После окончания в 1892 году Рязанской духовной семинарии 23-летний Иоанн Лебедев был назначен законоучителем в Пажинскую церковноприходскую школу Егорьевского уезда. В 1896 году он женился на дочери бывшего настоятеля храма в честь Рождества Христова села Поповичи (впоследствии Пронюхлово) Зарайского уезда Рязанской губернии священника Мартина Липягова Надежде. Вскоре епископ Михайловский Полиевкт рукоположил Иоанна Лебедева во священника к этому храму.
В селе Пронюхлово отец Иоанн преподавал Закон Божий в местной церковноприходской школе, а также в Секиринском и затем Мендюкинском земских училищах.
В 1910 году зарайское духовенство избрало отца Иоанна членом правления Зарайского духовного училища, отец Иоанн был удостоен сана протоиерея.
После прихода к власти большевиков отец Иоанн, предвидя испытания, повторял духовным чадам: «Только не отрекайтесь!»
Безбожная власть обложила его большим налогом. Денег у общины не было. Чтобы храм не закрыли, отец Иоанн ходил по селу и сам собирал пожертвования верующих для уплаты налога. 31 декабря 1929 года помощник прокурора Коломенского округа «за производство сборов с граждан» предложил начать уголовное дело против отца Иоанна. Вызванные свидетели подтвердили: собирал! Нашлись лжесвидетели, которые обвинили священника в антисоветской агитации.
Священник Селезнев, вызванный свидетелем, дал такие показания следователю: «К числу реакционно-монархического духовенства я отношу своего коллегу, арестованного по моему делу священника Лебедева, имевшего крепкое хозяйство, человека, близкого к Рязанскому епископу Борису, долго и упорно боровшемуся с советской властью, а Лебедев был его последователем».
Вместе с другими священниками Зарайского района протоиерей Иоанн Лебедев был арестован. 4 января 1930 года он сказал на допросе:
— С благочинным протоиереем Петром Успенским как с соседом нахожусь в дружеских отношениях, изредка бываю у него. Отчетов о состоянии своего прихода я ему не посылал со дня революции. Циркуляров умершего епископа Бориса (Соколова) я от Успенского не получал, только читал у него на дому, каковые, по моему мнению, антисоветского ничего не имели.
3 февраля 1930 года тройка ОГПУ приговорила протоиерея Иоанна к трем годам ссылки в Северный край.
По отбытии ссылки отец Иоанн вновь стал служить в храме в селе Пронюхлово. 30 ноября 1933 года протоиерей Иоанн был назначен исполнять священнические обязанности еще и в храме Рождества Богородицы в селе Радушино, где до него служил его друг протоиерей Петр Успенский.
Накануне праздника Рождества Христова в декабре 1936 года отец Иоанн обратился к председателю сельсовета за разрешением совершить по просьбам верующих в праздник Рождества молебны в домах колхозников. Сославшись на случаи эпидемических заболеваний, председатель сельсовета в просьбе священнику отказал.
В августе 1937 года председатель сельсовета был допрошен в качестве свидетеля следователем НКВД и сообщил, что священник, когда ему было отказано в молебнах, ответил: «Советские законы издаются для того, чтобы затемнять головы народу, в законе пишут о свободном вероисповедании, а в действительности этого нет, и православных под видом всевозможных причин лишают права на отправление религиозных треб. Народ требует, чтобы я ходил с молебнами по домам православных. Я должен вас предупредить, что вы этим самым ставите себя против населения, я все им расскажу, как вы нас притесняете. Я с молебнами как ходил, так и буду ходить. Против народа вы бессильны, народ идет и пойдет за нами, вы только и держитесь за счет насилия, которому неизбежно придет конец. За ваши бесчинства придется расплачиваться. Действительно, поп Лебедев по домам нашего селения с молебнами ходил и говорил: «Я как пастырь свой долг перед вами выполняю честно, несмотря ни на какие противодействия и кары власти; мы уверены в том, что этой антихристовой власти придет конец, терпению народа тоже настанет конец, они за все и за нас мучеников расплатятся».
Протоиерей Иоанн Лебедев был снова арестован и 20 августа 1937 года.
— Следствию известно, что вы, посещая граждан, вели контрреволюционную агитацию. Признаете ли вы это?
— Посещая граждан, я говорил среди колхозников, что в колхозе работать тяжело, так как колхозники работают без перерыва.
— Следствию также известно, что вы призывали население организоваться и выступить против советской власти. Признаете ли вы это?
— Нет, я это отрицаю, так как этого я не говорил.
29 августа отца Иоанна допросил следователь в Москве, в тюрьме.
— Когда вы вернулись из ссылки?
— В 1933 году, срок ссылки отбыл полностью.
— Вы обвиняетесь в распространении среди крестьян антисоветской агитации. Признаете себя виновным?
— Нет, не признаю.
— Вы были у председателя сельсовета в декабре 1936 года, по какому вопросу вы ходили к нему?
— Я ходил к нему по вопросу разрешения ходить с молебнами по домам крестьян в связи с праздником Рождества Христова.
— Что вы говорили председателю после отказа вам хождения по домам?
— Он мне отказал в хождении, и я ему на это ничего не ответил.
8 сентября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Протоиерей Иоанн Лебедев был расстрелян 9 сентября 1937 года на полигоне Бутово.
