Василий Козырев родился в семье служащего конюшенного ведомства при царском дворце в Санкт-Петербурге. Окончил на казенный счет Александровскую гимназию, с 15 лет, то есть с 1877 года также стал служить при конюшнях дворцового ведомства.
Был женат, овдовел. У него был сын Николай, после Октябрьской революции эмигрировал за границу.
В 1917 году конюшенное ведомство было передано автобазе, и до выхода на пенсию в 1924 году Василий Козырев служил здесь кладовщиком, а затем переехал в город Мещовск Калужской области и поселился при Георгиевском мужском монастыре; в том же году он был пострижен в монашество с именем Феоген. В 1926 году рукоположен во иеромонаха и возведен в сан игумена епископом Мосальским Германом (Вейнбергом), который благословил отца Феогена быть своим духовником.
Отец Феоген жил сначала в Мещовске, затем в Мосальске; в 1928 году он переехал вместе с епископом Германом в Бугуруслан, куда владыка был назначен викарием, а в 1930 году с получением епископом Германом самостоятельной кафедры переехал вместе с ним в Алма-Ату. Здесь он стал служить вместе с владыкой в Никольском соборе. Жил вместе с владыкой Германом в Никольской церкви в правой боковой комнате у притвора.
Весной 1932 года о. Феоген был возведен в сан архимандрита епископом Германом; при возведении присутствовали святители-исповедники архиепископ Прокопий (Титов) и епископ Амвросий (Полянский).
В начале декабря 1932 года мать начальника местного ОГПУ, придя к монахиням, сказала: «Мой сын послал меня предупредить, что в ночь на 10 декабря всех ваших священников арестуют. Никому поначалу не велел говорить, а только из-за того, что жалко ему меня, зная, что я церковь люблю, сказал: «Пойди и скажи сестрам».
Всенощная 9 декабря 1932 года под праздник в честь иконы Божией Матери «Знамение» была отслужена особенно торжественно. Епископу Герману сослужили архимандрит Феоген, протоиереи Александр Скальский, Стефан Пономарев и Филипп Григорьев. После всенощной монахини, епископ Герман и архимандрит Феоген ушли в свои кельи, а священники разошлись по домам в городе. Около одиннадцати часов ночи к Никольскому собору подошли сотрудники ОГПУ. Анастасия Нагибина вспоминала: «Уже 10 часов вечера. Слышим — в окна бьют! Человек 6 пришли тогда в шинелях, с ружьями. Потом начали бить в восточные двери подвала... и в центральные двери. Стали стучать громко и ругаться. Мать Евфалия сказала: „Без старосты дверь не откроем“. Привели старосту. Мать Евфалия открыла двери. Они сразу вошли в комнату владыки Германа и архимандрита Феогена. Те уже были готовы к аресту».
Красноармейцы арестовали находящихся в церкви епископа Германа, игумена Феогена, священников Александра Скальского, Стефана Пономарева, Филиппа Григорьева, инокиню Параскеву (Буханцову) и монахиню Евфросинию (Даурцеву).
Архимандрита Феогена обвинили в том, что он «входил в руководящий центр организации, содействовал в работе по нелегальной переброске за кордон представителей от организации с целью закрепления блока с белоэмигрантскими кругами...».
Из следственного дела: «Идейными вдохновителями и руководителями организации были: епископ сергиевской ориентации Герман (Вейнберг) и Козырев Василий, он же архимандрит, сын бывшего царедворца. Они вели контрреволюционную деятельность, осуществляли переправу за кордон нелегальным путем передачу сведений о положении СССР вообще и о гонениях за религию в частности, имели пораженческие настроения».
Отвечая на вопросы следователя, архимандрит Феоген сказал: «Живя в одной комнате с епископом Германом, мне приходилось наблюдать, что к нему заходили ссыльные священники и епископы. Обычно между ними и епископом Германом велись разговоры в плоскости ознакомления с вопросом, откуда прибыли ссыльные, на сколько осуждены, где раньше служили. Причт Никольской церкви оказывал денежную помощь ссыльным, но в каком размере, сказать не могу. У нас вообще существовала система оказывать помощь ссыльным, но велся ли учет выдаваемым суммам, я не знаю. Ко мне, как к исповеднику, часто обращались крестьяне с вопросом, можно ли идти в колхозы. Я им отвечал: „Главное не забывайте Бога, с Ним везде будет хорошо“».
Архимандрит Феоген признал, что содействовал просьбе верующих о переправке священника на приход, находившийся Китае, и встречался с теми, кто приходил оттуда.
