Алексей Никольский — сын священника села Генино Серпуховского уезда Московской губернии. В 1892 году 15-летний Алексей окончил Заиконоспасское духовное училище, в 1898 году — Вифанскую духовную семинарию, а в 1902 году — Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
C 1902 года служит помощником ректора Тверской духовной семинарии.
В 1903 г. совершил паломническую поездку на Святую Землю в составе группы студентов.
Впоследствии — преподаватель в Рославльском духовном училище, помощник секретаря и член правления «Общества во имя свт.Тихона для вспомоществования бедным».
В 1904 г. женился и решил принять священнический сан. Попросил направить его служить не в городской, а в сельский храм, сам объехал множество подмосковных церквей и остановился на с. Троицкое-Кайнарджи и стал настоятелем Троицкого храма в этом селе.
Отец Алексий хотел сплотить прихожан и поднять авторитет церковнослужителей, которых одна часть русского общества третировала как малоразвитых, а другая — завидовала им, как мнимо богатым. В Троицком о. Алексия очень уважали, любили, считались с ним, причем это были люди не только простые, но и интеллигенция. О. Алексий устраивал службы по образцу старинных, например, — длинную всенощную с перерывами для отдыха и раздачей хлеба для подкрепления сил. Он переписывался и уделял много внимания беседам с такими лицами как профессора: Ушаков, Некрасов, Строганов.
Был хорошим проповедником, причем в проповедях знакомил прихожан с историей Церкви, объяснял смысл богослужения. С 1907 года преподавал Закон Божий в Кожуховском земском училище.
После революции 1917 года семья о.Алексия бедствовала. Кто-то из прихожан подарил ему корову, крестьяне выделили часть поля под покос и посадки картофеля, землю для огорода. Священник с матушкой управлялся по хозяйству с помощью сына и двух дочерей-подростков.
В 1921 г. во время кампании по изъятию церковных ценностей о.Алексий уговорил приехавшую комиссию принять церковное серебро на вес, и пока приезжие пили чай, а затем играли в футбол на лужайке перед храмом, посланные батюшкой доверенные люди обошли всех знакомых, и было собрано необходимое количество серебряных ложек, вилок и прочего — церковная утварь была спасена.
Популярность о.Алексия с годами возрастала, и это, конечно, раздражало районные власти, а чинимые ими утеснения (отняли картофельное поле, лишили доли в деревенском покосе и т.д.) только увеличивало всеобщее сочувствие к нему.
В 1929 г. исполнилось 25 лет служения о. Алексия в Троицком храме. Он был награжден митрой и не удержался от устройства торжества при ее вручении: депутации с поздравлениями приехали со всей округи. А перед тем было поднятие колокола — о.Алексий привез его из подлежавшей сносу церкви. Один из друзей батюшки, юрист, увещевал его «не слишком громко звонить».
В конце 20-х годов в соседней деревне Фенино открыли избу-читальню; присланный из Москвы комсомолец-избач повел себя нагло: не только насмехался над «предрассудками» селян, но начал приставать к местным девушкам. Местные ребята за это его раза два отколотили. Как-то раз, когда отец Алексий ночью проходил по деревне (видимо, его позвали к кому-то для исполнения срочной требы), в кустах раздался выстрел. Хотя отец Алексий шел в полном одиночестве, наутро местным властям о происшествии стало известно, и батюшку стали обвинять в подстрекательстве на убийство избача.
В 1930 году был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности и приговорен к трем годам ссылки.
В начале 1931 г. был выслан на лесоповал на реке Пинеге под Архангельском. В 1932 г. его перевели в д. Ваймуша на Обозерский лесопункт, где сконцентрировали высланное духовенство.
О.Алексий подружился в ссылке со своим напарником, священником из Весьегонска. Их поселили в крохотной комнатушке при домике, отведенном группе ссыльных монахинь. Плотно закрыв окна и двери, священники и монахини смогли совершать тайно церковные службы. Им удалось совершить службы Страстной Седмицы и Пасхи.
В 1933 г. был освобожден без права проживания в Московской области. За это время матушку с детьми лишили прописки в Московской области, выселили из дома и отобрали все имущество. Они приютилась у знакомых.
О. Алексий же был возведен в сан протоиерея, получил назначение под Весьегонск в с. Малое Фоминское и занялся ремонтом церкви, закрытой из-за ареста священника. Матушке Анне Николаевне помогли купить домик в с.Малое Фоминское.
16 февраля 1938 года отца Алексия вызвали в райцентр «для проверки паспорта», но он был арестован по обвинению в антисоветской агитации и заключен в тюрьму в городе Весьегонске.
На следующий день были допрошены два свидетеля-родственника, бригадиры колхозов «Знамя труда» и «Новый путь». В начале февраля один из них похоронил жену, и по этому случаю они оба оказались в церкви. В этот день хоронили еще двух стариков. Бригадиры показали, что отец Алексий во время отпевания сказал:
«Вот эти два старика умерли как православные, они посещали церковь, причастились и умерли по-Божьи, а эта раба Божия — храм не посещала... При советской власти стало много умирать народа, люди стали слабые, живут в недостатках, храмы не посещают, а советская власть над храмами надругается и разрушает их, православных притесняют, молодежь совсем забыла церковь».
Также один из них показал, что когда в селе умер заместитель председателя колхоза, то его жена хотела после так называемой «гражданской панихиды» отпеть его в храме, но отец Алексий на это сказал: «Я его отпевать не буду, он не наш, Бога не признавал и в церковь не ходил».
В этот же день был допрошен и отец Алексий. На вопрос о том, кого он знает из священников, отец Алексий ответил, что знает только одного священника, с которым был в ссылке и которому исполнилось уже семьдесят лет и он в храме не служит. Следователь потребовал от него, чтобы он рассказал о своей антисоветской деятельности, и напомнил ему случай, о котором поведали свидетели.
Отец Алексий на это ответил:
«В первых числах февраля 1938 года мне пришлось одновременно отпевать трех покойников. Во время отпевания я произнес коротенькую проповедь, в которой выразил верующим свое удивление, что в один день приходится отпевать троих, раньше такие случаи были редки, и я призвал к покорности воле Божьей колхозников. Антисоветской агитации я не вел».
22 февраля 1938 года следствие было закончено, и 6 марта тройка НКВД приговорила священника к расстрелу.
Был расстрелян 8 марта 1938 года и погребен в безвестной общей могиле.