Иван Пашин — сын священника города Петриков Гомельской области. О детстве и юности его известно мало. Поступил в Минскую духовную семинарию, где учился очень хорошо, окончил ее в 1901 году, 20-летним, женился, был рукоположен во иерея и направлен в церковь села Князь-Озеро Мозырского уезда (ныне деревня Красное Озеро Солигорского района).
В феврале 1903 года перемещен к церкви Скрыгалово того же уезда.
Летом 1909 года назначен настоятелем церкви великомученика Георгия Победоносца села Прилепы Минского уезда. Организовал при церкви продажу молитвословов и книг духовного содержания. На территории прихода действовало пять церковноприходских школ при его попечительстве.
21 ноября 1910 года при Прилепской церкви во имя иконы Божией Матери Иверской отец Иоанн положил начало образованию приходского общества трезвости, которое каждый год увеличивалось и переросло в Братство трезвости со своим уставом, гимном, знаменем-хоругвью. Сразу же, как только о. Иоанн приступил к служению в Прилепах, он вознамерился сделать ремонт церкви, и в 1912 году был составлен план и смета на постройку новой каменной церкви, так как старая уже не вмещала молящихся. В феврале 1913 года Священный Синод отпустил деньги, и сразу начались строительные работы. Несмотря на трудности, постройка новой церкви в основном была закончена в 1914 году.
В 1915 году он овдовел и остался с двумя несовершеннолетними детьми — сыном Василием и дочерью Надеждой.
13 марта 1923 года хиротонисан во епископа Мозырско-Туровского, викария Минской епархии. Хиротонию в Минском Петропавловском соборесовершили епископы Минский Мелхиседек (Паевский), Вяземский Венедикт (Алентов) и Гжатский Феофан (Березкин).
Через несколько дней после хиротонии епископ Иоанн отправился в родной Петриков. Он часто выезжал на приходы вверенного ему викариатства, учил при встречах с православными верующими, что во взаимоотношениях с властями «нужен мир, спокойствие и послушание». Делал все возможное на поприще духовно-нравственного воспитания подрастающего поколения. Однажды, когда владыка стоял на клиросе, местный житель Лапето выстрелил в епископа, но певчая Антонина закрыла пастыря собой и была ранена.
Весной 1925 года у владыки возникли размолвки с властями из-за того, что он часто и много служил в приходских храмах своего викариатства, а у себя дома в Петрикове устроил нечто вроде церковно-приходской школы. В определённые дни к нему приходили дети из соседних деревень, и он разучивал с ними церковные песнопения. В постановлении о привлечении владыки к следствию говорится: «Пашин устроил у себя на квартире преподавание Закона Божия малолетним детям... подрывал авторитет советской школы».
Епископа Иоанна допрашивали дважды. Во время допросов он держался мужественно, сохраняя должное спокойствие духа. О себе он свидетельствовал в таких словах: «Я, как человек сильных и твёрдых убеждений религиозных, и как епископ, веду работу в пределах, установленных советской властью законов...»
Прокурор дал следующее заключение по делу епископа Иоанна Пашина:
«Принимая во внимание, что, несмотря на отсутствие в деле достаточных улик для предания обвиняемого суду, пребывание Пашина Ивана Дмитриевича в пределах БССР, как погранполосе, является в настоящее время социально опасным. А потому полагал бы, что гражданин Иван Пашин, епископ Мозырско-Туровского викариатства, должен быть подвергнут выселению через Особое совещание при ОГПУ из пределов Западного Края...»
Резолюцию прокурора не замедлили привести в действие. Особым совещанием при Коллегии ОГПУ от 26 марта 1926 года владыка Иоанн был лишён права проживания в крупных городах страны и выслан из Петрикова. Из воспоминаний жителей Петрикова известно, что в Великий четверг 1926 года епископ Иоанн отслужил последнюю перед арестом Божественную литургию в родном городе. Закончив службу и испросив прощения у прихожан, он сошёл с амвона и, повинуясь представителям властей, вышел из собора. Люди шли вслед за епископом до пристани, а затем долго шли в холодной воде за баржей, на которой увозили владыку Иоанна из Петрикова навсегда.
Не желая терять связи со своей епархией, он остановился на жительство в городе Лоеве Гомельской области и тут, как говорится в документах следственного дела, «вновь развернул антисоветскую работу, выразившуюся в нелегальном управлении епархией и распространении контрреволюционных слухов».
После этого Особым совещанием ОГПУ от 18 сентября 1926 года его приговорили к ссылке в Зырянский край. Он пробыл на Севере три года и в августе 1929 года был переведён на так называемое «вольное поселение» в город Рыльск Курской области.
Был назначен Рыльским викарием Курского архиепископа Дамиана (Воскресенского).
28 сентября 1932 года снова был арестован — по обвинению в принадлежности к вымышленной организации под названием «Ревнители Церкви», бывшей плодом измышлений агентов НКВД. По разработанному ими сценарию владыка Иоанн будто бы возглавлял «рыльское объединение» этой организации. В общей сложности по делу о «Ревнителях Церкви» арестовали 413 человек, в число которых вошли: три епископа (кроме владыки Иоанна также были арестованы Курский архиепископ Дамиан (Воскресенский) и Орловский епископ Николай (Могилевский), 127 священников и диаконов, 106 монахов и монахинь, 70 крестьян, 11 бывших дворян и другие лица. Следственное дело, заведенное на арестованных, включило одиннадцать томов из 400-500 страниц каждый.
В своих показаниях владыка Иоанн (Пашин) никого не оговорил и виновным себя ни в чем не признал. Во время допроса он свидетельствовал о себе:
«В 1929 году, как административно высланный, я, по указанию митрополита Сергия, избрал местом жительства г. Рыльск, проездом туда заезжал к архиепископу Курскому Дамиану, у которого пробыл одни сутки. Дамиан разрешил мне совершать в ссылке богослужения. В бытность мою в Рыльске я с архиепископом Дамианом поддерживал письменные связи официального и частного характера... По поручению Дамиана я рукополагал некоторых лиц во священники».
Постановлением Особого совещения ОГПУ от 7 декабря 1932 года был приговорен к заключению в концлагерь сроком на десять лет.
5 января 1938 года по распоряжению НКВД Архангельской области был приговорён к высшей мере наказания.
Расстрелян 11 марта 1938 года.