25 июня 1933 года тройкой при ПП ОГПУ был приговорен к трем годам ссылки в Западную Сибирь. Был отправлен в город Тара Омской области. Здоровье его в это время стало столь слабым, что 5 мая 1934 года он был досрочно освобожден из ссылки и вернулся в Алма-Ату, где снова стал служить в Никольском соборе. Ему шел семьдесят третий год.
В начале марта 1935 года отец Феоген вышел за штат и уехал в Петроград, надеясь здесь дожить свои последние годы, но власти отказали ему в прописке, и он был вынужден вернуться в Алма-Ату и здесь снова стал служить в Никольском соборе.
18 апреля 1935 года отец Феоген был вновь арестован. Ему предъявили те же самые, что и в предыдущий раз, обвинения в поддерживании отношений с находящимися в Китае эмигрантами, в помощи ссыльным и в антисоветской агитации.
— При каких обстоятельствах вы встретились с китайским консулом? — спросил его следователь.
— В начале апреля 1935 года меня пригласили на кладбище для отпевания умершей, прибывшей из Китая, фамилии ее я не знаю. Во время отпевания прибыл китайский консул. Прибывший из Китая спросил, желаю ли я переехать в Китай, обещая устроить проезд, ссылаясь при этом на китайского консула. Я от поездки отказался в присутствии китайского консула.
— Признаете ли себя виновным в предъявленном вам обвинении и в чем именно?
— Виновным в предъявленном мне обвинении не признаю.
В обвинительном заключении следователь написал: «Будучи осужденным, Козырев своих контрреволюционных убеждений не изменил и, находясь в городе Алма-Ата, продолжал контрреволюционную деятельность. Произведенным следствием установлено враждебное отношение его к советской власти. Свидетель, епископ Алма-Атинский Толстопятов, показал: „Козырев — (архимандрит Феоген) не советский человек. Очевидно, это явилось в результате того, что Козырев при царизме занимал видное положение и не может помириться с существующим строем. Доказательством его несоветских взглядов служит, например, то, что по возвращении из поездки в Ленинград в марте 1935 года он всюду рассказывал о массовых арестах и высылках, производимых властями. Причем рисовал жуткую картину, создавшуюся в Ленинграде в связи „с массовыми арестами“. Эти рассказы Козырева производили неприятное впечатление на слушателей и компрометировали, таким образом, власть“».
22 июля 1935 года Особое совещание при НКВД приговорило архимандрита Феогена к трем годам ссылки в Казахстан. В 1936 году его перевели в Чимкент, он поселился у священника Феодора Аверьянова, который, по словам следствия, организовал нелегальную церковную общину с архимандритом Феогеном.
1 ноября 1936 года о. Феоген снова был арестован по обвинению в антисоветской деятельности, в участии в создании нелегальной общины и рассказах об исцелениях от имеющихся у него частиц святых мощей.
— Следствию известно, что цель вашего приезда в Чимкент заключалась в том, что вы решили принять участие в организации нелегальной общины... Признаете ли это? — спросил его следователь.
— Участия в организации нелегальной общины я не принимал.
— Следствие зачитывает вам показания, из которых видно, что вы принимали участие в организации нелегальной общины. Следствие требует правдивых показаний.
— Мое участие в организации нелегальной общины заключалось разве лишь в том, что я посещал молитвенный дом и тем самым привлек туда верующих, так как среди верующих я пользовался авторитетом; что же касается другого участия в деле организации общины, то, повторяю, что я не был организатором ее.
— Следствию известно, что среди верующих вы распространяли провокационные слухи о наличии у вас святых мощей. Дайте следствию показания об этом.
— Действительно, я имел небольшой серебряный крест, в который была заделана частица святых мощей святой Анны Кашинской; крест этот дала мне одна игумения в 1929 году в Бугуруслане. Крест этот я постоянно носил с собой, и некоторые из верующих прикладывались к нему, и я говорил, что в нем святые мощи.
— Следствию известно, что за благословение святыми мощами вы собирали деньги с верующих, посещавших нелегальный молитвенный дом.
— Посещая молитвенный дом, я получал от верующих деньги как материальную помощь, но за благословение мощами денег я не получал.
В следственном деле говорилось, что «Козырев В.Л. отбывал ссылку в с.Ленинском Каратасского района. В сентябре месяце из ссылки сбежал. Проживая в Чимкенте, активно проводил религиозную пропаганду среди населения, прибегая к агитации об исцелении имеющимися у него мощами, к которым публично привлекал население». На следствии о. Феоген отрицал факт побега из ссылки, объясняя свой отъезд из с.Ленинского в Чимкент для лечения по разрешению органов НКВД.
