Иван Смирнов — сын крестьянина из села Карачарово Московского уезда Московской губернии (сейчас в границах Москвы). Образование получил в духовном училище, в 23 года, в 1910 году начал служить в армии и оставался в ней до 1918 года — в должности писаря в звании старшего унтер-офицера.
В 1926 году был рукоположен во диакона к Успенскому храму в селе Косине Ухтомского района Московской области (ныне в черте Москвы).
27 ноября 1937 года был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 30 ноября отцу Иоанну было зачитано постановление о привлечении его к ответственности за контрреволюционную деятельность, но, ознакомившись с ним, отец Иоанн отказался его подписать, так как был совершенно с ним не согласен.
— Следствие имеет материалы, которые говорят, что вы враждебно настроены к советской власти. Подтверждаете вы это? — спросил следователь.
— Нет, этого я не подтверждаю.
— На основании имеющегося следственного материала, свидетельскими показаниями вы изобличаетесь как контрреволюционер. Дайте по этому вопросу отчет.
— Я контрреволюционером не был и контрреволюционной работы не вел.
— Вы следствию хотите рассказать о вашей контрреволюционной деятельности?
— Об этом мне совершенно не о чем говорить, так как я никакой контрреволюционной деятельности не вел.
— А что вы можете рассказать о контрреволюционной деятельности ваших сослуживцев?
— Ничего не могу сказать, так как этого не замечал.
7 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Иоанна к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен на Дальний Восток.
Скончался 18 августа 1939 года в исправительно-трудовом лагере в Амурской области и был погребен в безвестной могиле.
