Федор Дорофеев — крестьянский сын из деревни Козлаково Андреевской волости Владимирской губернии, окончил Владимирскую духовную семинарию.
В 1906 году, будучи 21 года, женился и в том же году был рукоположен в сан диакона и служил в храме села Выпуклово Александровского уезда Владимирской губернии. По рукоположении в сан священника отец Феодор служил в Сретенском храме в селе Константиново Московской губернии. Во время гонений, в 1931 году, храм в селе был закрыт, и священник вместе с прихожанами принялись усиленно хлопотать о его открытии. В это время отец Феодор служил в домах своих прихожан. В декабре 1932 года священник и наиболее активные из членов двадцатки были арестованы по обвинению в создании антисоветской контрреволюционной группировки церковников, которая будто бы ставила своей целью срыв мероприятий советской власти и развал колхозов. Кроме этого, отец Феодор был обвинен в том, что во время богослужений призывал верующих оказать помощь храму.
Священник в предъявленных ему обвинениях виновным себя не признал. 21 января 1933 года Тройка ОГПУ приговорила его к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. Вернувшись из заключения, отец Феодор стал служить в храме преподобного Сергия Радонежского в селе Зятьково Талдомского района Московской области, который был выстроен в память победы русских войск в Отечественной войне 1812 года.
Осенью 1937 года были допрошены лжесвидетели, которые показали, будто отец Феодор сетовал, что прихожане мало стали заказывать молебнов и панихид, что священники в последнее время оказываются без средств к существованию, и убеждал верующих оказать помощь и призвать к тому же других. 31 октября 1937 года отец Феодор был арестован.
— Гражданин Дорофеев, следствием установлено, что вы, будучи священником, вели антисоветскую деятельность против существующего строя в Советском Союзе. Вы признаете себя виновным в этом?
— Виновным себя в этом не признаю.
— Следствием установлено, что вы в качестве священника в апреле 1937 года вели среди детей антисоветскую пропаганду на срыв подготовки к 1 мая, призывали народ к посещению церкви.
— Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю.
5 декабря 1937 года Тройка НКВД приговорила отца Феодора к расстрелу. Священник Феодор Дорофеев был расстрелян 10 декабря 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.