20 октября 2021, среда, 03:09
VK.comFacebookTwitterTelegramInstagramYouTubeЯндекс.ДзенОдноклассники

НОВОСТИ

СТАТЬИ

PRO SCIENCE

МЕДЛЕННОЕ ЧТЕНИЕ

ЛЕКЦИИ

АВТОРЫ

Российская наука перед новой угрозой

Профессор Павел Певзнер рассказал "Полит.ру", что он и его коллеги из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки геномов бактерий, известных как «темная материя жизни». Однако новые правила финансирования мегагрантов могут привести к тому, что молодые биоинформатики со своими знаниями и разработками уедут из России.

Открытия

Ученые из Санкт-Петербургского Академического университета разработали метод расшифровки (секвенирования) геномов бактерий, которые известны как «темная материя жизни». Так ученые называют большинство из тысяч видов бактерий, ранее не поддававшихся современным методам расшифровки геномов, при этом производящих неизвестные антибиотики или живущих в организме человека. «Эта часть жизни на Земле, которая всегда была загадкой, теперь стала доступной для ученых», – сказал руководитель проекта Павел Певзнер, профессор Калифорнийского университета (Сан-Диего, США). 

Традиционные методы чтения геномов требуют по крайней мере миллиона клеток, которые сначала должны быть выращены в лаборатории. Однако 99% бактерий не желают расти в лаборатории и остаются невидимыми для современной науки. Певзнер и его команда продемонстрировали, как читать геномы из одной единственной клетки. Этот результат позволяет изучать микробы, которые играют важную роль в нашей жизни, ведь 10% нашего веса составляют бактерии. Одни могут сильно осложнить нашу жизнь, в то время как другие круглосуточно работают, помогая нам переваривать пищу. Третьи, как недавно показано, даже манипулируют нами, заставляя нас есть больше, чем нам нужно. К сожалению, если мы не знаем львиную долю бактерий, живущих в нас, очень трудно понять, как этот сложный мир внутри нас функционирует. Новый метод позволяет прочитать геномы всех этих игроков, и плохих и хороших.  

Секвенирование отдельных клеток – одна из быстро растущих и наиболее важных областей современной геномики. Осенью 2011 года группа Певзнера в сотрудничестве с пионером по секвенированию одиночных клеток Роджером Ласкеном (Roger Lasken) разработали программу E+V-SC, впервые давшую возможность анализировать геномы отдельных клеток, и опубликовали её в журнале Nature Biotechnology. Новый алгоритм, разработанный российскими учеными (тоже под руководством Певзнера) в рекордно короткий срок и недавно опубликованный в Journal of Computational Biology, на порядок улучшил американский E+V-SC. Алгоритм назвали SPAdes (Saint Petersburg Assembler) и у него есть все шансы стать первым российским брендом в биотехнологии – области, где российская наука никогда не блистала. 

В настоящее время исследователи из Академического Университета РАН используют SPAdes для секвенирования «темной материи жизни» и человеческих патогенов. Напомним, что Певзнер стал одним из победителей первого конкурса мегагрантов. Благодаря мегагранту и ректору Академического университета Жоресу Алферову в Санкт-Петербурге появилась Лаборатории алгоритмической биологии и первая в России магистерская программа в этой области. 

Певзнеру удалось собрать команду из талантливых молодых математиков и программистов, которые поначалу ничего не знали о секвенировании геномов. Все они прошли обучение в школах по биоинформатике и уже два месяца спустя начали разрабатывать SPAdes. «Ассемблирование фрагментов ДНК – задача очень похожая на сборку паззла из миллиарда кусочков. Она считается одной из самых сложных проблем биоинформатики. Разработка нового ассемблера может занять годы у профессиональной биоинформатической лаборатории. Тот факт, что ребята из России без биоинформатического бэкграунда так быстро и справились с нею за полгода, это – замечательно», – так Павел Певзнер прокомментировал работу коллег порталу Phys.org

Планы и угрозы

Планируете ли вы и ваши коллеги перейти от чтения бактериальной «темной материи жизни» к чтению не менее загадочных раковых клеток? 

