Степан Пономарев — мещанский сын из города Верный Семиреченской области в мещанской семье. 13 мая 1895 г. 15-летний Степан Пономарев окончил курс Свято-Троицкой четырехклассной церковно-приходской школы.
C 28 июня 1904 года — исполняющий должность псаломщика и учитель пения в церковно-приходской школе в с. Михайловское Верненского уезда Семиреченской области (ныне пос.Тургень, Казахстан), 25 июня 1905 года утвержден в должности псаломщика. 24 января 1907 посвящен в стихарь в Крестовской церкви архиерейского дома.
С 20 октября 1908 года — псаломщик станицы Зайцевской Верненского уезда (ныне г. Чилик, Казахстан)
В 1909 году рукоположен в сан диакона к Свято-Николаевской церкви на Зубовской площади г. Верного. Не позднее 1914 года рукоположен в сан священника.
В Первую мировую войну состоял священником при Красном Кресте. Во время боевых действий долгое время находился в окопах. Была весна, дождь и мокрый снег наполняли окопы водой и грязью. Из окопов батюшку вытащили едва живого и доставили в госпиталь, прооперировали и удалили сгнившие от хронического гайморита носовые хрящи, отчего у него ввалилась переносица. Прежде отец Стефан имел очень красивую наружность и гордый нрав. Вернувшись с фронта, он сказал: «Бог шельму метит. Вот и меня Господь пометил и присмирил». С того времени он страдал от сильной головной боли.
Священники жили очень скудно. Чтобы облегчить ведение домашнего хозяйства, одинокий отец Александр переехал жить к отцу Стефану и матушке Прасковье. Еды почти не было. Бывало, батюшки зайдут к монахиням: «Матушки, дайте стакан воды и хлеба». Сестры дадут, они посолят, поедят и так до вечера.
Великим Постом 1927 г. в Николаевскую церковь, по приглашению настоятеля о. Александра Скальского, перешли жить четверо монахинь и девочка-сирота Анастасия Нагибина. Они поселились в нижнем полуподвальном помещении. В храме они пели на клиросе, пекли просфоры, продавали свечи, делали уборку и жили почти по монастырскому уставу. И духовником этого небольшого сестричества был протоиерей о.Стефан.
О.Стефан был задумчив и молчалив, всегда был погружен в молитву. Жил он как строгий монах и служил ежедневно, не пропуская ни одного богослужения. Службы его были тихими, строгими и неторопливыми, всегда проникновенными и благоговейными. О.Стефан до конца остался верен православной церкви, сам в обновленчество не уклонялся и настоятеля о.Александра удержал от возможной ошибки.
Он был бездетным, хотя имел жену, которая беззаветно любила его. Уже после кончины о. Стефан матушка рассказала, что всю жизнь прожили они с о.Стефаном, как брат с сестрой: «Как повенчались, так он сказал: «Дорогая Парасковья Кузьминична! Хочешь ли ты в рай попасть и с Господом быть?» — «Хочу» — «Так вот, я тебе — брат, а ты мне — сестра».
Отец Стефан, видя, что о.Александру Скальскому, которого покинула его жена, трудно жить одному, уговорил его поселиться в его доме, и они стали жить в соседних комнатах. У о. Стефана в комнате не было практически ничего, кроме икон. Матушка Прасковья Кузьминична жила в нижней части дома и своими заботами облегчала их повседневный быт.
В 1930-е годы Никольская церковь осталась единственным в городе оплотом православия.
В это время в Алма-Ате был устроен пересыльный пункт ГПУ, куда отправляли заключенных со всей страны. Здесь заключенные получали распределение в лагеря, а ссыльные должны были сами являться в ГПУ за направлением в места ссылки. Начальником ГПУ в то время был некий товарищ Иванов. Мать у него была верующей, поэтому он хорошо знал монахинь и неплохо к ним относился. Когда ссыльных было очень много и их негде было размещать, начальник Алма-Атинского ГПУ посылал их в Никольскую церковь, зная, что там принимают всех обездоленных. Не было ни одной ночи, чтобы в Никольском храме не ночевали ссыльные. Монахини топили печь в церковном подвале, варили еду, стирали белье ссыльных. Отец Александр из скудного церковного дохода выдавал деньги на помощь ссыльным, на эти средства им покупали еду, одежду и обувь. Вместе с ссыльными в город приходили эпидемии. В один год свирепствовал тиф, но и тогда в церкви всех принимали, и никто — ни священники, ни сестры — не заболели.
10 декабря 1932 года о. Стефан был арестован сотрудниками ГПУ после всенощной накануне празднования иконы Божией Матери «Знамение» в Никольском храме вместе с о. Александром Скальским и многими священнослужителями г.Алма-Аты.
Сначала о.Стефана примерно месяц допрашивали в ГПУ. Потом направили в санпропускник. Там сильно напарили в бане, посадили в кузов открытого грузовика и повезли по морозу в городскую тюрьму. Сильно простуженный, он сразу заболел сыпным тифом и был отправлен 9 января 1933 г. в тифозный барак Красного Креста.
Скончался от тифа 18 января 1933 года в тифозном бараке Красного Креста в Алма-Ате. Погребен за Головным арыком, на лагерном кладбище, рядом с о. Александром Скальским и о. Филиппом Григорьевым в общей могиле.
Из воспоминаний Анастасии Нагибиной: «Отца Филиппа из бараков забрали домой родные, и из дома мы повезли и похоронили его наверху горочки. Отца Стефана некуда было забирать. Гроб с его телом сестры поставили на церковном дворе у оградки. Пришел староста Шахворостов, пришел сосланный в Алма-Ату старый священник о.Афанасий. Церковь была опечатана, но через бывший в ней лаз, который вел из подвала в алтарь и в ризницу, я пролезла наверх и вынесла Евангелие, крест, кадильницу и нужное облачение. Мать Феодора велела брать все лучшее. Потом сестры загородили гроб простынями и прямо на улице, среди сугробов, о.Афанасий и староста Шахворостов помазали о.Стефана миром и облачили. Вложили в руку крест, на грудь — Евангелие, положили кадильницу — все как положено. Пришли из ГПУ, велели быстро закрыть гроб крышкой, чтобы никто не видел, что священника хороним. Мы поставили гроб на телегу, и одолженная у соседей лошадка повезла нас на горочку. Мы шли за гробом и плакали. Матушка о. Стефана Параскева Кузьминична очень плакала. Мы привезли о.Стефана на лагерное кладбище. Гроб нести было некому. Сестры и староста Шахворостов двигали гроб по снегу к могиле о.Филиппа. Земля была застывшая. Копать новую могилу у нас не было сил. Мы выбросили землю из свежей могилы о.Филиппа, в южную сторону от его гроба сделали подкоп и задвинули туда гроб с телом о.Стефана. Так же хоронили мы и о.Александра».
Память о священномучениках Николо-Кучугурских свято хранилась паствой, на их могиле была положена надгробная плита. В 1960-х гг. при застройке города могила священномучеников была уничтожена, местонахождение их св. мощей неизвестно.
