Иван Козырев — сын священника из села Пожарье Весьегонского уезда Тверской губернии. Брат священномученика. Василия Козырева и Бежецкого епископа Григория (Козырева), викария Тверской епархии.
В 1904 году, будучи 19 лет, окончил Тверскую духовную семинарию и поступил преподавателем в Краснохолмское духовное училище. В 1910 г. уехал в родное село Пожарье и устроился учителем в сельской школе. 9 октября 1911 г., по смерти отца, рукоположен во иерея к храму в родном селе.
В 1929 г. власти приступили к описи имущества в храмах. Узнав об этом, о. Иоанн скрыл от описи чашу, дискос, лжицу, две тарелочки и напрестольное Евангелие в серебряном окладе, что было обнаружено. Священник был арестован, обвинен в сокрытии церковных ценностей и сборе пожертвований для храма, приговорен к штрафу 300 р.
16 февраля 1934 г. арестован вместе с братом Василием по обвинению в том, что они были «участниками контрреволюционной группировки церковников г. Бежецка... проводили контрреволюционную деятельность», заключен в тюрьму Бежецка. Осужден на три года заключения в ИТЛ и отправлен вначале во Владивосток, затем на Колыму.
В конце октября 1936 г., по окончании срока заключения, вернулся в Бежецк, служил в храме.
В сентябре 1937 г. вместе с братом Василием был арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации». Виновным себя не признал.
Из протоколов допросов:
— В своих показаниях от 21 сентября сего года вы заявили, что, опасаясь ареста органами НКВД, вы заранее уничтожили всю переписку. Скажите, чем были вызваны ваши опасения и что за переписку вы уничтожили?
— Мои опасения быть арестованным строились на том, что когда в прошлом году арестовали Григория Козырева, то меня вызывали в НКВД на допрос. Я опасался, что вслед за Григорием Козыревым арестуют и меня. Переписка, которую я уничтожил, — это моя переписка с женой в бытность мою в концлагере.
— Скажите, возвратясь из ссылки, вы поддерживали связь с руководителем контрреволюционной группировки Григорием Козыревым?
— Да, я и мой брат Василий Козырев поддерживали с Григорием Козыревым самую близкую связь, были близки друг к другу и вхожи в дома.
— Скажите, о чем беседовали вы втроем — Козырев Василий, Козырев Григорий и вы — на квартире у Козырева Василия при закрытых дверях?
— Разговоры у нас были только семейного характера. О политике или мероприятиях советской власти мы никогда не беседовали.
— Следствию известно, что, возвратясь из концлагеря, вы как член контрреволюционной группировки продолжали свою контрреволюционную деятельность. Вы подтверждаете это?
— Нет. После возвращения из концлагеря я контрреволюционной агитацией не занимался.
— Следствию известно, что в июле 1937 года вы произносили в церкви проповеди, сопровождаемые контрреволюционными комментариями. Вы подтверждаете это?
— Нет, я отрицаю это. Мои проповеди, кои я читал в церкви, были исключительно религиозного содержания.
— Скажите, с какой целью вы распространяли среди верующих провокационные слухи о войне?
— Подобных слухов я никогда не распространял.
— Следствию известно, что среди верующих вы объясняли аресты священников... желанием советской власти перед выборами в Верховный совет изолировать арестами нежелательных ей людей от участия в выборах. Вы подтверждаете это?
— Да, я действительно в беседах объяснял аресты священников желанием советской власти устранить неугодных ей людей от участия в выборах... Мой арест я объясняю сейчас тем же.
— Но ведь это является не чем иным, как клеветой на сталинскую конституцию. Вы согласны с этим определением?
— Да, я согласен, что это является клеветой на сталинскую конституцию.
1 октября состоялся последний допрос.
— Следствием установлено, что, находясь на высылке и возвратясь с таковой, вы продолжали состоять членом контрреволюционной группировки и заниматься контрреволюционной агитацией среди населения. Вы все еще будете отрицать то, что уже бесспорно доказано?
— Я окончательно утверждаю, что членом контрреволюционной группировки... не состою и контрреволюционной агитацией не занимался... — ответил о. Иоанн
1 ноября 1937 г. Особой тройкой при УНКВД по Калининской обл. приговорен к расстрелу.
Расстрелян 3 ноября 1937 года вместе с братом священником Василием Козыревым, погребен в безвестной общей могиле.
