Михаил Красноперов — сын псаломщика из села Вятского Сарапульского уезда Вятской губернии. Окончил Сарапульское духовное училище и Вятскую духовную семинарию и в 1890 году, будучи 22 лет, определен на должность надзирателя Сарапульского духовного училища.
22 октября 1891 года рукоположен во священника епископом Сарапульским Афанасием (Пархомовичем) и определен к Тихвинской церкви в селе Паздеры Сарапульского уезда. 19 февраля 1896 года назначен сверхштатным священником к Вознесенскому собору в Сарапуле и заведующим и законоучителем Никольской церковноприходской школы. В 1898 году овдовел и в том же году поступил в Казанскую духовную академию.
11 февраля 1900 года пострижен в монашество с наречением имени Мефодий.
В 1902 году окончил Академию со степенью кандидата богословия и 16 августа того же года назначен помощником смотрителя Уфимского духовного училища. Был организатором религиозно-нравственных и противоалкогольных чтений и одной из церковноприходских школ г. Уфы.
В 1903 году назначен инспектором Александровской миссионерской семинарии в городе Ардоне в Осетии и членом Ардонского отделения Епархиального училищного совета. В 1905 году назначен исправляющим обязанности ректора Уфимской духовной семинарии, а 20 ноября 1906 года был утвержден в этой должности и возведен в сан архимандрита. В 1907 году был избран постоянным членом Уфимского епархиального комитета православного миссионерского общества, в 1908 году назначен редактором неофициальной части «Уфимских епархиальных новостей» и в том же году — старшим членом Просветительского отдела уфимского епархиального Братства Воскресения Христова со званием помощника председателя братства.
В 1909 году в Уфе активно действовал пастырско-проповеднический кружок, задачей которого было нести свет Христова учения за пределы храмов. Одним из активных деятелей кружка стал архимандрит Мефодий. По его инициативе с 1 декабря 1909 года было положено начало регулярных бесед в городском ночлежном доме, в которых он принял самое деятельное участие, посещая ночлежные дома вместе с учениками семинарии, совершая здесь молебны, всенощные, раздавая грамотным книги и брошюры религиозно-нравственного содержания, многое поясняя и объясняя из христианского вероучения. 13 ноября 1911 года при активном участии о. Мефодия в Уфе было открыто Попечительство о бедных воспитанниках семинарии.
Архимандрит Мефодий был активным деятелем Уфимского епархиального комитета Православного миссионерского общества и во время отсутствия епархиального архиерея возглавлял все заседания комитета. В 1911 году он был послан с миссионерскими целями в село Табынск Стерлитамакского уезда на праздник Табынской иконы Божией Матери.
10 февраля 1913 года хиротонисан во епископа Акмолинского, викария Омской епархии. Хиротонию в Александро-Невской лавре возглавил митрополит Санкт-Петербургский Владимир (Богоявленский), ему сослужили митрополит Киевский Флавиан (Городецкий) и другие иерархи.
20 февраля епископ Мефодий прибыл в Омск, а 5 апреля на кафедру прибыл назначенный управляющим Омской епархией епископ Андроник (Никольский).
21 июля 1913 года в Омске было учреждено Епархиальное братство трезвости, председателем которого стал епископ Мефодий.
В 1914 году Петропавловская городская дума возбудила перед Омской епархией ходатайство о перенесении места пребывания епископа Акмолинского из Омска в Петропавловск, заявив, что со своей стороны она готова отпустить средства на содержание архиерейского дома. 6 ноября 1914 года был опубликован указ о переименовании второго викария Омской епархии во епископа Петропавловского с предоставлением ему значительных полномочий в самостоятельном управлении приходами Петропавловского, Кокчетавского и Атбасарского уездов.
27 марта 1917 года Совет рабочих и солдатских депутатов постановил послать телеграммы министру Керенскому и обер-прокурору Святейшего Синода с просьбой об удалении епископа Мефодия из Петропавловска за реакционную деятельность, угрожающую общественному спокойствию. Эту просьбу Святейший Синод оставил без внимания.
В 1921 г. Западная Сибирь была охвачена крестьянским восстанием. Восставшим удалось захватить города Петропавловск, Ишим, Тобольск и образовать Северное Сибирское Правительство. Восстание было подавлено большевиками с большой жестокостью. Епископ Мефодий был убит для устрашения при подавлении восстания.
17 февраля 1921 года владыка служил Божественную литургию в Никольской церкви в Петропавловске. После молебна он вышел со словом примирения на площадь к собравшемуся перед храмом народу, и здесь перед храмом был заколот штыками; уже убитому епископу красноармейцы нанесли еще несколько штыковых ран, а затем в одну из ран вонзили крест.
За двенадцать лет перед мученической кончиной, еще будучи архимандритом, проповедуя в уфимском кафедральном соборе при архиерейском богослужении в Неделю Крестопоклонную, он говорил: «Нам надо глубоко запечатлеть в мыслях и сердце, что если мы хотим жить разумно, осмысленно, истинной духовной жизнью, следовать за Христом, то нам придется постоянно бороться за идеалы духовной жизни, постоянно испытывать в этой борьбе скорби и страдания. Но зато эта борьба, эти скорби и страдания очищают нас от греха, возвышают дух и ведут к победе, к славе, к нетлению, к бессмертию. Позади своего креста или в конце своего крестного пути мы увидим светлый Лик Господа, Его святую десницу, которая поддержит прикосновением благодати... Никакие блага этого мира, никакая мудрость мирская не могут так скоро привести нас к цели, к искомому нами и всеми людьми счастью, радости, блаженству, как тесный, узкий евангельский путь, или путь креста. „Если вы Христовы, говорит апостол, то плоть распните со страстьми и похотьми“. Не верьте, братья, современным модным учениям и суемудрым учителям, обещающим рай утех и наслаждений на земле. Рай Христов достигается великими усилиями, подвигами: „Царствие Божие усилием берется, и употребляющие усилия восхищают его“. „Венцом правды“, наградой блаженства увенчиваются те, кто показал себя в жизни, подобно апостолу Павлу: „в великом терпении, в бедствиях, скорбях, бедах, в ранах, в темницах, в изгнаниях, трудах, бдениях молитвенных, постах, в чистоте жизни, слове истины, в чести и бесчестии, при порицаниях и похвалах“ (2 Кор. 6, 4-8)»
Это был иерарх с мягкой душой, простой, внимательный и ласковый. Куда бы он ни являлся, он всегда приносил с собой мир. Он не замыкался в узкий круг прямых своих обязанностей, но принимал живейшее участие в общественной деятельности. Будучи еще иеромонахом, он посещал «бывших людей», не гнушаясь со словом Божиим входить к ним в ночлежку, и среди этих несчастных, в душном и спертом воздухе, он проводил целые часы, поучая их и молился с ними, совершая всенощные бдения и читал акафисты и Великим постом исповедовал пред причастием. В неурожайный год он своим воззванием собрал для голодающих более двадцати тысяч рублей.