Виновным признал себя частично, не признал обвинения в антисоветской деятельности.
21 мая 1937 года тройка НКВД приговорила архимандрита Феогена «за участие в контрреволюционной группе церковников» к пяти годам ссылки в Северную область. Он был сослан в город Сыктывкар Коми области, куда прибыл в июле 1937 года.
29 апреля 1938 года были арестован вместе с группой ссыльного духовенства и мирян и заключен в тюрьму в Сыктывкаре.
Допросы архимандрита Феогена продолжались с 29 июня по 11 сентября 1938 года.
— Вы признаете себя виновным в предъявленном вам обвинении? — спросил его следователь.
— Виновным себя не признаю.
— Вы проводили контрреволюционную деятельность. Дайте показания по существу!
— Контрреволюционной деятельности я не проводил.
— Следствием установлено это. Почему вы это отрицаете?
— Отрицаю потому, что контрреволюционную работу я не проводил.
— Вы клеветали на советскую власть, заявляя, что сейчас идет гонение со стороны советской власти на религию. Признаете это?
— Нет, этого с моей стороны не было.
— Ваша контрреволюционная деятельность следствием вполне установлена. Почему вы отрицаете?
— Этого не было, поэтому и отрицаю.
— Следствием установлено, что вы имели связь с епископом [Вологодским Стефаном] Знамировским. Последний вам оказывал материальную помощь. Почему отрицаете это?
— С епископом Знамировским я лично знаком не был. На квартире его я не бывал, и он тоже у меня не бывал. Деньги в сумме пяти рублей от Знамировского получил через незнакомую мне женщину.
— Вы имели разговор со Знамировским на регистрации?
— Не имел.
— Следствием установлено, что, встречаясь на регистрации, Знамировский, опасаясь много говорить, сказал вам, что вы еще ему понадобитесь. Признаете это?
— Не признаю. Такого разговора со Знамировским не имел.
— Вы даете противоречащие показания. Вы подтверждаете, что от Знамировского получили материальную помощь, и в то же время утверждаете, что с ним не были знакомы и связи никакой не имели. Дайте правдивые ответы.
— Мои показания правдивы. Когда Знамировский посылал мне деньги, то в записке писал, что он больной и просил помолиться за него. Лично разговоров с ним не имел.
— Если вы не были знакомы со Знамировским, то откуда он мог вас знать и оказывать материальную помощь?
— Меня, как духовника духовенства, знают многие. Возможно, Знамировский обо мне слышал от кого-нибудь.
— Вы вели агитацию против обновленцев, называя их еретиками и раскольниками и что они действуют заодно с советской властью и всячески притесняют тихоновцев. Признаете это?
— Не отрицаю, что обновленцев я действительно называл еретиками, потому что они нарушают церковный устав, допускают брак епископов и двоеженство священников.
— В конце марта 1938 года вы распространяли контрреволюционные слухи, что в Алма-Ате арестовано все православное духовенство. Признаете это?
— Не признаю. Этого я никому не говорил.
— Прекратите запирательство. Следствие предупреждает вас, что все это установлено, и предлагает вам давать правдивые ответы.
— Другого ответа я дать не могу.
Был вызван в качестве свидетеля священник, который об архимандрите Феогене сказал: «Он мне прямо поставил вопрос, чтобы я поступил священником Кочпонской церкви и в своих проповедях призывал верующих не ходить в обновленческую церковь, ибо там служат еретики, которые работают заодно с советской властью... Козырев в резкой форме обвинял советскую власть, что она путем гонения на религию и духовенство хочет уничтожить религию, но это не удастся, он своих волос и креста на шее никому снимать не разрешит...»
10 сентября 1938 года следствие было закончено, и материалы дела направлены на рассмотрение закрытого суда.
На суде, начавшемся 23 марта 1939 года, архимандрит Феоген категорично отверг все выдвинутые против него обвинения. На следующий день был он был приговорен к пяти годам лишения свободы с последующим поражением в правах на пять лет. 27 марта он отправил в Верховный суд кассационную жалобу; он писал, что не признает себя виновным, кроме того, никто в судебном заседании не подтвердил ведшихся будто бы им контрреволюционных разговоров. Он просил учесть его престарелый возраст и снизить меру наказания, как слишком суровую. Архимандриту Феогену было в это время семьдесят семь лет.
15 июля 1939 года Верховный суд отклонил кассационные жалобы осужденных, так как мера наказания судом определена с учетом личностей осужденных.
Архимандрит Феоген (Козырев) скончался в тюрьме 12 июля 1939 года и был погребен в безвестной могиле.
