Иван Петтай — сын батраков из местечка Каролен Верроского уезда Лифляндской губернии. В 1910 году, по окончании Рижского духовного училища, 16-летний Иван Петтай поступил в Рижскую духовную семинарию, окончить которую помешала Первая мировая война. С приближением фронта к Риге многие учреждения, и среди них и Рижская духовная семинария, были эвакуированы в глубь России; семинария была переведена в Нижний Новгород. Здесь студенты оказались лишены общежития, и им пришлось снимать жилье у частных хозяев, так что, бывало, вся стипендия уходила на оплату жилья. Продолжать учиться могли только те, кому в достаточном количестве посылались средства из дома. Но у родителей Ивана Петтая таких средств не было, и ему пришлось 1 мая 1915 года прекратить обучение.
В сентябре 1915 года поступил на юридический факультет Юрьевского университета. Развернувшаяся широкомасштабная война в то время каждый месяц уносила множество жизней, и в армии стала ощущаться нехватка офицерского состава. 1 мая 1916 года Иван Петтай, несмотря на имеющуюся у него отсрочку от службы в армии, был мобилизован и зачислен юнкером во Владимирское военное училище. После полугода обучения он в чине прапорщика был отправлен на фронт в действующую армию и служил в 245-м и 99-м пехотных полках.
В июле 1917 года он был ранен. Выйдя из госпиталя в декабре 1917 года, Иван Петтай вернулся домой в местечко Каролен и стал помогать родителям по хозяйству, не оставляя, однако, мысли посвятить свою жизнь служению Господу в сане священника.
Летом 1918 года он подал прошение епископу Ревельскому Платону (Кульбушу) о рукоположении во пресвитера. 13 октября 1918 года был рукоположен в сан священника к храму Всех святых в селе Пенуя Перновского уезда Лифляндской губернии. Приход был небольшой и объединял всех православных эстонцев окрестных деревень. Храм, выстроенный в 1875 году, вмещал не более трехсот человек. Для прохождения священнической практики отец Иоанн был отправлен в соседнюю церковь в селе Каркси-Нуйя.
В декабре 1918 года отец Иоанн получил письмо из дома, в котором сообщалось, что его мать находится при смерти, а отец болен. Отслужив литургию на праздник Рождества Христова, священник отправился из Пенуя в городок Валк, намереваясь оттуда добраться до дома родителей. В Валк он приехал к 11 часам вечера. Между тем вся местность еще накануне была занята частями Красной армии и в городе был установлен комендантский час, так что, едва прибыв в город, отец Иоанн был сразу же арестован и отправлен в тюрьму для выяснения личности.
На следующий день следователь допросил священника и на основании его ответов послал запрос и вскоре получил ответ из Кароленского волостного исполкома, который подтвердил личность священника. Кроме того, местной властью отец Иоанн был охарактеризован как защитник интересов рабочих и крестьян. Рабочие имения Каролен в свою очередь направили прошение с просьбой освободить священника, написав, что «он жил среди нас, и мы можем смело засвидетельствовать о том, что он — нашего товарища Михаила Петтай сын и никакой вины, заслуживающей наказания, не подметили». Прошение об освобождении написала и супруга священника, к ее прошению местные власти добавили свое ходатайство: «Кароленский исполком безземельных и рабочих депутатов удостоверяет, что прошение жены Яна Петтай согласуется с действительностью, и при этом сей комитет заявляет желание — освободить Яна Петтай из-под ареста».
18 января следователь снова допросил священника, но ничего нового этот допрос не добавил, и следователь вынес свое заключение, предложив держать священника под арестом до тех пор, пока в Латвии не водворится спокойствие. Однако начальство приняло иное решение: близость к рабочим и принципиальность в выборе священнического пути были худшей характеристикой для пришедших к власти безбожников.
Священник Иоанн Петтай был расстрелян 29 января 1919 года и погребен на кладбище в Тарту.
