Евстафий Малаховский — сын священника Полоцкой епархии. В 1897 году, в 17 лет, окончил Полоцкое духовное училище, в 1900 году — три класса Витебской духовной семинарии и был назначен учителем в Прудскую церковноприходскую школу Гродненской епархии.
Ревностный христианин, он решил послужить Церкви в сложных тогда условиях Туркестанской епархии, где русские переселенцы почти не имели храмов и духовенства, и 15 декабря 1904 года был назначен псаломщиком в ташкентскую военную церковь; в марте следующего года он был переведен в туркестанский кафедральный собор. 13 мая 1905 года рукоположен во диакона, а на другой день — во священника к кафедральному собору.
27 мая 1905 года был назначен священником Трехсвятительской церкви в село Карабулак. 1 сентября 1906 года он был перемещен в Софийскую церковь города Верного. 5 сентября 1907 года назначен настоятелем храма в селе Ивановском Лепсинского уезда,
В 1909 году переведен в Покровскую церковь города Верного. В 1910 году — в храм поселка Каралинского Лепсинского уезда. В 1911 году — в станицу Лепсинскую. 18 января 1913 года по собственному прошению был назначен разъездным священником 1-го Пишпекского (ныне Бишкек) округа.
В 1914 году переведен в село Теплоключинское Пржевальского округа и в том же году — настоятелем Покровского храма в село Покровское, в тридцати пяти верстах от Пржевальска на южном берегу озера Иссык-Куль.
В 1916 году после уничтожения во время мятежа киргизов села Покровского отец Евстафий был назначен настоятелем церкви села Благовещенского Андижанского уезда; в этом же году он был переведен в село Егорьевское Черняевского уезда, а затем в Покровский храм в станицу Надеждинская Верненского уезда.
Был убит 5 мая 1918 года при столкновении Пасхального крестного хода с большевистской демонстрацией.
