Алексей Никонов — сын московского землемера. В 1902 году, будучи 21 года, окончил Московское коммерческое училище и с 1903 года служил в армии. В 1905 году оставил службу и поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1910 году. С 1911 по 1914 год работал учителем в городе Данкове Рязанской губернии.
С началом Первой мировой войны он был призван в армию и служил в Могилевской губернии прапорщиком в 11-ой Сибирской стрелковой дивизии 43-го Сибирского стрелкового полка. В 1917 году был переведен в 712‑й полк, который располагался в Пинских болотах. С декабря 1917 года по июль 1918 года командовал взводом караульной роты в городе Данкове и был помощником военного руководителя.
С 1918 года возобновил учительскую деятельность. В 1921 году стал псаломщиком. В конце августа 1922 года был рукоположен во священника и служил в Успенской церкви подмосковного города Клин.
В мае 1922 года возник обновленческий раскол. Епископ Клинский Иннокентий (Летяев) признал незаконное обновленческое ВЦУ и тем самым уклонился в раскол. На его место патриархом Тихоном был назначен епископ Гавриил (Красновский), который выступил против раскола и антицерковной деятельности его представителей. В этом ему помогал благочинный города Клин священник Алексий Воробьев. 26 сентября 1924 года священник Алексий Никонов вместе со священником Алексием Воробьевым были арестованы по обвинению в том, что они «без разрешения местной власти устроили в церкви города Клина собрание верующих, на котором произносили агитационные речи о гонении советской властью православия».
16 октября отец Алексий Никонов был вызван на допрос.
— Скажите, гражданин Никонов, принимали ли вы участие в нелегальном собрании, устроенном по инициативе гражданина Воробьева? — спросил следователь.
— Собрания такого не было, а священник Воробьев, созвав священника Успенского, диакона Щедрова и председателя церковного совета Еремеева, объявил им и случайно собравшемуся народу, что собрания как такового нет, а будет объявление резолюции епископа Гавриила, — ответил священник.
— Что заставило вас распространять провокационные слухи о связи ВЦУ с ОГПУ и советской властью?
— Таких слухов я не распространял.
До вынесения приговора отец Алексий находился в Бутырской тюрьме в Москве. Поскольку вины священников следствие доказать не могло, их держали несколько месяцев в тюрьме не допрашивая. 27 февраля 1925 года Особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило священника Алексия Никонова к высылке в Нарымский край на два года.
После отбытия срока ссылки отцу Алексию было три года запрещено проживать в шести крупных областях страны. Отец Алексий поселился в селе Спас-Дощатый Зарайского района Московской области и стал служить здесь в Преображенском храме, стараясь строго исполнять богослужебный устав.
Некий коммунист написал уполномоченному ОГПУ заявление, в котором просил принять срочные меры для выяснения личности священника села Спас-Дощатый, который работает около двух лет в церкви попом, ведет контрреволюционную работу. Главным образом обрабатывает молодежь, рассказывает проповеди каждую службу, не по одной, а по две или по три проповеди. Я, как человек партийный, заявляю, что необходимо принять срочные меры о высылке его.
В феврале 1930 года отец Алексий был арестован по обвинению в антисоветской деятельности и заключен в Зарайском административном отделе. 10 февраля священника допросили. На вопросы следователя он ответил: «В проповедях против советской власти не выступал, говорил в отношении духа неверия, что если человек не верит, то жизнь сама обязательно приведет его к вере, но, однако, советской власти не касался. В проповедях я говорил, что в школах детей учат читать и писать, а дома верующие могут учить Закону Божьему. Против коллективизации я никогда не выступал, и это не мое дело. Виновным себя в антисоветской агитации не признаю. Могу добавить, что я болен туберкулезом легких с утратой восьмидесяти процентов трудоспособности, на что имеется свидетельство».
На основании свидетельских показаний было составлено обвинительное заключение, в котором вина священника была сформулирована так: «В 1927 году, получив должность в церкви при селе Спас-Дощатый, снова повел контрреволюционную агитацию среди населения путем частых выступлений с проповедями, в которых внушал верующим, что религия жива и непобедима и будет существовать до скончания века, несмотря на гонение со стороны власти и безбожников-коммунистов. До приезда Никонова в село церковь своего лица не имела, служба совершалась только по праздникам, верующие почти не ходили. С приездом же Никонова церковь оживилась, богослужение совершалось каждый день утром и вечером с продолжительностью 4–7 часов, а также частые произнесения проповедей привлекали много верующих и в особенности женщин, не только старух, но и молодых. Никонову удалось организовать хор, куда входили преимущественно женщины и дети несовершенных лет. Кроме призыва верующих к защите религии, Никонов старался запугивать верующих и такими моментами: „аборты делать большой грех. Советская власть позволяет убивать детей, чего никогда не было, это делают только безбожники-большевики. Гражданские брак и похороны — это временная стихия, придет время, буря стихнет, православная вера будет на своей высоте“. В одну из проповедей в конце 1929 года призывал верующих помочь ему в уплате налога, ходил сам по домам своего прихода, собирал деньги и распространял контрреволюционные слухи».
