Иван Прудентов — сын священника из села Большие Дорки Вязниковского уезда Владимирской губернии. В 1891 году 23-летний Иван Прудентов окончил Владимирскую духовную семинарию и поступил законоучителем и учителем в школу села Лукина Вязниковского уезда. Женился. В 1894 году рукоположен во священника к Преображенскому храму села Доронина Шуйского уезда Владимирской губернии. Одновременно в этом же селе был законоучителем и учителем в школе.
После смерти брата, служившего священником Преображенской церкви села Большие Дорки на месте ушедшего за штат отца, Иоанн Прудентов в 1899 году был направлен в храм в родное село и продолжал преподавать Закон Божий в трех школах, входивших в состав прихода.
В его храме был один из лучших церковных хоров; на средства, собранные о. Иоанном среди прихожан и благотворителей, был приобретен большой церковный колокол. В приходе стараниями его отца, брата и самого о. Иоанна была устроена школа. В 1887 году это была школа грамоты, с 1894 года — церковноприходская с большой библиотекой. Одна из дочерей о. Иоанна преподавала в этой школе. В 1902 году по инициативе о. Иоанна при школе были оборудованы квартиры для учителей и общежитие для учащихся из дальних деревень. Много времени о. Иоанн уделял воспитанию в детях любви к отечеству; следил за обучением школьников пению. Во время Первой мировой войны ученицы вязали для воинов варежки. В Рождественские праздники о. Иоанн устраивал в школе елку.
Священник Иоанн Прудентов прилагал много усилий для борьбы с пьянством, несмотря на препятствия местных властей, добился закрытия кабака в селе. Выписывал газеты и журналы. Проводил в селе регулярные воскресные чтения, рассказывал о событиях, происшедших в течение недели.
После запрещения в 1917 году преподавания Закона Божия в школе о. Иоанн стал вести уроки в домах прихожан. Он пользовался авторитетом у жителей всей округи. Когда в 1920 году в селе Большие Дорки решался вопрос о переделе земли, крестьяне оставили участок в пользовании о. Иоанна.
В 1924 году о. Иоанн был возведен в сан протоиерея.
23 октября 1930 года был арестован по обвинению в том, что в 1918 году он якобы активно участвовал в контрреволюционном восстании. Виновным себя не признал. 25 декабря того же года Особой тройкой при Полномочном представительстве ОГПУ по Ивановской промышленной области он был приговорен к трем годам ссылки, которую отбывал в деревне Коломине Кривошеинского района Западно-Сибирского края. Отец Иоанн категорически отказался от предложения снять с себя сан в обмен на освобождение. В 1933 году, по окончании срока ссылки, он вернулся домой.
15 сентября 1937 года был вновь арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации», заключен в тюрьму города Шуи. 22 сентября того же года Особой тройкой при УНКВД по Ивановской области приговорен к расстрелу.
Расстрелян 25 сентября 1937 года и погребен в общей безвестной могиле.
