Иван Никольский — сын священника из села Кладбищи Сергачского уезда Нижегородской губернии. В 1891 году 23-летний Иван Никольский окончил Нижегородскую духовную семинарию и вернулся в родительский дом. Женился. 24 августа 1892 года был рукоположен в сан священника и определен настоятелем Казанской церкви села Крутца Нижегородского уезда. В 1903 году был перемещен на приход в село Терюшево.
В 1905 году он стал настоятелем домовой церкви во имя святого преподобного Сергия Радонежского при льнопрядильной мануфактуре в рабочем поселке Молитовка была освящена в 1905 году при епископе Назарии (Кириллове). Этот небольшой храм размещался в фабричном двухэтажном каменном корпусе, где находилась больница и общежитие для рабочих. Рядом с храмом стояла небольшая деревянная колокольня.
После 1918 года, когда среди рабочих повсеместно стали распространяться антирелигиозные убеждения, новые хозяева фабрики в лице фабричного комитета стали добиваться от властей официального закрытия церкви и переноса ее в другое место «ввиду того, что церковь находится в одном здании, где располагаются квартиры рабочих».
В марте 1919 года, во время Великого поста, было созвано общее собрание рабочих, куда также пригласили отца Иоанна и старосту церкви. На собрании, несмотря на выступление в защиту церкви отца Иоанна, было вынесено решение храм ликвидировать, а все его имущество перенести в кладбищенскую церковь поселка Канавино. Но другая часть прихожан, из числа местных жителей, сумела отстоять Сергиевский храм, и служение в нем отца Иоанна несмотря на различного рода притеснения и запреты продолжилось.
В июне 1921 года Губернский исполком сообщил в комитет льнопрядильной фабрики, что постановлением Комитета юстиции церковь при больнице закрывается.
20 августа 1921 года отец Иоанн был переведен в соседний приход, на должность второго священника Спасо-Преображенской церкви села Карповка.
В феврале 1933 года был арестован сотрудниками ОГПУ за антисоветскую агитацию. Просидев три с половиной месяца в Горьковской тюрьме, он был оправдан Краевым судом.
6 августа 1937 года арестован сотрудниками НКВД и заключен в тюрьму по обвинению в участии в церковно-фашистской подпольной организации. Отец Иоанн находился под следствием одновременно с младшим братом, священником Александром Никольским. На допросах он виновным себя ни в чем не признал, утверждая, что не причастен ни к какой контрреволюционной организации и с другими фигурантами дела имел сугубо церковные или родственные связи.
Расстрелян 4 октября 1937 года и погребен в общей безвестной могиле на расстрельном полигоне Горьковского НКВД. Он принял мученическую кончину в один день со братом, протоиереем Александром Никольским.
