Иван Дунаев — сын псаломщика села Васильевское Угличского уезда Ярославской губернии (в тридцатых годах — Большесельский район Ярославской области). Окончил четыре класса городского училища и во времена гонений служил псаломщиком в Благовещенской церкви в селе Благовещенье Тутаевского района. По воспоминаниям людей, его знавших, он был добрым и отзывчивым человеком; когда в 1927 году был арестован диакон храма, в семье которого остались одни женщины и им стало трудно справляться с полевыми работами, Иван Дунаев сам стал им вспахивать на своей лошади поле. Вся семья Дунаевых отличалась отзывчивостью и состраданием, у них находили приют даже бездомные животные.
В 1930 году, будучи уже 45 лет, рукоположен во священника к Благовещенской церкви, где прослужил до ареста.
3 декабря 1937 года был арестован и обвинен в распространении ложных и оскорбительных измышлений против членов советского правительства. Это обвинение подтвердили три лжесвидетеля, которые показали, будто священник говорил, что члены советского правительства, и в частности Сталин, состояли в одной контрреволюционной троцкистско-вредительской шайке с врагом народа Войковым. Отец Иоанн категорически отверг все выдвинутые против него обвинения как на самих допросах, так и на очных ставках со лжесвидетелями.
На последнем допросе, состоявшемся 10 декабря, следователь потребовал от священника:
— Назовите лиц, с которыми вы имеете хорошие взаимоотношения.
— Хорошо знакомых людей, с которыми бы я делился своими впечатлениями о жизни в нашей стране, я не имею. Я живу замкнуто и никуда не хожу.
26 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу.
Расстрелян 11 марта 1938 года в Ярославле, погребен в безвестной могиле.