Чтение индивидуальных раковых клеток – одно из самых горячих направлений в современной геномике. Современная технология требует по крайней мере миллиона клеток, чтобы прочесть раковый геном. А это значит, что рак остается невидимым для современных секвенирующих машин, пока он не наработал первый миллион раковых клеток, а это часто слишком поздно. Вот почему начальные стадии рака (до первого миллиона клеток) остаются тайной за семью замками, а США и Китай вкладывают огромные усилия в чтение индивидуальных клеток для того, чтобы эти замки открыть. И в экспериментальные и в не менее важные вычислительные аспекты этой проблемы. 

Как ваша Санкт-Петербургская лаборатория планирует участвовать в этой гонке? 

Россия сейчас неожиданно стала биоинформатическим лидером в одной из самых быстро развивающих областей геномики, и я горд, что в этой области совсем молодые ребята из моей лаборатории успешно конкурируют (и сотрудничают!) с ведущими геномными центрами. Мы вплотную подошли к созданию, пожалуй, первого мирового бренда в геномной биоинформатике, разработанного в России. 

Однако, отвечая на ваш вопрос о том, как мы планируем продолжать участвовать в этой гонке, я боюсь что никак, так как, по-видимому, моя (и многие другие) мегагрантовская лаборатория скоро закроется. И как это уже неоднократно случалось, идеи, изначально разработанные в России, будут окончательно воплощены в жизнь и коммерциализованы на Западе. В связи с неясными перспективами по поводу продолжения мегагрантов некоторые ребята из моей команды уже начинают упаковывать чемоданы. Скажу откровенно, я их с удовольствием возьму студентами и постдоками в Калифорнийский университет. 

Почему у вас такие мрачные прогнозы по поводу будущего мегагрантов? 

Они не мрачные, а реалистичные. Мегагранты, несомненно, представляли очень своевременный и полезный эксперимент в российской науке. 2 года назад, когда я приехал, в России не было ни одного эксперта по алгоритмам для чтения геномов. А ведь без таких экспертов никакой серьезной геномики и персональной медицины в России быть не может.  Конечно, в России есть биоинформатические звезды, как Михаил Гельфанд, но их можно пересчитать по пальцам одной руки и многие ключевые области в этой стремительно развивающейся дисциплине (как, например, алгоритмическая биология, занимающаяся сборкой геномов) в России просто отсутствуют. Я очень рад, что менее чем за 2 года в России появилась команда мирового класса в этой области. Однако мегагранты, хорошо начав, боюсь, закончат голом в свои ворота. Я не удивлюсь, если некоторые успешные мегагрантовские лаборатории закроются и просто переедут на Запад в 2013 году. 

Дело в том, что финансирование по мегагрантам работало всего 2 года. Ни в одной стране мира серьезные научные проекты такого масштаба не планируются на такой короткий срок – обычно это 5 лет. Петр I это хорошо понимал, когда он давал первые российские мегагранты (аж 1000 золотых рублей в год!). И в результате великий Леонард Эйлер приехал в Россию на 30 лет. 

A вот российское правительство этого, похоже, не понимает. Что еще более неожиданно, по новым правилам, мегагранты можно продолжить только при условии софинансирования в равном размере университетом, в котором была организована лаборатория в рамках мегагранта. Это еще одно чисто российское изобретение – такого нет ни в одной стране мира. Даже в США, стране богатых университетов, особенно по сравнению с российскими университетами, которые часто влачат нищенское существование. Если я бы пришел к своему ректору в Калифорнии и попросил миллион долларов на финансирование, он бы подумал, что я сошел с ума – это просто не функция университетов. Я еще могу представить, что такие огромные университеты как МГУ смогут правдами и неправдами наскрести софинансирование, но моя лаборатория находится в маленьком элитном университете, который в 100 раз меньше МГУ. 

