Иван Плотников — сын священника села Катайского Камышловского уезда Пермской губернии (ныне город Катайск Курганской области). Окончил церковноприходскую школу, Далматовское духовное училище и первый курс Пермской духовной семинарии, в 1882 году 18-летний Иван Плотников поступил на службу в Пермское губернское управление, через год был назначен на должность регистратора уездного полицейского управления в деревне Савино и в том же году — временно исполняющим должность начальника по распорядительному столу и заведующим приходно-расходной частью полицейского управления.
8 февраля 1884 года подал в отставку и в 1885 году поступил псаломщиком в известный ему с детства Троицкий храм в селе Катайском.
Активно сотрудничал с Уральским обществом любителей естествознания, много лет занимался сбором климатических наблюдений.
9 мая 1907 года был рукоположен во диакона к Троицкой церкви села Катайского, в 1908 году был переведен в Сретенский храм Пышминского завода Екатеринбургского уезда (ныне поселок Старопышминск Березовского городского округа), где прослужил до мученической кончины.
При Сретенском храме был всего один церковный дом, в котором располагалась семья священника; у диакона Иоанна была большая семья, и ему пришлось снимать на свои средства квартиру. В ноябре 1908 года причт и староста Сретенского храма направили в Екатеринбургскую духовную консисторию прошение «о разрешении выдавать диакону... квартирное пособие в количестве шести рублей в месяц до приобретения церковью дома». Консистория распорядилась: выдавать с 1 января 1909 года пять рублей ежемесячно.
Диакон Иоанн Плотников был убит большевиками 12 августа 1918 года на горе Высокой неподалеку от Пышминского завода; 16 августа он был отпет настоятелем храма священником Иоанном Пьянковым и погребен на сельском кладбище.
