Иван Пригоровский — сын пономаря Черниговской епархии. В 1897 году, будучи 22 лет, окончил Черниговскую духовную семинарию и был направлен служить псаломщиком в храм в селе Мостовое Кубанской области.
28 февраля 1898 года рукоположен во диакона ко храму пророка Божия Илии в станице Незамаевская Ейского отдела Кубанской области. 19 мая того же года рукоположен во священника к церкви хутора Кугоейского той же области и назначен заведующим и законоучителем церковноприходской школы хутора. С 1898 по 1903 год он заведовал открытой им вечерней школой для взрослых и учительствовал в ней.
6 июня 1903 года переведен служить в Богородице-Рождественский храм в селе Винодельное Ставропольской губернии и назначен законоучителем двух училищ Министерства народного просвещения и церковноприходской школы. В 1905 году съездом духовенства 6-го благочиннического округа Ставропольской губернии он был избран депутатом на епархиальные и окружные съезды и эту должность исполнял до 1908 года.
В 1908 году стал служить в церкви Сошествия Святого Духа в станице Шкуринская и был назначен заведующим и законоучителем церковноприходской школы станицы и законоучителем двух училищ Министерства народного просвещения.
17 августа 1916 года возвратился служить в храм пророка Божия Илии в станице Незамаевская и 30 сентября того же года был назначен настоятелем этого храма.
После прихода безбожников к власти началась гражданская война и станицы Кубанской области по нескольку раз стали переходить то к Белой, то к Красной армии. В конце Страстной седмицы 1918 года станица Незамаевская была захвачена большевиками. В Великую субботу, 4 мая 1918 года, в храм, где совершалось богослужение, ворвался отряд красноармейцев, и отец Иоанн был арестован и выведен большевиками на площадь перед храмом. Убийцы с бранью набросились на священника. Отца Иоанна жестоко избили, изуродовали ему лицо и, окровавленного и едва живого, вытащили за околицу и здесь зверски убили, запретив жителям станицы его хоронить. По другим сведениям — священника закопали живым в навозной яме.
Погребен на Всехсвятском кладбище Краснодара.
