Иван Протопопов — крестьянский сын из деревни Ново-Смоленской Бийского уезда Томской губернии (ныне с. Новосмоленка Быстроистокского района Алтайского края). Был кузнецом.
В декабре 1936 года 34-летний Иван Протопопов был арестован как верующий человек вместе с церковнослужителями г. Бийска как «участник контрреволюционной повстанческой организации». Проходил по групповому делу «Дело архиепископа Иакова (Маскаева) и др. Барнаул, 1937 г.». В период следствия содержался под стражей в Бийской тюрьме.
При аресте и на допросах держался мужественно и с большим достоинством. Протокол об окончании следствия подписать отказался, так как виновным себя не признал.
25 июля 1937 года Особой тройкой УНКВД Западносибирского края признан виновным и приговорен к расстрелу.
Расстрелян 4 августа 1937 года, погребен в безвестной могиле.
