Отец Никифора был бондарем. В 1888 году 18-летний Никифор навсегда покинул родителей и поселился в Оренбурге: сначала пел в храме на клиросе, а затем стал исполнять обязанности псаломщика.
В 1899 году Никифор поступил в число братии Николо-Перервинского монастыря Московского уезда. 25 ноября 1903 года пострижен в монашество с наречением имени Никанор, а 24 января 1904 года — рукоположен во иеродиакона. Рукоположение во иеромонаха состоялось 5 октября 1909 года в храме Христа Спасителя в Москве.
27 февраля 1917 года иеромонах Никанор был назначен духовником братии. 24 августа 1920 года совет общины при часовне Иверской иконы Божией Матери в Москве просил патриарха Тихона назначить иеромонаха Никанора заведующим часовней, как «достойного во всех отношениях и для занятия этой важной должности». В 1921 году Иверская часовня была ограблена, воры проникли внутрь через крышу и похитили украшения с икон и некоторые другие ценности. Члены церковного совета и иеромонах Никанор были обвинены в халатности и арестованы, провели под следствием в тюрьме одиннадцать месяцев, но были оправданы.
Отец Никанор вернулся в Николо-Перервинский монастырь и был назначен его настоятелем. В 1923 году возведен в сан архимандрита.
Новый арест произошел 2 февраля 1932 года. Архимандрит Никанор, отвечая на вопросы следователя об антисоветской деятельности, сказал: «В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю, так как с моей стороны никакой антисоветской агитации не было. Я считаю себя обязанным исполнять среди крестьян требы, на которые меня приглашают, но в разговоры с крестьянами о политике никогда не вступал. Лично я относительно советской власти считаю, что со стороны ее в отношении Церкви гонения нет, но есть гонение на духовенство, которое невинно содержится в тюрьмах». Следователь спросил отца Никанора, помогает ли он высланному архимандриту Николо-Перервинского монастыря, на что он ответил, что помощь тому, действительно, посылается регулярно один раз в месяц.
13 марта 1932 года тройка ОГПУ приговорила отца Никанора к пяти годам ссылки в Казахстан, и он был отправлен в Алма-Ату. 1 июля 1934 года его по инвалидности освободили, и он вернулся в Москву; здесь ему жить не разрешили, и он поселился в селе Спас-Осташево Волоколамского района Московской области и стал служить здесь в Спасской церкви.
26 марта 1938 года его опять арестовали.
— Вы арестованы за контрреволюционную и антисоветскую деятельность, которуювы проводили среди окружающих вас лиц. Признаете ли вы себя в этом виновным? .
— Контрреволюционной и антисоветской клеветы я никогда не высказывал и виновным себя не признаю, — ответил архимандрит.
— Вам зачитываются выдержки из показаний свидетелей, каковые уличают вас в контрреволюционной и антисоветской деятельности. Дайте правдивые показания по этому вопросу.
— Я еще раз подтверждаю, что никогда против советской власти ничего не говорил и зачитанные мне выдержки из показаний свидетелей считаю ложными.
Были устроены очные ставки со лжесвидетелями; отец Никанор сказал, что он всецело был занят богослужением и все выслушанные им показания о его антисоветской деятельности считает ложными. 29 апреля следствие было закончено, и следователь еще раз спросил отца Никанора, признает ли он себя виновным в проведении контрреволюционной и антисоветской агитации, на что тот еще раз повторил, что виновным себя не признает. 14 июня 1938 года тройка НКВД приговорила отца Никанора к расстрелу. Архимандрит Никанор (Морозкин) был расстрелян 1 июля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.