Петр Ионов — крестьянский сын из села Троицкого Каменского уезда Пензенской губернии. После окончания курса в сельском училище Петр удалился в Свято-Троицкий Сканов монастырь, 16 ноября 1907 года был зачислен послушником, ему было 24 года. С 10 июля 1912 года, по благословению настоятеля монастыря, в течение двух месяцев он был в паломничестве в Киево-Печерской лавре. В 1913 году принял монашеский постриг с именем Пахомий. 6 июля того же года рукоположен был в сан иеродиакона и определён на послушание письмоводителя. Как отмечали все в обители, был он «качеств отлично хороших, весьма способен, честен, усерден и кроток». Вскоре (не позже 1917 года) последовала и священническая хиротония.
После официального закрытия монастыря в 1928 году иеромонах Пахомий жил в селе Троицком, где содержал пасеку. Когда через два года пасека была конфискована, он принял на себя подвиг духовного окормления православных христиан в условиях гонений. С риском для жизни он проходил по селениям и совершал священническое служение.
В селе Пичуры близ Свято-Троицкого Сканова монастыря располагалось монастырское подворье. Здесь вокруг иеромонаха Пахомия собралась небольшая община. Богослужения совершались в приспособленной под церковь келии церковной старосты Февронии Цибиркиной (+ 1986). К общине присоединились священник Ефрем Курдюков и вернувшийся из концлагеря бывший настоятель Сканова монастыря архимандрит Филарет (Игнашкин).
27 июня 1935 года отец Пахомий был арестован. С ним были арестованы и 12 подвижников нелегального монастыря: иеромонах Макарий (Камнев) из с. Вьюнки; монахиня Таисия (Проказова); монахиня Параскева (Шиндяпкина), Павел Кузьмич Аношкин, Василий Филиппович Мелешкин и Матфей Алексеевич Родчин из с.Н.-Пичуры; Никифор Григорьевич Беспалов, Алексей Евдокимович и Любовь Алексеевна Шароновы из села Казенчик; келейницы о. Пахомия — Пелагия Мещерякова и Мария Метальникова из села Каменки; Иван Шелконогов из села Клиновка. До 21 сентября они содержались в Пензенской тюрьме, проходили по групповому делу «Дело иеромонаха Пахомия (Ионова) и др., Мордовская АССР, 1935 г.».
Иеромонах Пахомий обвинялся в том, что был якобы «враждебно настроен к существующему строю, проживая нелегально в селе Пичуры, создал контрреволюционную группу из церковного и монашеского актива, проводил нелегальные сборища, распространял контрреволюционную литературу — «Протоколы сионских мудрецов» и проводил «антисоветскую и антиколхозную пропаганду», направленную «на ослабление существующего строя, колхозного строительства».
21 сентября 1935 года особым совещанием при НКВД СССР, по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР отец Пахомий был осужден к пяти годам концлагерей. Направлен он был в Бидаикское отделение Карлага НКВД. 20 сентября 1937 года был арестован в лагере, проходил по групповому делу «Дело митрополита Евгения (Зернова) и др., Караганда, 1937 г.». Из обвинительного заключения: «Собираясь в общежитиях, кипятилке, сторожке горючего и на огороде з/к Зернов, Ионов, Выжва, Ащепьев и Крейдич под руководством Зернова проводили к/р религиозную, монархического толка, пропаганду, служили панихиды по поводу расстрела врагов народа Тухачевского, Уборевича и др., распространяли провокационные слухи о войне и гибели Советской власти».
Решением тройки при УНКВД по Карагандинской области, по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР, иеромонах Пахомий был приговорён к расстрелу.
Расстрелян 20 сентября 1937 года.