Похоже, вы не очень лестного мнения о новых правилах мегагрантов и о Министерстве образования и науки в целом? 

У меня на самом деле высокое мнение и о нынешнем и о прошлом министре – мне нравятся их инициативы и по мегагрантам и по новой карте российской науки. Но я увидел как в России хорошие инициативы сталкиваются с административной реальностью, когда люди в моей лаборатории полгода не получали зарплату и когда у них заняло год купить первые компьютеры. 

Что же вы предлагаете? 

По гамбургскому счету, российская наука сжалась до уровня одного приличного американского университета в таких ключевых областях, как биология и компьютерные науки - две дисциплины, которые сегодня задают моду в Кремниевой долине. Например, мой университет в США по количеству ученых-звезд значительно впереди «России всей» в этих дисциплинах. Поэтому каждая российская лаборатория мирового уровня сейчас на вес золота. 

В прошлом году я предложил проект создания Российского национального университета (РНУ), направленного на сохранение таких лабораторий. Похоже, что разрабатываемая сейчас «дорожная карта» российской науки преследует ту же цель, и я от всей души желаю ей успеха. Я, правда, не понимаю, почему нужно полгода на создание такой карты – в моих дисциплинах (биологии и компьютерных науках) – я мог бы нарисовать такую карту за пару часов. И я боюсь, что пока Министерство работает над этой картой, ведущие российские команды, созданные мегагрантами, просто переедут на Запад, а то и на Восток. Ведь в Китае и Сингапуре финансирование научных проектов гораздо более стабильно, чем в России. На российский бизнес тоже рассчитывать пока не приходится, так как мало кто из российских бизнесменов понимает финансовые перспективы в геномике и персональной медицине. 

См. также:

