Иван Смирнов — крестьянский сын из села Леонова Корчевского уезда Тверской губернии (ныне Талдомский район Московской области). Осиротел в 1885 году, будучи 15 лет, занимался сапожным ремеслом.
В 1890 году поступил в Николо-Пешношский монастырь. 25 февраля 1900 года определен в число братии монастыря. 8 августа 1908 года пострижен в монашество с наречением имени Иона. 3 августа 1910 года рукоположен во иеродиакона, 22 июля 1914 года — во иеромонаха. Впоследствии занимал должность благочинного.
В 1918 году вернулся в родную деревню, где некоторое время жил у родственников, но вскоре стал служить священником в селе Большом Михайловском (ныне деревня Калязинского района Тверской области).
4 января 1930 года на основании донесений обновленцев, обвинивших его в участии в 1918 году в антибольшевистском восстании в селе Рогачёве Дмитровского уезда Московской губернии, он был арестован и заключен в тюрьму в Кашине.
Все обвинения категорически отверг. 3 февраля 1930 года приговорен Коллегией ОГПУ к 5 годам ИТЛ. Отбывал наказание в Усть-Сысольске (с 26 марта 1930 — (Сыктывкар), а затем в Ухтинско-Печорском ИТЛ. 23 сентября 1932 года Коллегия ОГПУ приняла решение о его освобождении.
В сентябре 1933 года вернулся в село Большое Михайловское и продолжил служение в храме.
24 декабря 1937 года был арестован в деревне Большое Михайловское Нерльского района Калининской области по обвинению в «антисоветской и контрреволюционной деятельности» и заключен в кашинскую тюрьму. Виновным себя не признал.
30 декабря тройкой при УНКВД по Калининской обл. был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 5 января 1938 года. Погребен в безвестной общей могиле.
