Иван Виленский родом из села Борисоглебское Пошехонского уезда Ярославской губернии. В 1879 году, будучи 22 лет, окончил Ярославскую духовную семинарию. С 1879 по 1882 годы служил учителем в земском училище.
В 1882 году архиепископом Ярославским Ионафаном был рукоположен во иерея. С 1882 года служил в селе Трофимовское Пошехонского уезда Ярославской губернии. Одновременно был законоучителем в Благовещенском земском училище. С 1893 по 1904 года состоял следователем по духовным делам.
У о. Иоанна было семеро детей, один их которых стал священником в этом же Пошехонском уезде.
В начале ноября 1918 года большевиками в Пошехонском уезде была объявлена мобилизация лошадей в конский запас при уездном военкомате, во время которой крестьянами были избиты военрук и делопроизводитель. В ответ на это прибыл отряд ЧК, который стал производить поголовные обыски с конфискацией имущества, арестовав при этом около сорока человек. Отца Иоанна обвинили в укрывательстве контрреволюционеров, скрывавшихся после белогвардейского мятежа в Ярославле и в хранении дорогих вещей расстрелянной бывшей владелицы завода Деруновой.
10 ноября 1918 года без всякого суда и следствия на болоте неподалёку от села Семёновское чекистами были изувечены и расстреляны трое арестованных, в числе которых был и священник церкви села Трофимовское отец Иоанн. Когда отряд чекистов покинул село, тела расстрелянных были перенесены с болота на кладбище и встречены крестным ходом.
15-16 мая 2018 года были обретены честные мощи святого Иоанна. В день их обретения установлена вторая память священномученика.