Евгений Харьков — сын диакона из села Бетино Касимовского уезда Рязанской губернии. Первоначальное духовное образование получил в Касимовском духовном училище. В 1912 году, будучи 21 года, Евгений Харьков закончил полный курс Рязанской духовной семинарии.
До 1914 года служил заштатным псаломщиком в родном селе в церкви в честь Казанской иконы Божией Матери. С началом первой мировой войны ушел на фронт. В 1919 году закончил воинскую службу в чине штабс-капитана Белой армии адмирала Колчака. В этом же году вернулся к служению в Казанской церкви села Бетино.
К 1929 году был священником (дата рукоположения не установлена). Позднее возведен в сан протоиерея. Подвергался кратковременным арестам: в 1929 году- на 2 месяца; в 1932 году — на 3 месяца. В это время семья о. Евгения состояла из жены и четверых детей от четырех до двенадцати лет и 83-летней матери.
21 сентября 1937 года был вновь арестован. Заключен в тюрьму города Касимова. Проходил по групповому делу «дело к/р повстанческой организации церковников. Рязанская о., Бельковский (Касимовский) р., 1937 г.». Был обвинен «в активном участии в контрреволюционной повстанческо-террористической организации». Во время допросов не скрывал, что хорошо представляет настоящую причину своего ареста: «Само собой понятно, что я как белогвардеец в прошлом и служитель культа [священник] в настоящем представляю из себя законченную политическую фигуру». Признал, что во время встреч с другими священнослужителями вел беседы о судьбах церкви, но категорически отрицал причастность к какой-либо контрреволюционной организации.
6 декабря 1937 года постановлением Особой тройки при УНКВД по Рязанской области был приговорен к расстрелу.
23 декабря 1937 года был расстрелян в Рязани. Место захоронения неизвестно.
