Александра Кожевникова — мещанская дочь из города Боровичи Новгородской губернии. В 1875 году, по окончании Боровичского городского училища, 16-летняя Александра Кожевникова поступила послушницей в тихвинский Введенский девичий монастырь. В 1899 году приняла монашество с именем Иоанникия.
19 марта 1902 года утверждена казначеем Введенского монастыря.
Являлась ближайшей помощницей настоятельницы игум. Аполлинарии (Владыкиной). Впоследствии, ввиду преклонного возраста игумении Аполлинарии м. Иоанникия фактически взяла на себя управление монастырем. К 1914 году в обители было ок. 200 монахинь и послушниц, действовал приют для девочек-сирот.
8 сентября 1918 года Иоанникия была возведена в сан игумении и назначена настоятельницей Введенского монастыря.
После революции обитель была официально закрыта, однако монастырские храмы еще некоторое время действовали как приходские. Сохранялась и монашеская община; монахини проживали в оставшихся у них помещениях. Игумения из настоятельских покоев переселилась в тесную келейку, расположенную на колокольне. К 1926 года власти выселили из Введенского монастыря всех монахинь. Часть сестер осталась в Тихвине, по возможности для общей молитвы они собирались у Иоанникии. Престарелая игумения закрытого монастыря пользовалась большим авторитетом среди верующих, к ней часто обращались за духовным советом. По свидетельским показаниям, «будучи авторитетной среди церковной среды и бывшего монашествующего элемента, быстро добивается привлечения на свою сторону верующих».
15 ноября 1937 года игум. Иоанникия была арестована по обвинению в «участии в контрреволюционной группе». Проходила по групповому делу «Дело протоиерея Сарва Ивана Романовича и других., г.Тихвин, 1937 г.». На единственном допросе, когда Иоанникии были предъявлены обвинения в «контрреволюционной деятельности», она отказалась признать себя виновной и не стала давать показания против других лиц.
25 ноября Особой тройкой УНКВД по Ленинградской области приговорена к расстрелу.
Расстреляна 3 декабря 1937 года вместе с другими новомучениками в г. Тихвине Ленинградской обл., погребена в общей безвестной могиле.