Алексей Протопопов — сын псаломщика села Ильинского Бронницкого уезда Московской губернии. В 1896 году 16-летний Алексей Протопопов окончил Перервинское духовное училище, в 1902 — Московскую духовную семинарию и был назначен учителем в одну из церковноприходских школ Москвы.
В 1903 году Алексей Протопопов рукоположен во диакона к Богоявленскому храму в Москве; в 1907 году переведен в Казанскую церковь в Сущеве, где прослужил до ее закрытия в 1930 году и был переведен в храм преподобного Пимена Великого. После того как храм в 1934 году был захвачен обновленцами, диакон Алексий стал служить в соборе в честь Рождества Божией Матери в городе Орехово-Зуево.
В 1935 году он был рукоположен во священника ко храму в честь Казанской иконы Божией Матери в селе Казанском Павло-Посадского района, в котором и прошло все его недолгое пастырское служение до массовых гонений 1937 года.
20 ноября 1937 года сотрудники НКВД допросили трех свидетелей: старосту, члена церковной двадцатки и одного из прихожан Казанского храма. Они показали, что их священник часто проповедует — иногда во время службы, иногда после службы, стараясь как можно полнее раскрыть содержание и указать на значение того или иного праздника, и в особенности престольного — Казанской иконы Божией Матери. Свидетели также показали, что священник неоднократно обращался к прихожанам, чтобы они материально помогли храму, в котором только что был произведен ремонт, помогли деньгами на закупку дров для отопления и на оплату налогов государству, а также собрали средства на содержание патриархии. Во время служения на престольные праздники отец Алексий говорил, что всякий прихожанин должен с таким радостным чувством уходить после службы домой, чтобы эта радость через него стала достоянием и его домашних, чтобы и им захотелось прийти в храм. Свидетели показали, что священник во время проповеди жаловался, что стало мало ходить в храм православных, что раньше государство помогало Церкви, а сейчас, при советской власти, происходит все наоборот: церкви разрушаются, колокола снимаются, церковные ценности изымаются.
Отец Алексий был арестован 27 ноября 1937 года.
— Следствие располагает материалами о том, что вы систематически ведете антисоветскую агитацию, направленную на срыв мероприятий партии и правительства. Следствие требует от вас откровенных и правдивых показаний по этому вопросу. В чем выражается ваша антисоветская агитация?
— Я никакой антисоветской агитацией не занимался и по этому вопросу показать ничего не могу.
— Дайте показания, что вы говорили во время службы в религиозный праздник так называемой Казанской?
— 4 ноября, во время службы на празднование Казанской, я выступил по просьбе церковного совета со словом о том, что на отопление церкви нет дров. Для того, чтобы совершать богослужения, надо заготовить дрова. Поскольку у нас на это средств не имеется, я попросил верующих села Казанское, чтобы они пожертвовали на покупку дров и другие церковные нужды. После моего обращения был сделан обход с тарелкой, и кто сколько мог пожертвовал.
— Дайте показания, что вы говорили верующим во время богослужения на празднование в так называемый Николин день?
— Я выступил со словом во время богослужения, чтобы верующие пожертвовали, кто сколько сможет, на содержание нашей епархии. После моего слова был сделан обход с кружкой. Больше я ничего не говорил.
— Следствию известно, что вы восхваляли дореволюционное время и враждебно, в контрреволюционном духе отзывались о существующем строе, обвиняя в гонении на религию и духовенство. Признаете себя в этом виновным?
— Да, мне известно, что такие ценности, как колокола и другие, были изъяты, но я это никогда не осуждал и с амвона по этому по воду никогда не выступал и виновным себя в этом не признаю.
— Вы следствию даете ложные показания. Следствие требует от вас правдивых показаний по существу дела.
— Я следствию даю правдивые показания по существу дела и еще раз свою виновность в антисоветской деятельности отрицаю.
После допросов отец Алексий был отправлен в Таганскую тюрьму в Москве. 3 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.
Скончался в заключении 4 мая 1938 года и был погребен в безвестной могиле.