Прокурор Коломенского округа, которому дело было послано на утверждение, вернул его, посчитав, что оснований к привлечению священника Никонова к ответственности собрано недостаточно, так как показания свидетелей не могут служить основанием для привлечения к ответственности по статье 58/10, а посему полагал бы: дело производством прекратить и Никонова из-под стражи отпустить.
Старший уполномоченный Коломенского окружного отдела ОГПУ Чесноков, ввиду вынесенного прокурором заключения о прекращении дела, решил направить его на рассмотрение тройки ОГПУ. 30 апреля 1930 года на заседании тройки было принято решение зачесть отцу Алексию в наказание срок предварительного заключения и из-под стражи освободить.
После освобождения отец Алексий продолжал служить в Преображенском храме.
25 сентября 1936 года он был арестован Московским управлением НКВД по обвинению в том, что он среди населения ведет контрреволюционную агитацию против существующего строя советской власти. В проповедях в церкви среди верующих заявил: юношам, девицам и детям у нас в стране не дают возможности свободно посещать церковь, советская власть делает гонение на верующих. Среди духовенства делал призывы к тому, чтобы все себя вели мужественно в случае, если придется пострадать за веру.
26 сентября отец Алексий был допрошен в Зарайске.
— Где, когда и при каких обстоятельствах вы познакомились с Федором Поздеевским и Поликарпом Соловьевым?
— С архиепископом Феодором (Поздеевским) я знаком с 1909 года в бытность его ректорства в Московской духовной академии. После, в 1917 и 1918 годах, я с ним встречался в Даниловском монастыре, где он был настоятелем, и в 1933 году я встречался с ним в городе Зарайске у своей тещи... у которой он проживал на квартире. С архимандритом Поликарпом (Соловьевым) знаком по совместной учебе в Московской духовной академии, и с того времени я с ним встречался до ареста, то есть до 1924 года. После освобождения я с ним встречался с 1932 года по день его отъезда из Зарайска, до начала 1936 года... Мои встречи с архиепископом Феодором продолжались до его ареста, то есть до 3 ноября 1934 года... При наших встречах с архиепископом Феодором и архимандритом Поликарпом возникали беседы на тему церковной жизни дореволюционного периода и после, при существующем строе советской власти, и главным образом касались вопроса закрытия духовных учебных заведений, разгона и закрытия монастырей и уменьшения числа верующих.
Через некоторое время отец Алексий был переведен в Бутырскую тюрьму в Москве. 9 декабря его допросил следователь Булыжников.
— Кто из попов принимал участие в обсуждении дополнений к проекту новой конституции?
— В обсуждении дополнений к проекту новой конституции принимали участие священники Иван Смирнов, Петр Соловьев и я, Никонов.
— Кто является автором контрреволюционной рукописи «Дополнение к проекту новой конституции»?
— Автором рукописи являюсь я. Написал я ее по своему собственному убеждению.
— Изложите содержание вашей рукописи «Дополнение к проекту новой конституции».
— Я в своей рукописи в качестве дополнения к проекту новой конституции выдвигал вопрос об изменении статьи 124, по которой сохраняется свобода антирелигиозной пропаганды за всеми гражданами. Я предлагал статью 124 дополнить в том смысле, чтобы нам, служителям культа, по новой конституции была представлена полная свобода религиозной пропаганды, как в церкви, так и вне ее. Устройство религиозных бесед в домах и общественных местах, религиозная пропаганда за всеми гражданами в общественных местах и в домах верующих также должны быть подтверждены новой конституцией. Выдвигал я и другие вопросы: об оживлении церковной деятельности, об ограждении церковной жизни от административного вмешательства местных сельсоветов и райсоветов, сосредоточив все это в руках верховной власти. Это все я хотел сделать через Синод легальным порядком.
— Признаете ли вы себя виновным в предъявленном обвинении?
— Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю.
20 января 1937 года Особое совещание при НКВД приговорило отца Алексия к заключению в исправительно-трудовой лагерь сроком на пять лет.
Священник Алексий Никонов был отправлен этапом в Севжелдорлаг и, находясь в заключении, скончался 29 октября 1938 года. Погребен на отведенном кладбище поселка Кылтово Княжпогостского района Коми области на расстоянии от поселка 2,5 километра на юг.