Василий Никольский — сын писаря, окончил духовное училище и в 1895 году, 23 лет, поступил послушником в Чудов монастырь в Москве, где вскоре был пострижен в монашество с именем Варлаам. Около 1909 года он был рукоположен в сан иеродиакона, а затем — в сан иеромонаха. С 1917 по 1925 год иеромонах Варлаам служил в Москве в церкви Никола-Плотники на Арбате, с 1925 по 1929 год — в храме Спас-Пески на Арбате. В 1929 году он был возведен в сан игумена.
28 декабря 1930 года игумен Варлаам был арестован. 31 января 1931 года следователь допросил игумена Варлаама, и он сказал: «На заданный мне вопрос о моем отношении к существующему строю показываю: я монах, сторонник Церкви тихоновской ориентации, поэтому привык к повиновению, и поскольку такая политическая власть дана Богом, то, следовательно, я ей полностью подчиняюсь и даже поддерживаю. Родственников, как в пределах Союза, так и за границей, кроме упомянутого мною брата, не имею и переписки также, поэтому вращаюсь исключительно в среде своих прихожан». По окончании допроса следователь подписал постановление, в котором говорилось: «Имеющиеся в деле материалы полностью подтверждают контрреволюционную деятельность Василия Михайловича Никольского, выражавшуюся в антисоветской агитации». На этом следствие было закончено, и Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило игумена Варлаама к трем годам ссылки в Казахстан.
По возвращении из ссылки отец Варлаам был направлен служить в Покровский храм в село Дьяково Московской области. 20 октября 1936 года он был переведен служить в Покровскую церковь в село Андреевское Дмитровского района. 5 ноября 1937 года власти арестовали.
Лжесвидетели показали, что игумен Варлаам «за последнее время всячески пытается расширить и укрепить влияние Церкви на население, и в этих целях он участил службы в церкви; вместо того чтобы служить только по воскресным дням, ввел службы и в выходные дни для рабочих Яхромской фабрики, причем сами службы тянутся очень долго. Кроме этого, священник в целях расширения своего влияния и авторитета пытается вмешиваться в вопросы воспитания детей в школе и ведет среди школьников религиозную пропаганду. В мае 1937 года он, проходя мимо школы, говорил школьникам, что в школе неверно преподают о происхождении человека. Когда ребята-школьники сказали ему, что в школе им учитель говорит, что человек произошел от человекообразного животного, священник им на это ответил: "Ваш учитель врет, человека сотворил Бог". После этого священник благословил ребят и ушел. Из указанных фактов явствует, что Никольский к существующему строю настроен враждебно».
Будучи допрошен, отец Варлаам виновным себя не признал.
— Вы среди населения, используя религиозные предрассудки, вели антисоветскую агитацию — в частности, говорили: «Советская власть счастья не принесет, надо венчаться в церкви»? Дайте об этом показания.
— Я действительно среди населения говорил о том, чтобы граждане венчались в церкви, советовал это приходящим ко мне, но антисоветской агитации не вел.
— Вы среди населения распространяли клевету о выборах в органы советской власти?
— По этому поводу я говорил лишь о том, что нас все равно на выборы не позовут. Никакой агитации я не вел.
— Вы среди детей-школьников пытались вести религиозную пропаганду? В частности, говорили о том, что в школах неверно объясняют происхождение человека?
— В прошлом году я проходил мимо школы, и ко мне обратился ученик школы с вопросом, откуда произошел человек, сказав, что учитель говорил на уроке о том, что человек произошел от обезьяны, и спросил меня, как я считаю, а я на это ответил ему, что от Бога. Больше я ничего не говорил.
— Признаете ли вы себя виновным в том, что вели среди населения антисоветскую агитацию? — Виновным себя в этом не признаю.
17 ноября Тройка НКВД приговорила отца Варлаама к расстрелу. Игумен Варлаам (Никольский) был расстрелян 19 ноября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
