Василий Ягодин — сын священника села Ключи Керенского уезда Пензенской губернии. В 1890 году, 20-летним, окончил Пензенскую духовную семинарию. Женился, у него было три дочери. В том же 1890 году Василий Ягодин был назначен псаломщиком и учителем церковно-приходской школы, а спустя год — рукоположен в сан священника ко храму в селе Ильмино Пензенской губернии. В 1895 году отец Василий был назначен военным священником в укрепление Чикишляр Закавказской области, в 1904 году — священником 221-го пехотного Троице-Сергиевского полка в Москве и благочинным 56 пехотной дивизии.
В 1911 году отца Василия назначили настоятелем собора в крепости Свеаборг в Финляндии и в том же году он был возведен в сан протоиерея. В 1918 году община храма преподобного Харитона Исповедника в Москве обратилась к священноначалию с просьбой назначить в этот храм протоиерея Василия, и просьба была удовлетворена. В 1921 году протоиерей Василий был награжден палицей, а в 1923 году — митрой.
Весной 1937 года, в связи с арестом настоятеля Богоявленского дорогомиловского собора в Москве протоиерея Александра Лебедева, протоиерей Василий был назначен настоятелем собора и прослужил здесь до ареста. На допросах протоиерей Василий виновным себя не признал.
— Вы обвиняетесь в том, что были участником контрреволюционной группы церковников.
— В контрреволюционной группе я никогда не состоял.
— Вы обвиняетесь в том, что распространяли контрреволюционные слухи о якобы имеющемся гонении на религию и духовенство в Советском Союзе. Подтверждаете вы это?
— Контрреволюционных слухов я никогда не распространял.
— Вы обвиняетесь в том, что восхваляли старый монархический строй и распространяли ложные слухи о плохой жизни в Советском Союзе. Признаете вы себя в этом виновным?
— Повторяю, что я никогда не занимался агитацией и распространением слухов.
— Вы обвиняетесь в том, что среди верующих говорили, что если советская власть закроет все церкви, то мы откроем свои нелегальные церкви. Подтверждаете вы это?
— Разговор о тайных церквях я отрицаю.
— Вы обвиняетесь в том, что во время выборной кампании вели агитацию, направленную на срыв этой кампании. Дайте показания по этому вопросу.
— Агитации, направленной против выборной кампании, я никогда не вел. Больше к своим показаниям добавить ничего не могу.
20 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила священника Василия Ягодина к расстрелу. 22 декабря 1937 года протоиерей Василий Ягодин был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.