Михаил Исаев — крестьянский сын из деревни Савостино Микулинской волости Старицкого уезда Тверской губернии. Окончил три класса сельской школы, он до двадцати четырех лет, то есть до 1910 года, жил с родителями.
В 1919 году поступил в Желтиков монастырь в городе Твери и был пострижен в монашество с именем Мардарий. В 1922 году стал келейником у священника Павла Соколова, впоследствии епископа Вольского.
Потом служил псаломщиком в соборе в городе Рыбинске. Был иподиаконом у епископа Гервасия (Малинина) в Рыбинске.
В 1924 году рукоположен во иеродиакона, а в 1925 — во иеромонаха и направлен служить в храм в село Федорицкое Мологского района Ярославской области. В 1929 году стал настоятелем храма в селе Деревеньки Угличского района.
Во время служения в Ярославской епархии сблизился с архиепископом Угличским Серафимом (Самойловичем), который с 1924 по 1926 год в связи с арестом митрополита Агафангела (Преображенского) фактически управлял Ярославской епархией.
Иеромонах Мардарий по приезде на приход не стал искать на новом месте удобств, устроив себе келью в не приспособленной для постоянной жизни баньке на окраине села. Впоследствии, когда ОГПУ вызвало одного из священников, чтобы он охарактеризовал иеромонаха, тот сказал:
«В личной жизни иеромонах Мардарий представляет из себя монаха-аскета, строго исполняющего предписания монашеской жизни, преданного церковности, весьма аккуратного и истово совершающего богослужения, и при этом очень часто, в сравнении с... окружающим духовенством. Его богослужение привлекает массу богомольцев. Проповедей иеромонах Мардарий не произносил, но духовные наставления давал на исповеди, вот почему его авторитет как духовника и духовного руководителя среди его последователей был очень велик. Исповедь его была очень продолжительная, и в этом отношении, несомненно, он оставил далеко позади всех своих сослуживцев-священников. В этой исповеди причина его популярности».
Многие священники были тогда уже арестованы, и иеромонах Мардарий оказывал им материальную помощь через их родственников. Сам он во время служения в селе Деревеньки по многочисленности своей паствы ни в чем не нуждался и щедро помогал другим.
Угличское викариатство распоряжением митрополита Сергия (Страгородского) вошло после ареста в 1928 году архиепископа Серафима (Самойловича) в подчинение епископа Рыбинского Серафима (Протопопова), но в большинстве храмов за богослужением по-прежнему поминали архиепископа Серафима (Самойловича). Это продолжалось до тех пор, пока епископ Серафим (Протопопов) лично не посетил приходов. Отец Мардарий, как и многие единомышленники владыки Серафима (Самойловича), не согласился с этим назначением, считая, что оно сделано в угоду гонителям, и по-прежнему в качестве своего епархиального архиерея поминал архиепископа Серафима (Самойловича). Весть об этом быстро распространилась, и в село Деревеньки стали приезжать верующие за пятьдесят километров; приезжали не только из сел и деревень, но и из городов: из Углича и Калязина, так что сельский храм, в котором службы были почти ежедневные и служились по-монастырски, был всегда полон молящихся. Видя такое стечение людей в храме, отец Мардарий стал готовиться к аресту, а чтобы по возможности отдалить его, держался сдержанно и осторожно, дабы не дать ищущим повода в чем-либо себя обвинить.
Иеромонах Мардарий был арестован в феврале 1933 года. На допросах он показал, что его посещает много верующих не только из деревень, но и из городов. Случаи бесед с крестьянами у него бывали, но бесед против коллективизации он не вел. Исповедь у него была продолжительностью пять-десять минут и проходила до начала богослужения. На исповеди он, как священник, призывал к вере в Бога и жизни по заповедям. Проповедь перед исповедью он произносил с амвона, а затем исповедовал индивидуально, но вопросов, касающихся колхозов, ему при тайной исповеди не было. Он подтвердил следователю, что действительно является единомышленником архиепископа Угличского Серафима (Самойловича).
