Глеб Апухтин — сын крестьянина из города Обояни Курской губернии. В 1902 году 17-летний Глеб Апухтин окончил Обоянское городское училище. Был рукоположен во диакона до революции 1917 года. В 1919-1920 годах служил рядовым в 13-й армии на территории города Луганска.
В 1925 году был рукоположен во священника. Служил в Троицком храме села Борового Ново-Усманского района Воронежской губернии (ныне в составе Воронежа). В 1929 году был арестован. Был осуждён с обвинением в «неуплате налогов» и приговорён к 5 годам ссылки в Западную Сибирь. Отбывал заключение в городе Канске Западно-Сибирского края, а затем в Калиновском районе Киевской области.
С 1930 по 1933 год был кандидатом в ВКП (б) в ссылке. В 1934 году из ссылки вернулся в Боровое и был назначен настоятелем Троицкой церкви.
28 марта 1935 года вновь арестован. 5 октября того же года Специальной Коллегией Верховного суда РСФСР осуждён по ст. 58-10, ч. 1 УК РСФСР с обвинением в «систематической и антисоветской пораженческой агитации и оскорблении руководителей советского правительства». Кроме того, отца Глеба обвинили в противодействии снятию колоколов с церкви. Из обвинительного заключения: «В церковной сторожке села Борового и при посещении домов занимался антисоциалистической агитацией».
Приговор — 10 лет ИТЛ. Для отбывания наказания был направлен в Мичуринский ИТЛ. 22 ноября 1935 года этапом прибыл в Волголаг (при ИЗО лагеря) в Угличском районе Ярославской области. В лагере работал курьером. Администрация пыталась использовать его для слежки за заключёнными, но доносчиком не стал. Ему этого не простили, он сам оказался жертвой клеветы и доноса.
14 августа 1937 года в третьем отделении (отделения исследований) лагеря был арестован по обвинению в отказе от работы. 22 сентября того же года Тройкой при УНКВД по Ярославской области осуждён по ст. 58-10 УК РСФСР с обвинением в «контрреволюционной агитации среди заключенных, срыве строительства Волгостроя, восхвалении царского строя и распространении слухов о войне и гибели советской власти». Приговорён к расстрелу.
Проходил по групповому «делу священника Глеба Апухтина, Петра Григорьева и др., Волголаг 1937 г.» Из материалов дела: «За время пребывания в лагере стремился втереться в доверие сотрудникам 3-го отделения, якобы изъявляя желание сотрудничать и способствовать вскрытию контрреволюционных формирований лагеря, фактически же давая ложную информацию, отвлекая внимание от действительных виновников, лиц, проявляющих контрреволюционные вылазки».
23 сентября 1937 года был расстрелян в изоляторе 3-го отделения Волголага. Похоронен в братской могиле при лагере.