Обсудите в соцсетях

Главные новости

19.10 22:42 Двух пропавших из приюта в Казани девушек отвезли в Махачкалу. Отец одной из них сообщил, что их «обманули»
19.10 22:10 Пермскому шестикласснику, устроившему стрельбу в школе, врачи оказали психиатрическую помощь
19.10 21:21 Представитель Дерипаски подтвердил информацию об обысках в домах у родственников бизнесмена
19.10 20:41 Министр финансов Силуанов: Россия тратит на борьбу с инфекцией около 3,6 млрд рублей в день
19.10 19:53 Корреспонденты NBC сообщили об обысках ФБР в доме Дерипаски в Вашингтоне
19.10 19:21 В Курганской области шесть человек отравились суррогатным алкоголем. За последний месяц это происходит уже в третьем регионе РФ
19.10 19:08 Ректору «Шанинки» Зуеву СК предъвил обвинение в хищении 21 млн рублей
19.10 18:56 Сергей Собянин ввел в Москве новые коронавирусные ограничения
19.10 18:31 Южная Осетия полностью осталась без электричества
19.10 17:10 На Уолл-стрит статую быка завалили бананами, а напротив нее установили бронзовую фигуру гориллы Харамбе
19.10 16:57 Основной причиной гибели четырех российских туристов в Албании полиция считает отравление хлором
19.10 16:40 В Великобритании начал распространяться новый вариант коронавируса. Он заразнее дельта-штамма
19.10 16:08 Фигуранту дела «Артподготовки» из Саратова дали 6 лет колонии. В России движение считается террористическим и экстремистским
19.10 15:53 Роскомнадзор назвал успешными учения по устойчивости Рунета
19.10 15:34 Радиостанцию «Эхо Москвы» и главного редактора ее сайта оштрафовали 24 раза за упоминание об «иноагентах» без маркировки
19.10 15:07 Мишустин поддержал предложение Голиковой ввести нерабочие дни из-за ухудшения ситуациии с ковидом
19.10 14:51 WSJ: В Microsoft отговаривали Билла Гейтса вести с подчиненной «неуместную» переписку еще в 2008 году
19.10 14:20 ЕСПЧ присудил €25 тыс. двум жителям Татарстана за пытки в отделе милиции в 2007–2008 годах
19.10 14:13 В мэрию Москвы поступила заявка на проведение «Русского марша»
19.10 14:00 Жители горных деревень на севере Индии не подозревали, что лук, который они едят, является неизвестным науке видом
19.10 13:42 Басманный суд продлил до 26 ноября арест бывшего замглавы ФСИН Валерия Максименко
19.10 13:34 После гибели школьницы в Вологде СК завел дело о халатности сотрудников органов профилактики
19.10 13:20 Прокуратура обжаловала решение о домашнем аресте для ректора «Шанинки» Зуева
19.10 13:09 В Кемерове прокуратура завела два дела на экс-кандидата в Госдуму от «Яблока» за посты соцсети об олигархах
19.10 13:00 Планетологи считают, что на Венере никогда не было океанов
19.10 12:46 В России — новый максимум суточной смертности по ковиду: скончалось 1 015 человек
19.10 12:28 В Красноярске стая бродячих собак напала на 8-летнюю девочку. Это уже не первый случай в городе в этом году
19.10 12:00 Противовирусный препарат помог мышам с мышечной дистрофией
19.10 11:20 В Москве трое неизвестных напали на пассажира такси и отобрали у него больше 1 млн рублей. Полиция возбудила дело о разбое
19.10 10:57 Германия, Великобритания, Швеция и Франция ответили на вопросы России о ситуации с отравлением Навального
19.10 10:38 Свердловская прокуратура призвала сообщать о продаже поддельного алкоголя. В выходные 18 жителей региона отравились метанолом
19.10 10:07 Суд продлил арест бывшему главному инженеру водоканала Таганрога по делу о гибели 12 рабочих
19.10 09:30 Латвия с 21 октября вводит жесткий локдаун из-за распространения ковида. Страна занимает первое место в мире по заболеваемости
19.10 08:36 Суд разрешил Канье Уэсту сменить имя на Йе
19.10 08:14 СК и УМВД задержали в Карелии женщину, подозреваемую в убийстве девятилетней девочки в Вологде
19.10 07:32 Основатель Group-IB Илья Сачков сообщил, что в СИЗО ему не дали прочесть 25 писем
19.10 06:52 Полиция начала проверку из-за сообщений о похищении двух девушек из казанского приюта
19.10 05:43 Бастрыкин: «казанский стрелок» тщательно готовился к нападению на гимназию
18.10 22:05 После бунта заключенных сотрудники ФСИН нашли в североосетинской колонии ножницы, отвертки и ножи