11 июня 1933 года иеромонах Мардарий был доставлен в тюрьму в город Углич. Узнав об этом, верующие отправились туда и стали хлопотать об освобождении пастыря. Уполномоченный Угличского ОГПУ заявил священнику, что он может освободить его, но только при условии, что тот покинет Угличский район. 13 июля 1933 года уполномоченный постановил освободить отца Мардария «за недостаточностью обвинения» и 17 июля взял у него расписку, что он покинет район, после чего отец Мардарий уехал в Рыбинск.
Летом 1935 года назначен служить в Георгиевскую церковь в селе Юрьевском Мышкинского района Ярославской области, и здесь возобновил истовое монастырское богослужение. Но долго это продлиться не могло. 9 января 1937 года сотрудники НКВД арестовали отца Мардария и много раз допрашивали.
— Вам вменяется в вину, что вы, являясь священником церкви села Юрьевское Мышкинского района, на протяжении длительного периода времени занимались антисоветской агитацией и распространением среди населения провокационных слухов. Признаете ли вы себя виновным в этом?
— Я это категорически отрицаю и заявляю, что никакой антисоветской агитации я среди населения не вел и никаких провокационных слухов не распространял.
— Следствию известно, что вы вплоть до последнего времени имели связь с церковниками, проживающими не в вашем приходе, в частности, вы имели связь с церковниками Угличского района, и в церковь, где вы служили, был большой наплыв верующих, потому что вас считали активным тихоновцем, ярым противником советской власти, и свою ненависть к существующему строю вы пытались привить тем людям, в среде которых вы вращались. Что вы скажете по существу этого?
— Никакой связи с верующими других приходов я не имел. Я вел замкнутый образ жизни. Никуда не ходил и знакомств ни с кем не имел. Единственным местом, где я встречался с верующими, была церковь, но и там я никогда не вел бесед с верующими, кроме как по долгу службы как священник. Из других районов ко мне в церковь верующие не приходили, за исключением верующих из ближних к моему приходу сел и деревень... К советской власти я относился лояльно и ненависти не питал и враждебных взглядов никому не прививал.
28 апреля следователь в последний раз допросил священника:
— Признаете ли вы себя виновным в срыве колхозных работ из-за религиозных обрядов?
— В срыве колхозных работ я виновным себя не признаю, так как ко мне в церковь верующие приходили добровольно, по своему желанию, и я никого не агитировал, чтобы бросить работу и приходить в церковь. Руководители колхоза и сельсовета в то время никаких претензий не предъявляли.
— Признаете факт, что вы выгнали из церковной ограды представителя сельсовета и председателя колхоза, когда они явились к вам, чтобы проверить сохранность церковного имущества?
— Нет, это я категорически отрицаю. Такого факта не было. Я помню, был такой случай: во время церковной службы к окну, выходящему из алтаря в церковную ограду, подошли двое неизвестных мне людей и долго стояли у окна, отвлекая меня от службы; я послал псаломщика, чтобы он попросил их отойти от окна, дабы не мешать мне служить.
В июне 1937 года следствие было закончено, и 9 июля отцу Мардарию предоставили возможность ознакомиться с обвинительным заключением. Он обвинялся в том, что «проводил... антисоветскую агитацию и распространял среди населения церковную литературу антисоветского содержания».
10 декабря 1937 года состоялось заседание Специальной Коллегии Ярославского областного суда. Отвечая в суде, иеромонах Мардарий сказал, что вполне понимает, в чем его обвиняют, но виновным себя в этом не признает — распространением церковной литературы и агитацией против советской власти не занимался.
Суд определил, что, поскольку в судебное заседание не явилось несколько свидетелей, «слушание дела отложить до следующего судебного заседания». К этому времени иеромонах Мардарий почти год находился под следствием.
Во второй половине 1937 года, дело отца Мардария было передано на решение внесудебной тройки НКВД, которая 17 марта 1938 года приговорила его к расстрелу.
Расстрелян 18 марта 1938 года в Ярославской области. Погребен в общей безвестной могиле.
