Иван Смирнов — сын торговца хлебом из деревни Пахомово Плещеевской волости Тверской губернии. С 1895 по 1899 год служил в армии. В 1922 году 50-летний Иван Смирнов рукоположен в сан диакона епископом Афанасием (Сахаровым) и назначен служить в Даниловом монастыре.
В 1927 году арестован по обвинению в «антисоветской пропаганде, пропаганде среди церковников мысли об избрании патриархом антисоветского деятеля митрополита Кирилла». Приговорен к трем годам ссылки в Сибирь.
В 1930 году по освобождении поселился в городе Владимире, где служит в Николо-Городской церкви. О. Иоанн не признал «Декларацию» митрополита Сергия (Страгородского). 3 ноября 1931 года арестован по обвинению в «участии в к/р группе церковников, близких еп. Афанасию (Сахарову), а/с сборищах, помощи заключенным и ссыльным».
Из материалов дела: «Диакон Иосиф Потапов, иеромонах Дамаскин Жабинский, адм. высланный диакон Иван Смирнов и др. собирались на квартире Воиновой Евгении, где с участием последней вели а/с беседы. Эти сборища устраивались по вечерам и проводились в беседах о положении Церкви, ссыльных, духовенства вообще. Смирновым Иваном Яковлевичем читались вслух газеты, особенно в момент процесса меньшевиков и т.д. Такие сборища были часты до расстрела диакона Александра Лебедева, а после стали реже... Разговаривали о жизни в ссылке, в Сибири. Об этом рассказывал диакон Иван Смирнов».
Митрополита Сергия он, Смирнов, не признает за то, что тот признал Соввласть и заставляет ее поминать, т.е. поминать власть, мероприятия которой он [Смирнов] считает сумасбродными и которая существует как наказание от Бога. Октябрь, революцию он встретил отрицательно, затем последовала высылка из Москвы. Он считает невозможным в настоящее время бороться с соввластью"
Из обвинительного заключения: «Была вскрыта а/с группировка реакционно-монархического духовенства и монашек, которая очень скрытно, используя церковный амвон, сборища на квартирах и частные беседы, вела а/с работу, направленную к порождению недовольства населения существующим строем, его мероприятиями вообще и, в частности, мероприятиями, касающимися церкви, религии и служителей религиозного культа. Была организована специальная касса для помощи ссыльному духовенству и заключенным местного изолятора (своеобразный «красный крест»)
После четырех месяцев содержания под следствием был отпущен.
Примерно в это время был рукоположен в сан священника, продолжил служить в Николо-Городской церкви города Владимира.
26 апреля 1936 года был арестован по обвинению в «участии в к/р организации «Истинно-Православная церковь». Проходил по одному делу с епископом Афанасием (Сахаровым). В период следствия содержался под стражей во внутренней тюрьме УНКВД в г.Иваново. Был приговорен к трем годам ссылки в Казахстан. Отбывал ссылку в селе Марьевка Тонкерейского района Северо-Казахстанской области. Непродолжительное время в ссылке работал на маслозаводе. Как сказано в характеристике, «к работе относился добросовестно».
24 ноября 1937 года был арестован в ссылке, обвинение гласило: «находясь в ссылке в Казахстане, поддерживал связи с ссыльным епископатом, занимался контрреволюционной агитацией».
На допросе в ответ на требование следователя рассказать о проведении контрреволюционной агитации, о.Иоанн ответил: «Контрреволюционной агитации я не проводил. Существовал на средства родственников — получал переводы». Виновным себя не признал.
2 декабря 1937 года Тройка при УНКВД СССР по Северо-Казахстанской области приговорила священника Ивана Яковлевича Смирнова к высшей мере наказания.
Расстрелян 4 декабря 1937 года в Северо-Казахстанской области. Место погребения его неизвестно.
