Федор Богоявленский — сын священника из села Сеславина Ярославского уезда Ярославской губернии. В 1904 году, 23 лет, окончил Ярославскую духовную семинарию.
21 января 1905 года был назначен учителем в Оболтинскую цер ковноприходскую школу. 24 октября того же года перешел в земскую школу. 20 декабря 1907 года был рукоположен во священника ко храму Покрова Пресвятой Богородицы в селе Покровское в Жарах Даниловского уезда.
В 1920-х годах служил настоятелем в храме в селе Осенево Гаврилов-Ямского района.
В начале февраля 1930 года дошли слухи, что многие священники этого рай она арестованы и высланы, а все имущество их конфисковано. Беседуя об этом с диаконом храма Сергием Урусовским, отец Феодор предложил отслужить службу в ближайшую субботу, 8 февраля, так как это день памяти его почившей родственницы, а может статься, что уже больше и не придется служить.
8 февраля состоялось богослужение, на котором присутствова ло более сорока прихожан. После утрени они исповедовались, но во время литургии пришло еще больше народу, так как день был базарный, многие крестьяне съехались из соседних деревень, до всех дошел слух, что церковь могут закрыть, и многие причаща лись; некоторые не успели исповедаться, и отец Феодор пришедшим во время литургии предложил приготовиться к исповеди и причастию на следующий день, в воскресенье.
После литургии отец Феодор, по показаниям свидетелей, будто бы сказал: «Настало время нам с вами проститься, нас всех и вас советская власть выселит и угонит неизвестно куда. Причаститесь в последний раз, православные, и будьте готовы ко всему».
10 февраля 1930 года священник Феодор Богоявленский, диакон Сергий Урусовский и четверо прихожан были арестованы.
Отвечая на во просы следователя, отец Феодор сказал: «Из арестованных со мною крестьян я знаю всех как прихожан. 8 февраля, в субботу, в церкви совершалось богослужение. Утреня была без звона на ко локольне. Присутствовало около сорока человек. Во время обедни сколько собралось народу, не могу сказать. За службой верующие подали себе мысль причаститься. Среди крестьян ходили слухи о том, что скоро закроют церковь и духовенство вышлют, поэтому я и предполагаю, что мысли об исповеди и причастии вызваны вли янием этих слухов. Виновным в антисоветской деятельности я се бя не признаю».
16 марта 1930 года тройкой ОГПУ приговорен вместе с другими арестованными к трем годам ссылки в Северный край. Был сослан в город Тотьму Вологодской области.
Скончался 10 февраля 1933 года в ссылке от воспаления легких.