18.10 21:45 Губернатор Рязанской области уволил своего заместителя за нарушение гостайны. Он проработал на должности чуть больше месяца
18.10 21:02 Адвокат: Сергей Фургал будет настаивать на рассмотрении дела с участием присяжных
18.10 20:36 Депутат Госдумы от партии «Новые люди» отказался от мандата, проработав меньше недели
18.10 19:56 Полиция задержала замминистра ЖКХ Новосибирской области за взятку 2 млн рублей
18.10 19:04 Осужденную на 15 лет за шпионаж Карину Цуркан отправили в колонию на Алтай
18.10 18:36 Евросоюз решил ввести новые санкции против Белоруссии из-за беженцев на границе
18.10 17:20 В трех регионах России до конца 2022 года введут электронные паспорта
18.10 17:06 Националистическое движение «Мужское государство» признано экстремистской организацией
18.10 16:31 В России снят антиковидный запрет на въезд близких родственников иностранцев, которые постоянно живут в стране
18.10 16:17 Госсекретарь США при Буше-младшем Колин Пауэлл умер от осложнений после ковида
18.10 15:38 Россия закроет свое представительство при НАТО с 1 ноября
«АвтоВАЗ» «ВКонтакте» «Газпром» «Зенит» «Мемориал» «Мистраль» «Оборонсервис» «Роснефть» «Спартак» «Яблоко» Абхазия Австралия Австрия Азербайджан Антимайдан Аргентина Арктика Армения Афганистан Аэрофлот Башкирия Белоруссия Бельгия Болгария Бразилия Бурятия ВВП ВКС ВМФ ВПК ВТБ ВЦИОМ Ватикан Великобритания Венгрия Венесуэла Владивосток Внуково Волгоград ГИБДД ГЛОНАСС Генпрокуратура Германия Голливуд Госдеп Госдума Греция Гринпис Грузия ДТП Дагестан Дания Домодедово Донецк ЕГЭ ЕСПЧ Евровидение Еврокомиссия Евромайдан Евросоюз Египет Екатеринбург ЖКХ Израиль Ингушетия Индия Индонезия Интерпол Ирак Иран Испания Италия Йемен КНДР КПРФ Казань Казахстан Калининград Камчатка Канада Каталония Кемерово Киев Кипр Киргизия Китай Коми Конституция Красноярск Кремль Крым Куба Курилы ЛГБТ ЛДПР Латвия Ливия Литва Лондон Луганск МВД МВФ МГУ МКС МОК МЧС Малайзия Мексика Минздрав Минкульт Минобороны Минобрнауки Минпромторг Минсельхоз Минск Минтранспорта Минтруд Минфин Минцифры Минэкономразвития Минэнерго Минюст Молдавия Мосгордума Мосгорсуд Москва НАСА Нигерия Нидерланды Новосибирск Норвегия ОАЭ ОБСЕ ООН ОПЕК Одесса Омск ПДД Пакистан Паралимпиада Париж Пентагон Польша Приморье РАН РЖД РПЦ РФС Росавиация Росгвардия Роскомнадзор Роскосмос Роспотребнадзор Россельхознадзор Россия Росстат Ростех Ростуризм СМИ СССР США Сахалин Сбербанк Севастополь Сербия Сирия Сколково Славянск Сочи Таджикистан Таиланд Талибан Татарстан Трансаэро Турция УЕФА Узбекистан Украина ФАС ФБР ФИФА ФСБ ФСИН ФСКН Филиппины Финляндия Франция Хакасия Харьков ЦИК ЦРУ ЦСКА Центробанк Чехия Чечня Швейцария Швеция Шереметьево Эбола Эстония ЮКОС Якутия Яндекс Япония авиакатастрофа автопром алкоголь амнистия арест армия археология астрономия аукционы бактерии банкротство беженцы безработица бензин беспилотник беспорядки биатлон бизнес благотворительность блогосфера бокс болельщики вандализм взрыв взятка вирусы вузы выборы гаджеты генетика гомосексуализм госбюджет госзакупки госизмена демография деньги дети доллар допинг драка евро журналисты законотворчество здоровье землетрясение изнасилование импорт инвестиции инновации интернет инфляция ипотека искусство ислам исследования история казнь кино кораблекрушение коронавирус коррупция космос кража кредиты культура лингвистика литература математика медиа медицина метро мигранты млекопитающие монархия мошенничество музыка наводнение налоги нанотехнологии наркотики наука недвижимость нейробиология некролог нефть образование обрушение общество ограбление оппозиция опросы оружие офшор палеонтология педофилия пенсия пиратство планетология погранвойска пожар полиция похищение правительство право православие преступность продовольствие происшествия психология пытки ракета рейтинги реклама религия ретейл робототехника рубль санкции связь сепаратизм следствие смартфоны смертность социология спецслужбы спутники статистика страхование стрельба строительство суды суицид тарифы театр телевидение теракт терроризм технологии транспорт туризм убийство фармакология физика фоторепортаж футбол хакеры химия хоккей хулиганство цензура школа шпионаж экология