Иван Днепровский — сын пономаря из села Старый Чирчим Камешкирской волости Кузнецкого уезда Саратовской губернии (ныне в Камешкирском районе Пензенской области). В 1891 году 16-летний Иван Днепровский по прошению выбыл из 1 класса Саратовской духовной семинарии.
5 ноября 1892 года стал псаломщиком Казанской церкви села Улыбовка Вольского уезда Саратовской губернии, где учительствовал также в церковно-приходской школе: до 1894 года он преподавал по всем предметам, до 1895 года — был учителем пения. С 28 сентября 1894 года по 20 октября 1903 года он — учитель пения в школе грамоты села Улыбовка. 14 февраля 1899 года он был посвящен в стихарь.
В 1898 году женился, в семье родилось четверо детей. 1 января 1906 года рукоположен во диакона еп. Вольским Палладием (Добронравовым), определен к Богоявленской церкви села Терса Вольского уезда. 5 ноября 1906 года утвержден законоучителем терсской церковно-приходской школы, а также учителем церковно-славянского языка и пения. 1 августа 1908 года утвержден законоучителем в одноклассном училище Министерства народного просвещения в селе Девичьи Горки.
В 1911 году был рукоположен в сан священника к Свято-Троицкому храму села Полчаниновка Вязовской волости Саратовских уезда и губернии (сейчас в Татищевском районе Саратовской области).
Осенью 1919 года был арестован, обвинялся в том, что под престолом в храме хранил две ручные бомбы, обнаруженные сотрудниками ВЧК. Видимо, даже сотрудники «чрезвычайки» понимали абсурдность такого обвинения, поскольку отец Иоанн, проведя в заключении 18 суток, был отпущен без последствий.
В 1929 году храм закрыли, и о. Иоанн оставил открытое служение.
По воспоминаниям внука, Владимира Днепровского, еще в начале 1920-х годов его дед купил на окраине Саратова, в районе Соколовой горы, небольшой деревянный дом, для того, чтобы подрастающие дети могли жить и учиться в городе. Дом был записан на дочь Серафиму, которая жила в нем до самой смерти в 1945 году. По семейному преданию, именно в этом доме в голодный 1933 год скончалась супруга о. Иоанна.
Безместный священник устроился наблюдателем на Нижне-Волжской испарительной метеорологической станции, где и проработал до самого ареста; проживал в городе Новоузенске. Его приютила у себя монахиня Акилина (Шилина), которой принадлежал дом по адресу ул. Калачевского, д. 24.
8 декабря 1937 отец Иоанн был арестован местной милицией по обвинению в «распространении контрреволюционной клеветы о новой советской конституции и руководителях Советской власти» и «проведении антисоветской агитации против Советской власти» и заключен в тюрьму в городе Саратове. Реальной же причиной ареста послужило то, что священник высказывал протест против закрытия церквей и преследования верующих.
При обыске у священника был обнаружен только паспорт; ни вещей, ни ценностей у него не было.
На следующий день новомученик был допрошен.
— Вы обвиняетесь в контрреволюционном действии против существующего политического строя в СССР.
— Виновным себя в этом не признаю.
— Вы клеветали на сталинскую конституцию, говорили, что это кабала и больше ничего и что хорошего от нее ждать нельзя. Признаете ли это?
— Это я также категорически не признаю.
— Вы говорили, что в день выборов сгонят всех на отдельные базы и прикажут голосовать за того, кто им будет выгоден, — будете ли это отрицать?
— Не признаю и это.
— Вы говорили, что советская власть посягнула на религию, разграбила храмы, невинно сослала все духовенство, — признаете ли это?
— Да, это я действительно говорил — что все храмы советская власть уничтожила и что священство невинно все сослано, других разговоров я совершенно не вел.
— Расскажите следствию, с кем из духовенства в Новоузенске вы поддерживали связь?
— Я был тесно связан только со священником Алексеем Поповым, у которого часто бывал и вел беседу, как вывести из тупика религию, так как советская власть окончательно добивает ее и жить нам становится все труднее.
— В беседе Попов защищал права религии, предлагал вам быть еще активнее в религиозных мероприятиях — вы дали согласие действовать заедино?
— Когда мы с Поповым беседовали относительно религии, то он мне говорил, что христианская религия самая идеальная и что отступать от нее не следует, — с этим и я с ним согласился, обещал чем смогу помочь, другого у нас в разговорах ничего не было.
— Вы говорили, что скоро советская власть будет свергнута, это осуществят культурные державы — Япония, Германия. Признаете ли это?
— Нет, этого я не признаю.
— Вы производили у себя на квартире сборы верующих, среди которых распространяли контрреволюционную пропаганду, создавали фонды для поддержания религии.
— Это я категорически отрицаю.
В тот же день следствие было закончено и дело, по рассмотрении помощником оперуполномоченного Новоузенского РО НКВД, было передано на рассмотрение тройки УНКВД по Саратовской области, а еще день спустя, 10 декабря, постановлением тройки священномученик был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 15 декабря 1937 года в Саратове, место захоронения осталось неизвестным.
