Иван Ильинский — сын пономаря, 24 лет, в 1870 году окончил в Симбирскую духовную семинарию, женился, в семье родилось шестеро детей. В то же году рукоположен во диакона, а затем священника к приходу села Томылово Сенгелеевского уезда. Там прослужил 45 лет до своей мученической кончины.
26 сентября 1918 года в село Шереметьево-Никольское вошёл отряд красноармейцев. В это время о. Иоанн выходил из храма после совершения всенощного бдения в канун праздника Воздвижения Креста Господня с дароносицей, чтобы причастить больную прихожанку. Священник был схвачен красноармейцами и обвинён в контрреволюции. Всю ночь он подвергался допросам и издевательствам, а утром 27 сентября 1918 года расстрелян как «контрреволюционер».
Все имущество семьи о.Иоанна было частью конфисковано, частью — разграблено; корову конфисковал комитет бедноты, и она была вскоре зарезана.
3 сентября 1919 года Симбирский губернский рев. трибунал издал постановление за № 2489, где говорилось: «Ввиду того, что нет достаточного материала по обвинению священника Ильинского в контрреволюции, а также принимая во внимание, что последний расстрелян неизвестными, фамилии коих установить не представилось возможным, дело об обвинении Ильинского в контрреволюции производством прекратить. Конфискованное имущество возвратить семье».
Однако окончательного постановления о прекращении дела не последовало в течение следующих месяцев, и неизвестно, последовало ли когда-либо позднее. Дети о. Иоанна безуспешно обращались с просьбой разрешить захоронить отца. Тело расстрелянного о.Иоанна лежало несколько месяцев фактически не захороненным (зарытым приблизительно на 35 см глубины).
В фонде Ульяновского областного архива сохранилось заявление сына расстрелянного о.Иоанна, от 9 сентября 1919 г., с просьбой о разрешении похоронить отца и вернуть отобранное имущество семье.
Протоиерей Иоанн был погребён в склепе Никольского храма, в котором он был последним настоятелем.