экономика экспорт экстремизм этология «Единая Россия» «Исламское государство» «Нафтогаз Украины» «Правый сектор» «Северный поток» «Справедливая Россия» «болотное дело» Александр Бастрыкин Александр Лукашенко Александр Новак Александр Турчинов Алексей Кудрин Алексей Навальный Алексей Улюкаев Алтайский край Амурская область Анатолий Сердюков Ангела Меркель Антон Силуанов Аркадий Дворкович Арсений Яценюк Астраханская область Барак Обама Басманный суд Башар Асад Белый дом Борис Немцов Бутовский полигон Валентина Матвиенко Верховная Рада Верховный суд Виктор Янукович Виталий Милонов Виталий Мутко Владимир Жириновский Владимир Зеленский Владимир Маркин Владимир Мединский Владимир Путин Вячеслав Володин Дальний Восток День Победы Дмитрий Медведев Дмитрий Песков Дмитрий Рогозин Дональд Трамп Евгения Васильева Забайкальский край Интервью ученых Ирина Яровая Иркутская область История человечества Калужская область Кирилл Серебренников Кировская область Конституционный суд Космодром Байконур Краснодарский край Красноярский край Ксения Собчак Ленинградская область МИД России Мария Захарова Михаил Прохоров Михаил Саакашвили Михаил Ходорковский Московская область Мурманская область Надежда Савченко Наталья Поклонская Нижний Новгород Николас Мадуро Нобелевская премия Новосибирская область Новый год Олег Дерипаска Олимпийские игры Ольга Голодец Павел Дуров Палестинская автономия Папа Римский Первый канал Пермский край Петр Порошенко Почта России Приморский край Рамзан Кадыров Реджеп Эрдоган Республика Карелия Ростовская область Самарская область Саратовская область Саудовская Аравия Свердловская область Сергей Лавров Сергей Нарышкин Сергей Полонский Сергей Собянин Сергей Шойгу Следственный комитет Совбез ООН Совет Федерации Ставропольский край Счетная палата Тереза Мэй Тюменская область Франсуа Олланд Хабаровский край Хиллари Клинтон Человек дня Челябинская область Черное море Эдвард Сноуден Элла Памфилова Эльвира Набиуллина Эммануэль Макрон Южная Корея Юлия Тимошенко Юрий Чайка авторское право администрация президента акции протеста атомная энергия баллистические ракеты банковский сектор биология большой теннис визовый режим военная авиация выборы губернаторов газовая промышленность гражданская авиация гуманитарная помощь декларации чиновников домашние животные дороги России информационные технологии климат Земли компьютерная безопасность космодром Восточный криптовалюта крушение вертолета легкая атлетика лесные пожары междисциплинарные исследования мобильные приложения морской транспорт некоммерческие организации общественный транспорт патриарх Кирилл пенсионная реформа пищевая промышленность права человека правозащитное движение преступления полицейских публичные лекции российское гражданство русские националисты русский язык сельское хозяйство сотовая связь социальные сети стихийные бедствия телефонный терроризм уголовный кодекс фигурное катание финансовый рынок фондовая биржа химическое оружие хроники обнуления эволюция экономический кризис ядерное оружие Великая Отечественная война Всемирная организация здравоохранения Вторая мировая война Ирак после войны Ким Чен Ын Революция в Киргизии Российская академия наук Стихотворения на случай Федеральная миграционная служба Федеральная таможенная служба борьба с курением выборы мэра Москвы здравоохранение в России связь и телекоммуникации тюрьмы и колонии Совет по правам человека аварии на железной дороге естественные и точные науки закон об «иностранных агентах» компьютеры и программное обеспечение видеозаписи публичных лекций «Полит.ру» Новые технологии, инновации Сочи 2014 рейтинг Forbes Аль-Каида Кабардино-Балкария Левада-Центр Нью-Йорк Санкт-Петербург отставки-назначения шоу-бизнес Ростов-на-Дону ЧМ-2018 Книга. Знание ВИЧ/СПИД Путин20летназад новость20летназад Apple Bitcoin Boeing Facebook G20 Google iPhone IT Microsoft NATO PRO SCIENCE видео ProScience Театр Pussy Riot Telegram Twitter Wikileaks YouTube

Редакция

Электронная почта: polit@polit.ru
Яндекс.Метрика Top.Mail.Ru
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003 года. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2021.