, атмосферные явления КНДР Книга. Знание Компьютеры, программное обеспечение кораблекрушение коррупция космодром Восточный космос КПРФ кража Краснодарский край Красноярский край кредиты Кремль крушение вертолета Крым крымский кризис Куба культура Латвия ЛГБТ ЛДПР Левада-Центр легкая атлетика лесные пожары Ливия лингвистика Литва литература Лондон Луганск Малайзия МВД МВФ медиа медицина междисциплинарные исследования Мексика Мемория метро мигранты МИД России Минздрав Минкомсвязи Минкульт Минобороны Минобрнауки Минтранспорта Минтруд Минфин Минэкономразвития Минюст мировой экономический кризис «Мистраль» Михаил Саакашвили Михаил Ходорковский МКС Молдавия Мосгорсуд Москва Московская область мошенничество музыка МЧС наводнение Надежда Савченко налоги нанотехнологии наркотики НАСА наука Наука в современной России «Нафтогаз Украины» некоммерческие организации некролог Нерусский бунт нефть Нигерия Нидерланды Нобелевская премия Новосибирск Новые технологии, инновации Новый год Норвегия Нью-Йорк «Оборонсервис» образование обрушение ОБСЕ общественный транспорт общество ограбление Одесса Олимпийские игры ООН оппозиция опросы оружие отставки-назначения Пакистан палеонтология Палестинская автономия Папа Римский Париж ПДД педофилия пенсионная реформа Пентагон Петр Порошенко погранвойска пожар полиция Польша похищение права человека правительство Право правозащитное движение «Правый сектор» преступления полицейских преступность Приморский край происшествия публичные лекции Рамзан Кадыров РАН Революция в Киргизии Реджеп Эрдоган рейтинги религия Реформа армии РЖД ритейл Роскомнадзор Роскосмос Роспотребнадзор Россельхознадзор Российская академия наук Россия Ростов-на-Дону Ростовская область РПЦ рубль русские националисты РФС Санкт-Петербург санкции Саудовская Аравия Сахалин Сбербанк Свердловская область связь связь и телекоммуникации Севастополь сельское хозяйство сепаратизм Сербия Сергей Лавров Сергей Собянин Сергей Шойгу Сирия Сколково Славянск Следственный комитет следствие смартфоны СМИ Совбез ООН Совет по правам человека Совет Федерации сотовая связь социальные сети социология Социология в России Сочи Сочи 2014 «Спартак» спецслужбы «Справедливая Россия» спутники СССР Ставропольский край стихийные бедствия Стихотворения на случай страхование стрельба строительство суды суицид США Таджикистан Таиланд Татарстан театр телевидение телефонный терроризм теракт терроризм технологии транспорт туризм Турция тюрьмы и колонии убийство УЕФА Украина Условия труда ФАС Федеральная миграционная служба физика Филиппины Финляндия ФИФА фондовая биржа фоторепортаж Франсуа Олланд Франция ФСБ ФСИН ФСКН футбол Хабаровский край хакеры Харьков Хиллари Клинтон химическое оружие хоккей хулиганство Центробанк ЦИК Цикл бесед "Взрослые люди" ЦСКА Челябинская область Чехия Чечня ЧМ-2018 шахты Швейцария Швеция школа шоу-бизнес шпионаж Эбола Эдвард Сноуден экология экономика экономический кризис экстремизм Эстония Южная Корея ЮКОС Юлия Тимошенко ядерное оружие Япония

Редакция

Электронная почта: politru.edit1@gmail.com
Адрес: 129343, Москва, проезд Серебрякова, д.2, корп.1, 9 этаж.
Телефоны: +7 495 980 1893, +7 495 980 1894.
Стоимость услуг Полит.ру
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003г. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2014.