Алексий Зиновьев происходил из семьи священника, в 1904 году, будучи 25 лет, закончил Тульскую духовную семинарию и был рукоположен во священника ко храму села Воскресенского Чернского уезда Тульской губернии. В 1914 году он был переведен в храм в городе Ефремове.
С 1917 года отец Алексий стал служить в храме в селе Сторожа Московской губернии. Когда в 1930 году, во время очередных гонений, он был арестован по обвинению в том, что будто бы создавал в селе антисоветские группы, прихожане дружно выступили в защиту священника — почти все жители села Сторожа пришли к сельсовету и потребовали освобождения ни в чем не повинного пастыря. Власти, однако, не освободили отца Алексия и препроводили его под конвоем в тюрьму в город Ефремов, где он находился под стражей около пяти недель, а затем все же был освобожден, вернулся в село и стал служить в храме по-прежнему.
В начале тридцатых годов в связи с коллективизацией, разрушением крестьянских хозяйств, насильственным образованием колхозов и отобранием у крестьян всего наличного хлеба крестьяне стали его скрывать, чтобы не умереть от голода. План, по которому крестьяне должны были сдать хлеб государству, превышал их возможности и обрекал на смерть от голода. Видя, что власти в селе проводят повальные обыски с целью изъятия хлеба, псаломщик Федор Кананыхин упросил отца Алексия до времени сложить принадлежащее ему зерно и муку на колокольне. Священник не смог отказать.
В 1932 году в ОГПУ стали поступать сведения, что в селе Сторожа план по хлебозаготовкам выполнен на 8,9% и будто бы виноваты в том священник Алексий Зиновьев, псаломщик Федор Кананыхин и крестьяне, часто посещавшие храм, — Иван Попов, Василий Разенков и Андрей Береговский. 2 декабря 1932 года все они были арестованы. 4 и 6 декабря власти произвели обыски в церкви и обнаружили два мешка ржи, мешок пшена и пятнадцать пудов муки, которые и отобрали в счет хлебозаготовок.
На допросе священник, отвечая на вопросы следователя, сказал, что встречался с псаломщиком и крестьянами и говорил, что единоличников советская власть задушила, не дает им жить, что раньше жилось лучше.
Вызванный на допрос псаломщик сказал: «Обнаруженный в церкви хлеб частично принадлежал мне. Прятать хлеб меня заставляло то, что вижу, что при советской власти проходит отбор хлеба, и хотя мне никакого задания не было, все же хлеб я свой спрятал. Для меня вообще при советской власти новое дело — чтобы производить у крестьян отбор хлеба, в прежнее время при царе этого не было и, во всяком случае, хлеб бы никто прятать не стал. А сейчас, конечно, нет ничего удивительного, что крестьяне начинают прятать хлеб». Кроме того, он сказал, что доказывал крестьянам, что колхозы — это барщина и разорение и ничего им не дают.
Подобные же показания дали и крестьяне, за исключением Ивана Попова, который сказал: «В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю, но не отрицаю того, что действительно встречался с кулаками Береговским и Разенковым, но связь эта была чисто товарищеская. Не отрицаю того, что хозяйство моего отца было кулацкое. Из обнаруженного в церкви хлеба мне ничего не принадлежало».
19 февраля 1933 года тройка ОГПУ приговорила священника Алексия Зиновьева к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен на каторжные работы на строительстве Беломорско-Балтийского канала. К трем годам заключения были приговорены псаломщик Федор Кананыхин и крестьяне Андрей Береговский и Василий Разенков, которые были отправлены на Беломорско-Балтийский канал. Только Иван Попов был приговорен к одному году принудительных работ и освобожден из-под стражи. Тяжелые работы настолько расстроили здоровье священника Алексия Зиновьева, что он был признан инвалидом и через полгода пребывания в концлагере освобожден. Он вернулся в село Сторожа и стал служить в храме.
В 1935 году власти захватили храм и начали использовать его под зернохранилище; с этого времени отец Алексий стал служить молебны в домах благочестивых прихожан. Так продолжалось до 1937 года.
16 августа представители НКВД допросили одного из лжесвидетелей, крестьянина села Сторожа. Он показал, что священник будто бы был одним из активнейших организаторов контрреволюционного восстания в селе Сторожа и будто бы говорил, что в колхоз вступать не нужно, колхозное строительство противно Богу, в колхозном строительстве будет процветать безбожие, Бога забудут; в единоличном хозяйстве сами себе хозяева, а там будут подневольными, рабами. «В результате его деятельности и агитации кулаков колхозы организовывались слабо. Имея тесную связь с кулачеством в селе Сторожа, по возвращении в село по отбытии наказания Зиновьев восстановил связь с кулаками, бывшими участниками контрреволюционного восстания, и продолжает ее по сие время. В их домах он часто служит молебны и всенощные. Осенью 1935 года, после постановления граждан о засыпке зерна в церковь, Зиновьев говорил верующим: “Грешно засыпать зерно в церковь, для зерна должны быть зернохранилища. Церковь — это дом Божий, где проповедуется слово Божие. Нужно церковь освободить и служить в ней. Господь накажет вас за богохульство”. В июне 1936 года Зиновьев говорил: “Вот Господь Бог вас наказывает за то, что вы богохульствуете. Нужно сейчас устраивать молебны, чтобы Господь дал дождя”. В результате члены церковного совета пришли в сельсовет просить разрешения на проведение в поле молебна о дожде. В июне в одном из домов в селе было богослужение, а после этого происходили антисоветские разговоры о выборах в сельские советы, и поп Зиновьев говорил: “Нужно в советы выбирать людей богобоязненных, хороших”».
24 августа 1937 года отец Алексий был арестован.
— Следствие располагает материалами о том, что вы в 1935 году систематически проводили церковные богослужения в домах верующих.
Отец Алексий подтвердил, что действительно он такие богослужения проводил и на них собирались верующие села Сторожа.
— Вы после богослужений вели контрреволюционные разговоры?
— Церковные службы я проводил, но никогда никаких антисоветских разговоров не вел.
Следователь обвинил священника в том, что он, устраивая богослужения в домах верующих, вел разговоры о создании колхозов и выказывал недовольство явлениями окружающей жизни.
Священник ответил, что в частных домах он служил и, оставаясь после богослужения, вел различные разговоры и, в частности, говорил: «Сейчас жизнь тяжелая, и особенно для меня».
15 сентября тройка НКВД приговорила отца Алексия к расстрелу. Священник Алексий Зиновьев был расстрелян на следующий день, 16 сентября 1937 года, и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.