Николай Иванов происходил из Симбирска, из семьи священника. Окончил церковноприходскую школу и духовное училище в городе Алатыре, поступил в Симбирскую духовную семинарию, окончить которую не успел из-за государственного переворота в России; завершал образование уже в советской школе. С 1920 года Николай Иванов, будучи 21 года, стал работать преподавателем в городе Саранске, а с 1921 года — в городе Пензе, в художественно-техническом училище.
В том же году он переехал в Москву и стал здесь преподавать в одной из высших школ. Однако преподавание в советской школе по программе, основанной на безбожной идеологии, было несовместимо с религиозными убеждениями Николая, и в 1923 году он поступил послушником в Покровский монастырь в Москве, где в том же году был пострижен в мантию с именем Мефодий и рукоположен в иеродиакона. Здесь он познакомился с епископом Алатырским, викарием Симбирской епархии Гурием (Степановым), который когда-то был настоятелем монастыря, а ныне жил в нем, так как ему был запрещен выезд из Москвы; с ним отец Мефодий поддерживал близкие отношения всю жизнь.
В 1925 году иеродиакон Мефодий был рукоположен во иеромонаха. В 1929 году монастырь был закрыт, и иеромонах Мефодий перешел служить в храм Иерусалимской иконы Божией Матери за Покровской заставой.
В 1929 году власти арестовали его, обвинив в контрреволюционной деятельности. На вопрос следователя о его отношении к советской власти отец Мефодий ответил: «Я недоволен советской властью по причине закрытия ею учебных духовных заведений, запрещения духовной литературы, закрытия церквей и вообще сурового отношения к духовенству и верующим». Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило отца Мефодия к трем годам ссылки, которую он был отправлен отбывать в Пинежский район Архангельской области.
Вернувшись из ссылки в 1933 году, он поселился в городе Кашире — в Москве ему жить запретили. Из Каширы отец Мефодий переехал в село Суково Каширского района, где стал служить в храме; здесь вокруг него собралась небольшая монашеская община.
В 1936 году иеромонах Мефодий был возведен в сан игумена, о чем он сообщил епископу Гурию, находившемуся в то время в ссылке. Владыка поздравил его и написал: «...Но так как тебе игуменствовать (за неимением монашеской братии) не над кем, то придется заняться усиленным игуменствованием над самим собой, то есть трезвением над своим сердцем и всей вообще своей жизнью, чего я от души молитвенно и желаю».
Сталин 3 июля 1937 года распорядился, чтобы главы областей в течение пяти дней представили ему списки всех подлежащих аресту и расстрелу «в порядке административного проведения их дел через тройки».
26 июля руководство НКВД по Московской области отправило распоряжение начальнику Каширского районного отделения НКВД, требуя немедленного ареста игумена Мефодия. Предполагалось в процессе следствия доказать его контрреволюционную деятельность, а также его связи «с антисоветским элементом из числа церковников», проживающих в Каширском районе и в Москве.
28 июля власти арестовали отца Мефодия и стали допрашивать о его знакомствах. Отец Мефодий назвал монахинь, с которыми он познакомился в ссылке и которые теперь прислуживали при храме, и монахиню, у которой он жил некоторое время, когда вернулся из ссылки, а также сказал, что знаком с диаконом, служившим в Кашире. На вопрос, вели ли они антисоветские разговоры, отец Мефодий ответил отрицательно.
10 августа были допрошены монахиня, хозяйка дома в Кашире, где он некоторое время жил, и диакон. Хозяйка свидетельствовала, что отец Мефодий устроил в ее доме монастырские порядки, поскольку в доме проживало несколько монахинь, от которых он требовал выполнения монастырского устава. Допрошенный следователем диакон сказал, что 2 июля он ехал в поезде вместе с игуменом Мефодием в Москву и на его вопрос, как он живет, отец Мефодий ответил, что устроился очень хорошо, место попалось глухое, народ очень верующий, и он сам находится в очень хороших отношениях с председательницей сельсовета. Сначала председательница относилась к нему настороженно, думая, что он красный, но затем увидела, что отец Мефодий подлинный служитель Бога, и с тех пор стала своим человеком и уже не скрывала, что она и сама человек верующий и ей самой не нравится эта власть, что приходится до времени играть эту роль. Затем свидетель стал рассказывать о контрреволюционных и антисоветских высказываниях игумена.
После этих показаний следователь снова допросил отца Мефодия и спросил, какая антисоветская деятельность проводится группой монашек, которых знает игумен.
— Мне ничего об этом не известно, — ответил игумен.
Допросы продолжались месяц. На последнем, 31 августа, следователь сказал:
— Вы изобличены следствием в том, что проявляли контрреволюционное враждебное отношение к руководителям ВКП (б) и членам советского правительства. Вы признаете себя в этом виновным?
— Нет, не признаю.
— Вы признаете, что до последнего времени были террористически настроены?
— Нет, этого я также не признаю.
8 сентября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Мефодия к расстрелу, и он был перевезен в Москву в тюрьму НКВД. Игумен Мефодий (Иванов) был расстрелян 9 сентября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
После ареста отца Иоанна храм в селе закрыли. Когда об этом стало известно, люди забрали иконы, какие смогли, по домам. Прихожанка Пелагия Костюхина бережно хранила у себя дома храмовую икону Божией Матери «Взыскание погибших» и чудотворный напрестольный крест. В 1960-х годах она передала эти святыни в Благовещенскую церковь города Зарайска.
