Василий Холмогоров — сын священника из села Андреевском Коломенского уезда Московской губернии. Первоначальное образование получил в Коломенском духовном училище. В 1894 году 19-летний Василий Холмогоров окончил Московскую духовную семинарию.
В 1895 году был назначен псаломщиком в Успенский собор в городе Дмитрове. В 1903 году рукоположен во священника к Успенскому храму в селе Морозово Дмитровского уезда Московской губернии.
22 июня 1911 года направлен служить в Никольский храм в селе Полтево Богородского уезда (ныне Балашихинский район) Московской губернии, где был заведующим и законоучителем Полтевской церковно-приходской школы до ее закрытия советской властью.
В 1920-х годах возведён в сан протоиерея.
После закрытия Никольского храма властями в середине 1930-х годов отец Василий стал служить в Преображенском храме в селе Остров, входившем в 1920-х годах в состав Подольского уезда (ныне Видновский округ Московской епархии) Московской губернии. Первая его служба здесь состоялась на праздник Преображения Господня в 1937 году. Белокаменный Преображенский храм был выстроен во второй половине XVI века и принадлежал к числу архитектурных памятников. Однако во время гонений на Церковь в 1920-1930 годах храм пришёл в самое плачевное состояние, так как сами власти были настроены категорически против реставрации действующей церкви, хотя бы она и представляла собою ценный памятник зодчества.
25 ноября 1937 года сотрудники НКВД допросили дежурных свидетелей, жителей села Остров, которые показали, что священник жаловался, что вот, мол, до чего дожили, Божие место оказалось запущенным, храм не ремонтируется, чего раньше бы не было, а теперь и материалов не достанешь для ремонта.
26 ноября 1937 года отец Василий был арестован и заключен в московскую Таганскую тюрьму и через день допрошен. На обвинения следователя священник категорично ответил, что контрреволюционной агитации он не вёл и виновным себя не признаёт.
29 ноября следствие было закончено, и 1 декабря 1937 года тройка при УНКВД по Московской области приговорила протоиерея Василия к десяти годам заключения в исправительно-трудовых лагерях.
9 января 1938 года он прибыл в Сиблаг в Новосибирской области и был направлен в одно из его отделений.
Скончался 16 января 1938 года в Сусловском отделении Сиблага и был погребён в безвестной могиле.
