Василий Гудко из униатской семьи посада Пыжовцы Люблинской губернии в семье униатов. В 1875 году, когда ему было 8 лет, вместе с родителями присоединился к православной церкви. Окончил Холмскую духовную семинарию со званием студента и, в 1889 году, поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию.
В 1891 году пострижен в монашество. 30 мая 1893 года рукоположен во иеромонаха.
В 1893 году окончил академию со званием кандидата богословия был и назначен заведующим миссионерским катехизаторским училищем в Бийске на Алтае, где пребывал до 1897 года.
В 1897 году получил назначение начальником новосозданной Корейской духовной миссии, 7 декабря был возведен в сан архимандрита. Корейские власти отказались впускать миссионеров в страну и состав миссии, ожидая решения вопроса, временно поселился во Владивостоке, а затем перебрался в поселок Новокиевск (ныне Краскино), где занялись изучением корейского среди местных корейцев-старожилов. Здесь о. Амвросий служил в одной из полковых церквей поселка и нелицемерно обличал местных русских военных чинов за разгульную жизнь, позорящую, по его словам, доброе русское имя среди инородцев. Военные в ответ писали на него доносы, в 1899 году он был сначала отозван в Санкт-Петербург, а затем назначен смотрителем Донского духовного училища в Москве.
В 1901 году был назначен ректором Волынской духовной семинарии.
30 мая 1904 года был хиротонисан во епископа Кременецкого, викария Волынской епархии. Хиротония состоялась в Житомирском кафедральном соборе.
С 27 февраля 1909 года — епископ Балтский, викарий Подольской епархии. С 14 февраля 1914 года — епископ Сарапульский, викарий Вятской епархии. С 5 октября 1916 года — правящий епископ Сарапульский и Елабужский.
Организовал Елабужское и Сарапульское уездные общества трезвости, инициатор проведения празднеств трезвости. Был смелым проповедником, горячо любимым паствой, обличал пороки, активно боролся с пьянством, распространением сектантства.
18 марта 1917 года за обличение злоупотреблений губернской администрации был уволен на покой с назначением его управляющим, на правах настоятеля, Свияжским Успенским монастырем Казанской епархии. Там неправедно сверженный со своей кафедры епископ в пламенных проповедях и увещевал народ не поддаваться «развращающему влиянию» соблазнителей, крепко держаться веры отцов. Некоторые его печатные проповеди, такие как «Враг рода человеческого — жидомасоны в мировой истории», обличающее планы сионистов по разрушению России, были запрещены синодом.
Владыка призывал паству не поддаваться агитации атеистов, молиться за заключенного императора Николая II. Уважение и любовь паствы к владыке не позволили подвергнуть его преследованиям, хотя дело против него тайно было начато еще при Временном правительстве. Революционные события прервали «следственное дознание».
Когда весной 1918 года большевики устроили в монастырском дворе специальный пункт конного завода, так что в часы обедни ржание жеребцов и кобыл перекрывало монастырское пение, владыка пошёл к земельному комиссару и сказал: «Не допущу вашего кощунства у храма, где почивают мощи святителя Германа. Если вы не уберётесь, то ударю в набат, соберутся мужики и всех вас прогонят из монастыря». Вскоре владыка был арестован и отправлен в Казань. Главными свидетелями против него выступили несколько насельников монастыря, отличавшиеся распутной жизнью и замешанные в хищениях монастырского имущества, по отношению к которым епископ как настоятель принимал строгие меры.
Рабочие местных заводов пригрозили забастовкой, и революционный трибунал в марте 1918 г. оправдал епископа. Владыка снова служил, говорил бесстрашные проповеди. «Мы должны радоваться, что Господь привёл нас жить в такое время, когда мы можем за Него пострадать. Каждый из нас грешит всю жизнь, а краткое страдание и венец мученичества искупят грехи всякие и дадут вечное блаженство, которое никакие чекисты не смогут отнять», — так святитель увещевал народ.
После возвращения владыки в Свияжск в июле 1918 года епископ был снова арестован по личному приказу Троцкого и вывезен на станцию Тюрлем, где расположился штаб частей Красной армии.
Епископ Амвросий был замучен 9 августа 1918 года. Келейник святителя Иов (Протопопов) нашёл через несколько часов посреди нескошенного поля тело архипастыря с множеством штыковых ранений, с вывернутыми в плечах, локтях и кистях руками. Он предал его честные останки земле и 12 лет платил крестьянину, чтобы тот не вспахивал поле, где на небольшой глубине покоился прах священномученика. В 1930 году земля отошла к колхозу, и в дальнейшем не удалось установить судьбу безвестной могилы владыки Амвросия.
