Андрей Трофимов — сын крестьянина деревни Китенево Клинского уезда Московской губернии . Окончил сельскую школу и помогал отцу, пока не женился и не обзавелся своим хозяйством, небогатым, но вполне, по его мнению, достаточным.
В 1916 году, 34-летним, был призван на фронт и служил рядовым до 1917 года.
Андрей Трофимов был прихожанином церкви Воздвижения Креста Господня в селе Воздвиженском Клинского уезда, с юности пел здесь на клиросе, был псаломщиком и регентом, членом церковного совета — и остался и регентом, и членом совета, когда начались гонения на церковь.
В 1931 году советская власть стала уничтожать крестьянские хозяйства, и Андрей Трофимов вступил в колхоз, где ему было поручено ухаживать за колхозными лошадьми.
Наступил 1937 год, власти районов и областей приступили к составлению списков на арест неугодных коммунистам людей. Обратил на себя внимание и благочестивый крестьянин, соблюдавший все церковные праздники, часто посещавший церковь и во время богослужений исполнявший обязанности регента. Сотрудники НКВД потребовали справку на Андрея Матвеевича от председателей сельсовета и колхоза; председатель сельсовета написал: «Трофимов после революции и до революции является активным церковником, состоял и состоит в данное время членом церковного совета, был церковным старостой. В настоящее время является регентом церковного хора и исполняет службу дьячка при церкви. Является враждебно настроенным против советской власти и колхозов»; председатель колхоза написал, что Андрей Трофимов говорил, будто «не нужно работать в престольные праздники, а идти в церковь, а то у нас уже ничего не стало родиться за то, что вы не ходите в церковь»... Ведет в колхозе подрывную работу... придя на собрание, бросил на стол ключи от конюшни и говорит, что «нате вам ваши ключи и ухаживайте, как хотите сами, а я работать больше не буду».
В ноябре 1937 года сотрудники НКВД допросили свидетелей, односельчан Андрея Трофимова. Свидетели показали, что он человек твердых религиозных убеждений и по церковным праздникам сам на работу не выходит и колхозникам говорит, что работа в праздники — большой грех, что у них потому и не родится ничего, что они работают в праздники, лучше оставить в эти дни работу и идти в церковь. А по поводу смерти одной колхозницы он сказал, что вот, мол, до чего довели колхозы крестьян, что люди безвременно стали умирать, все жилы вытащили с этими колхозами, в могилу вгоняют.
14 ноября 1937 года Андрей Трофимов был арестован. Признал на допросе, что он действительно активный прихожанин, состоит членом церковного совета и поет на клиросе, но отказался признать, что проводил контрреволюционную деятельность.
— Следствие располагает данными, что вы в июле месяце сего года среди колхозников вели агитацию против колхозов и выказывали террористическое настроение против коммунистов. Подтверждаете ли вы это свое антисоветское выступление?
— Террористических настроений против коммунистов я не выказывал и агитации против колхозного строя никогда не вел.
— В октябре сего года на собрании колхозников вы отказывались от колхозной работы и выступали против колхозов?
— Действительно, я на общем собрании колхозников бросил на стол ключи от конюшни и отказался работать в колхозе, но против колхоза я не выступал.
21 ноября 1937 года тройка НКВД приговорила Андрея Трофимова к десяти годам заключения, и он был отправлен в Бамлаг.
Cкончался 11 июня 1938 года в Среднебельском исправительно-трудовом лагере в Амурской области и был погребен в безвестной могиле.