Михаил Борисов — сын диакона села Сухая Нива Демянского уезда Новгородской губернии. В 1888 году, будучи 22 лет, окончил Новгородскую духовную семинарию и был назначен псаломщиком в женский Покровский Зверин монастырь в Новгородском уезде.
17 сентября 1889 года был рукоположен во священника к новопостроенной церкви в селе Кипино Демянского уезда. В 1891 году был переведен служить в Параскевинскую церковь в село Строилово. В 1902 году переведен в Полновский Успенский женский монастырь в Демянском уезде, а в 1906 году — в Борисоглебскую церковь в Новгороде.
За время своего служения отец Михаил имел множество послушаний. Два года он состоял заведующим и законоучителем Кипинской церковноприходской школы, одиннадцать лет законоучителем Строиловской земской школы, два года Головковской земской школы, четыре года заведующим и законоучителем открытой им в селе Строилове женской церковноприходской школы; в течение трех с половиной лет отец Михаил состоял наблюдателем церковных школ 1‐го благочиннического округа Демянского уезда, в течение четырех лет — заведующим и законоучителем церковноприходской школы при Успенском монастыре, в течение десяти лет — благочинным 1‐го округа Демянского уезда, в течение трех лет — депутатом на епархиальные съезды от духовенства 1‐го Демянского благочиннического округа, в течение трех лет — членом правления Новгородской духовной семинарии; с 1907 года — заведующим, законоучителем и учителем пения в Борисоглебской церковноприходской школе, с 1909‐го по 1914 год отец Михаил состоял членом Новгородского епархиального миссионерского совета, с 1909 по 1915 год — членом Новгородского уездного отделения епархиального училищного совета, с 1911 года — помощником благочинного 2‐го Новгородского округа. Принимал деятельное участие в религиозно‐нравственных чтениях, проходивших в Новгороде, и в церковно‐общественной жизни города.
30 июля 1917 года возведен в сан протоиерея.
6 июня 1917 года на собрании Союза объединения духовенства и мирян города Новгорода протоиерей Михаил выступил с докладом на тему «К реформе прихода»; он сказал тогда, что главной цели приходской жизни — «вести человека ко Христу, к вечному спасению» — должны были служить: «истовое богослужение с переводом богослужебных книг не на русский, а на ново‐славянский язык, с устранением всех непонятных слов и выражений... беседы в храме и вне храма, устройство школьных советов, обществ сестричества... Главное в приходе не право избрания и не заведование имуществом, а борьба с грехом, содеивание своего спасения». Близкие отца Михаила вспоминали, что прихожане любили и уважали священника за то, что он всегда с радостью им помогал.
В 1926 году о. Михаил был арестован пробыл в тюрьме двадцать дней. В 1931 году священник с семьей был выселен из дома. Служил в Новгородском Петропавловском храме в Плотниках. Примыкал к иосифлянам.
В 1933 году Новгородское ОГПУ начало дело против религиозно‐трудового братства, которое возглавлял епископ Макарий (Опоцкий), живший в это время в Новгороде на положении ссыльного. Братство имело неофициальный характер и включало немногим более двадцати человек, которые молились вместе с епископом Макарием, трудились на своих послушаниях и часть средств передавали братству, откуда они жертвовались по мере необходимости нуждающимся — бедным и находящимся в заключении.
20 апреля 1933 года были арестованы и заключены в новгородскую тюрьму все члены братства во главе с епископом Макарием, а вместе с ними и многие авторитетные священники города, хотя и не входившие в состав братства, но знавшие епископа лично. В их числе был арестован и протоиерей Михаил Борисов; ему шел тогда шестьдесят восьмой год.
3 мая 1933 года отец Михаил был вызван на допрос и, отвечая на вопросы следователя, сказал: «Я враждебно настроен к советской власти, потому что она устраивает гонения на религию, духовенство облагает непосильными налогами, дерет с него последнюю шкуру, вообще духовенству не дает никакого житья. Советская власть все духовенство поставила вне закона. Советская власть духовенство и вообще верующих сажает невинно в тюрьмы и ссылает на Север, заставляет без вины переносить страдания, голод и холод. Советская власть нам совершенно ничего не дала, кроме слез и страданий. Имея такие взгляды, я не мог сочувственно относиться к советской власти и спокойно, молча все переносить. Я вышеперечисленные свои взгляды высказывал среди верующих, что теперь не стало никакого житья, кругом на верующих идет гонение, отбирают последний кусок хлеба, советская власть стала грабить живого и мертвого. Я также говорил во время церковной службы антисоветские проповеди, что советская власть — есть власть антихриста, которая послана Богом за тяжкие наши грехи, и что скоро настанет время, когда сойдет Христос на землю и погонит всех этих антихристов и дьявольскую силу. Я и сейчас остался таких же убеждений, что, долго ли, коротко ли, но власть антихриста должна будет заменена другой, Божьей властью, или же советская власть должна будет переменить свою политику в отношении церкви, то есть прекратить гонения. Я знаю, что епископ Макарий и мой сын оказывали материальную помощь семьям невинно пострадавших от советской власти. Я, как благочинный, собирал деньги от приходов и посылал в Ташкент высланному невинно митрополиту Арсению, и вообще мы материально помогали сосланному духовенству. В личных своих беседах и проповедях проводил антисоветскую агитацию, так как с существованием советской власти примириться не могу».
19 мая 1933 года тройка ОГПУ приговорила протоиерея Михаила к лишению права проживания в двух столичных городах, их областях и в пограничной полосе. И он уехал в город Углич Ярославской области, где стал служить в храме Вознесения Господня. 13 ноября 1933 года супруга отца Михаила направила в Новгородское ОГПУ заявление, в котором, в частности, писала: «Так как нам, болезненным старикам, было бы весьма горестно умереть вдали друг от друга, то я покорнейше прошу Новгородское ОГПУ предоставить мужу моему право возвращения на жительство в Новгород...»
Эта просьба супруги священника не была удовлетворена, и протоиерей Михаил оставлен был в Угличе и продолжал служить в Вознесенском храме.
28 октября 1937 года отец Михаил был арестован и в тот же день допрошен.
— Вы арестованы как участник контрреволюционной церковно‐монархической группы. Признаете ли вы себя в этом виновным?
— Я участником группы не состоял и виновным себя в этом не признаю.
— Следствие располагает достаточно подтвержденными материалами о вашем участии в контрреволюционной церковно‐монархической группе по проведению контрреволюционной террористической деятельности. Предлагаем дать следствию правдивые показания по существу.
— Это я отрицаю и заявляю, что никогда к контрреволюционной церковно‐монархической группе не принадлежал и контрреволюционной террористической агитации не вел.
В тот же день следствие было закончено, и 30 октября следователь составил обвинительное заключение, в котором написал, что, хотя священник «виновным себя не признал, но материалами следствия полностью изобличается в контрреволюционной деятельности». После составления обвинительного заключения протоиерей Михаил был отправлен ожидать приговор в ярославскую тюрьму. 5 ноября 1937 года тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения, но по старости и немощности он был оставлен в исправительно‐трудовой колонии в Ярославле.
Протоиерей Михаил Борисов скончался 4 июня 1942 года в ярославской исправительно‐трудовой колонии и был погребен в безвестной могиле.