Борис Костин — крестьянский сын из деревни Победное Мценского уезда Орловской губернии. Младший ребенок в семье, отец благословил его идти в монастырь.
Поступил в Оптину пустынь. 5 августа 1900 года 34-летний Борис Костин был пострижен в монашество. 23 августа 1904 года был рукоположен во иеродиакона, а 8 августа 1910 года — во иеромонаха.
26 июня 1914 года был командирован в качестве священнослужителя в управление 8-й бригады госополчения Московского военного округа. По окончании Первой мировой войны вернулся в обитель и служил в ней до ее окончательного закрытия в 1923 году. После выселения из монастыря поселился в деревне Сосенка Козельского района Калужской области, совершал требы по деревням.
В 1937 году посетил свою роди ну, вероятно думая остаться здесь до своей кончины — в это время он уже был болен туберкулезом. Узнав, что за ним следят, и уже сотрудники НКВД приходили и интересовались приехавшим монахом, возвратился в деревню Сосенка. Здесь сильно разболелся и во время болезни, 13 декабря 1937 года, был арестован и заключен в камеру предварительного заключения при Козельском районном отделении НКВД. Тогда же в течение четырех дней были арестованы супруга священника, служившего до своего ареста в Благовещенской церкви в Козельске, староста этой церк ви и шесть монахинь и послушниц Шамординского монастыря. Все они обвинялись в том, что, встречаясь в доме супруги арестованного священника и «будучи враждебно настроены к политике советской власти, взаимно договорившись между собой, собирали нелегальные религиозные сборища, куда вовлекали отсталую часть колхозниц и колхозников, распространяли религиозные листовки и проводили контрреволюционную агитацию среди населения».
Сразу же после ареста следователь допросил отца Пафнутия.
— Следствие располагает свидетельскими показаниями о том, что вы как... монах состояли в контрреволюционной организации, возглавляемой попадьей... проводили по ее заданию среди населения контрреволюционную агитацию против советской власти и ее мероприятий. Следствие требует дать правдивые показания.
— Виновным себя в этом не признаю, в контрреволю ционной организации я не состоял и агитации не вел.
— Следствие располагает данными о том, что в декабре 1936 года вы проводили контрреволюционную агитацию против переписи населения. Требуем правдивых показа ний.
— Виновным в этом себя не признаю...
— Следствие имеет точные данные о том, что вы по заданию попадьи... проводили в декабре 1937 года контрреволюционную агитацию против выборов в Верховный Совет. Требуем правдивых показаний.
— Виновным себя в проведении контрреволюционной агитации не признаю и против выборов в Верховный Совет не выступал.
— Признаете ли себя виновным в предъявленном обви нении?
— Виновным себя в предъявленном обвинении... не при знаю...
16 декабря 1937 года было составлено обвинительное заключение и дело отправлено на рассмотрение внесудеб ной тройки. Судя по тому, как развивались дальнейшие события, материалы дела были переданы лишь на отца Пафнутия, и 5 января 1938 года тройка НКВД приговори ла его к расстрелу. Монахини, церковная староста и жена священника, найдя, вероятно, возможность договориться со следователями, в феврале 1938 года были из-под стражи освобождены.
Расстрелян 19 января 1938 года в 4 часа утра и погребен в общей безвестной могиле.
