Иван Васильев — крестьянский сын из деревни Черные Грузди (Черная Грязь) Осташковского уезда Тверской губернии. 4 года учился в земской школе. Окончил Осташковское духовное училище. В 1915 году, когда ему было уже 29 лет, мобилизован на военную службу и до 1917 года прослужил в армии рядовым. С 1917 по 1928 год он работал в сельскохозяйственной артели на Северном Кавказе. Часто посещал храм, пел на клиросе. Был женат, детей не было.
В 1928 году поступил псаломщиком в один из храмов Владимирской епархии и все свое свободное время стал посвящать самообразованию. Один из местных священников, о. Никита из села Алферьево (теперь Суздальский район), согласился подготовить его к принятию священного сана, и Иван Васильев ходил для этого к нему на дом.
В марте 1929 года был рукоположен во диакона, а 12 июля того же года — во священника ко храму в селе Рогозино Владимирской области.
С 1930 года служил в храмах Московской области: в селе Прохорово Подольского района, в селе Юркино Истринского района, в селе Чаплыгино Воскресенского района и в Георгиевской церкви в селе Передельцы Красно-Пахорского района.
В феврале 1937 года скончалась казначея Георгиевского храма, и казначеей пришлось стать жене отца Иоанна. Власти предупредили священника, что они с женой не имеют права касаться церковного ящика, но никто в селе не согласился пойти на эту должность, и власти объявили священнику, что, поскольку у прихода нет казначея, они ему не разрешают служить.
6 сентября 1937 года отец Иоанн отправил прошение архиерею: поскольку в Георгиевском храме власти запрещают служить, он просит дать ему другой приход. Архиерей направил его в храм с. Усадищи Виноградовского района. О. Иоанн поселился рядом с храмом. Прослужил он здесь только чуть больше месяца. 26 ноября 1937 года был арестован по обвинению в «проведении контрреволюционной деятельности».
Следователь расспросил священника о его деятельности в качестве пастыря и, убедившись, что его выбор служить церкви был принципиальным, счел это вполне достаточным для его осуждения и задал ему всего лишь один вопрос:
— Проживая в деревне Усадищах, вы проводили контрреволюционную деятельность? Признаете себя в этом виновным?
— Нет, виновным себя в контрреволюционной деятельности не признаю.
Свидетелями обвинения по делу выступили: Вавилин Иван Савельевич и Вавилин Иван Кузьмич. Они показали, что священник Иоанн Васильев не раз высказывал враждебное отношение к советской власти, колхозам, сталинской конституции, распространял слухи о будущей войне и призывал колхозников налоги не платить, на работу не ходить. Это были лживые обвинения, даже когда они цитировали проповеди о. Иоанна слова этих «свидетелей» были грубы и злобны и не могли принадлежать священнику.
Дело было передано на рассмотрение тройки НКВД, и 5 декабря 1937 года она приговорила отца Иоанна к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. Погиб в заключении 17 мая 1942 года и был погребен в безвестной могиле.
