Василий Богоявленский — сын священника из села Старое Сеславино Козловского уезда Тамбовской губернии. В 1882 году 15-летний Василий Богоявленский окончил II Тамбовское духовное училище и поступил в Тамбовскую духовную семинарию, которую окончил в 1888 году. 20 сентября 1888 г. (по др. данным, в 1889) был рукоположен во диакона к церкви Рождества Христова в селе Старая Дегтянка Козловского уезда. 11 марта 1890 г. рукоположен во священника к церкви Покрова Пресвятой Богородицы в с. ОвсянкаКирсановского уезда Тамбовской губернии, состоял законоучителем в нескольких церковноприходских школах.
В 1896 г. с семьей переселился в Казань, продолжил образование в Казанской духовной академии, которую окончил в 1900 г. со степенью кандидата богословия. Будучи студентом академии состоял законоучителем в Казанской общине сестер милосердия Красного Креста, вел религиозные собеседования с нижними чинами учебных команд при 5 батальонах, расположенных при Казанском вещевом интендантском складе. По окончании академии служил в кафедральном соборе, затем в церкви Казанского Троице-Феодоровского женского монастыря, с 1901 г. — в кладбищенской церкви.
В 1905 г. вернулся в кафедральный собор на должность ключаря, одновременно являлся законоучителем Спасо-Феодоровской школы, затем начальных городского и министерского училищ, а также Речного училища. Несколько лет был членом комитета по проверке отчетов Казанской духовной академии и Казанского епархиального женского училища, членом-учредителем братства во имя Пресвятой Богородицы при кафедральном соборе, членом Церковного историко-археологического общества.
В 1907 г. назначен членом Казанской консистории. В это время написал сочинение «Вторая книга Маккавейская: Опыт исагогического исследования» (Каз., 1907), за которое советом Казанской духовной академии 4 июня 1907 г. был удостоен степени магистра богословия.
Овдовел. 14 августа 1908 г. принял монашеский постриг в Александро-Невской лавре от Гдовского еппископа, священномученика Кирилла (Смирнова) с оставлением прежнего имени. 15 октября того же года назначен ректором Черниговской духовной семинарии с возведением в сан архимандрита.
26 июля 1909 г. хиротонисан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Хиротонию в Александро-Невской лавре возглавил Санкт-Петербургский митрополит Антоний (Вадковский). За два года на кафедре благоустроил Куряжский Преображенский монастырь, служивший местом пребывания Сумского епископа, устроил при нем два странноприимных дома.
В марте 1911 г. был назначен епископом Новгород-Северским, викарием Черниговской епархии. 12 мая того же года был назначен епископом Черниговским и Нежинским. За первые два года пребывания на кафедре архиерей объехал епархию, проповедовал во всех храмах, где совершал богослужения. 26 июня 1911 г. в Чернигове были заложены храм во имя святого князя Александра Невского и епархиальный дом имени императора Николая II, освящение которых состоялось 14 ноября 1912 г. Николаевский дом стал просветительским центром епархии: его большой зал был предназначен для проведения лекций, была собрана большая библиотека, организованы музей церковной старины и школьный музей ученических работ и наглядных пособий, работал книжный магазин братства святого князя Михаила Черниговского. Епископ Василий предложил устроить аналогичные братские дома в городах и селах епархии. По его благословению 11 апреля 1912 г. в Николаевском хуторе Новгород-Северского уезда было открыто второе епархиальное женское училище (одно уже действовало в Чернигове), с сельскохозяйственным отделением. Училище вскоре было названо Василиевским — во имя свт. Василия Великого, в нем на средства епархиального духовенства была учреждена стипендия имени епископа Василия, предназначавшаяся для одной из беднейших воспитанниц. При Троицком монастыре архиерей устроил духовную музыкально-певческую школу.
В 1914 г. Черниговское епархиальное управление на собранные пожертвования приобрело дворец графа Завадовского в селе Ляличи Суражского уезда для размещения в нем просветительских и благотворительного учреждений; одним из первых взнос на покупку дворца (тысячу рублей; средняя месячная зарплата рабочего тогда была 25 рублей) сделал Черниговский архиерей. 6 мая 1915 г. в Ляличском дворце состоялось открытие лазарета на 100 мест, его содержание осуществлялось за счет средств духовенства Черниговской епархии. 6 августа 1915 г. по благословению архиерея была открыта благотворительная столовая на 300 человек. 30 декабря 1916 г. состоялось освящение храма при Ляличском дворце, были открыты второклассная учительская женская школа и при ней начальная школа-приют для девочек, чьи отцы погибли на фронте.
Владыка активно руководил деятельностью братства святого князя Михаила Черниговского, основными задачами которого были духовное просвещение, миссионерство и благотворительность, а также сельскохозяйственная взаимопомощь, поскольку братчиками в основном были крестьяне. К 1916 г. в Черниговской губернии действовали 15 уездных отделений братства, 1059 сельских братств, в которых состояло до 20 тыс. человек. В целях укрепления миссионерской деятельности по предложению архиерея произошло объединение всех епархиальных миссионеров в общество при братстве святого князя Михаила, ставившее своей задачей борьбу с расколом и сектантством. 1 мая 1912 г. было учреждено братство святого Филарета Милостивого при жененском епархиальном училище.
Епископ Василий придавал большое значение издательской деятельности. Летом 1911 г. в связи с намеченным на сентябрь посещением Чернигова царственным мучеником Николаем Вторым под руководством архиерея была создана книга «Картины церковной жизни Черниговской епархии из IX вековой ее истории» (К., 1911). В 1912 г. в епархии начал выходить научно-богословский журнал «Вера и жизнь». С 1914 г. братство святого князя Михаила Черниговского издавало газету «Черниговский церковно-общественный вестник» (сначала 3 раза в неделю, затем ежедневно).
В 1913-1914 гг. присутствовал на заседаниях Синода. В июле 1916 г. назначен исполняющим обязанности председателя Издательского совета при Синоде. 5 октября возведен в сан архиепископа.
После Февральской революции 1917 г. по распоряжению Черниговского губисполкома владыку дважды арестовывали, 29 марта 1917 г. он был отправлен в Петроград, обвинен в узурпации власти и стремлении к наживе, но освобожден за недоказанностью обвинений. 14 апреля того же года по указу Временного правительства освобожден от присутствия в Синоде, 6 мая уволен на покой, назначен настоятелем Теребенской Никольской пустыни, 11 августа переведен настоятелем в московский Заиконоспасский монастырь.
20 июля 1918 года советом Поместного собора Православной российской церкви 1917-1918 гг. включен в состав Собора, 24 июля назначен благочинным ставропигиальных монастырей. 14-17 августа патриарх Тихон (Беллавин) и Синод постановили послать архиепископа Василия и мученика миссионера Алексия Зверева в Пермь для выяснения обстоятельств ареста Пермского архиепископа священномученика Андроника (Никольского). Позднее с разрешения патриарха к ним присоединился архимандрит Матфей (Померанцев). Советское правительство дало согласие на расследование и даже предоставило комиссии отдельный вагон.
27 августа 1918 года на обратном пути, между Пермью и Вяткой, за мостом через реку Каму (в районе современного микрорайона Пролетарский г. Перми) в вагон, где ехала делегация собора во главе с архиепископом Василием, ворвались красноармейцы, вывели членов делегации из поезда и расстреляли. Материалы расследования и средства, собранные на нужды Собора, были похищены. Местные крестьяне нашли тела мучеников и похоронили их. На могилу началось паломничество, тогда власти вырыли тела и сожгли.
