Иван Калабухов — сын священника села Толобино Серпуховского уезда Московской губернии. С 1900 года, 27 лет, работал в Москве в булочной приказчиком. В 1908 году переехал в Архангельск, где год работал весовщиком на железнодорожной станции, а потом приказчиком у частного булочника. В 1915 году Иван Калабухов поступил в Архангельскую духовную семинарию, которую окончил экстерном. В апреле 1917 года он был рукоположен во священника ко храму в селе Ваймуга Холмогорского уезда Архангельской губернии.
В 1920 году отец Иоанн перешел служить в село Смотраковское Шенкурского уезда той же губернии. В 1920 году был приговорен за антисоветскую проповедь к трем месяцам лишения свободы. В Шенкурском уезде отец Иоанн прослужил до 1925 года. В соседнем селе Боголюбском поселился высланный советской властью священник Георгий Беляев (будущий архимандрит Никон, настоятель Старо-Голутвина монастыря в Коломне), по рекомендации которого отец Иоанн поехал на его место в село Протопопово Коломенского уезда. Отец Иоанн стал здесь служить, заботясь о благолепии храма. Верующие добровольно собирали средства для текущего ремонта и закупки всего необходимого.
26 сентября 1929 г. уполномоченный Коломенского отдела ОГПУ завел следственное дело на священника. 1 и 2 октября состоялись заседания церковного совета Троицкого храма. Собравшиеся говорили, что священник арестован необоснованно, ничего противозаконного он не совершал, поэтому за него надо хлопотать, чтобы его освободили. Чтобы не навлечь подозрений на церковный совет, было принято решение в ближайшее время провести собрание всего прихода, чтобы на нём верующие сами выступили с этой инициативой. Через несколько дней ОГПУ были арестованы псаломщик, заместитель председателя церковного совета, а также церковный староста Иван Летников.
23 декабря 1929 года тройка ОГПУ приговорила отца Иоанна к трем годам заключения в концлагерь.
В 1932 году, по отбытии наказания в лагере в городе Котлас, отец Иоанн вернулся в село Протопопово и восстановил служение в Троицком храме. С 1933 года он переселился в село Озерицы Луховицкого района и служил в Ильинском храме.
Последний раз священник Иоанн Калабухов был арестован 16 февраля 1938 года. Стойко держась на допросе, он вины за собой никакой не признал. 21 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Священник Иоанн Калабухов был расстрелян 26 февраля 1938 года на полигоне Бутово.
