Василий Протопопов — сын псаломщика села Извольском Юхновского уезда Смоленской губернии. По окончании Смоленской духовной семинарии работал учителем в школе в селе Торбеево Сычевского уезда (ныне Новодугинский район Смоленской области).
В мае 1915 года, 29 лет, рукоположен во священника ко храму Покрова Пресвятой Богородицы в селе Новый Покров Гжатского уезда Смоленской губернии (ныне деревня Новопокров Можайского района Московской области).
В 1928 году был предан суду за то, что обратился к прихожанам с просьбой о помощи в выплате налогов за пользование храмом, и приговорен к двумстам рублям штрафа.
В 1931 году был арестован по обвинению в неуплате налогов и приговорен к восьми месяцам исправительно-трудовых работ с конфискацией дома и имущества. Священник подал жалобу на неправый приговор, суд его оправдал, и он вернулся к служению в храме. Имущество возвращено не было.
20 ноября 1937 года заведующий избой-читальней в соседнем с Новопокровом селе Острицы отправил в районный отдел НКВД заявление с просьбой «принять меры к служителю церковного культа Новопокровской церкви Василию Протопопову, так как в беседе в сентябре 1937 года высказывал контрреволюционные взгляды по поводу закрытия Острицкой церкви... Мне неоднократно приходилось слышать от школьников и молодежи Острицкого сельсовета... что поп их останавливает и уговаривает ходить в церковь молиться Богу, а избу-читальню называет антихристовым сборищем».
На следующий день следователь допросил избача-комсомольца, который сказал:
«Василий Протопопов, ввиду того что у нас закрыта в селе Острицы церковь, взял в свой приход и наш Острицкий сельсовет и то и дело ходит по деревням и ведет контрреволюционную агитацию, чтобы ходили в церковь и молились Богу. Об этом мне неоднократно приходилось слышать от молодежи и от школьников, приходящих в избу-читальню, которые мне, как заведующему избой-читальней, заявляли: "Вот мы шли в избу-читальню, и с нами встретился поп Новопокровской церкви..." и говорит нам: "Куда вы, ребята, идете?" А когда ему сказали, что идем в избу-читальню, то после этого Протопопов, как мне передавали школьники, говорил: «Вы еще младенцы, не ходите в антихристово сборище, не надо вам согрешать. Вам надо учиться Божественным молитвам. Вам надо ходить в церковь, молиться Богу...» Кроме этого, Протопопов взял под свое влияние учительницу, имеющую высшее образование... и она в настоящее время бросила работать в школе... и регулярно посещает Новопокровскую церковь, где поет как певчая...
В сентябре 1937 г. я был в кооперативе в селе Новый Покров. Выходя из магазина встретился с Протопоповым... Я задал ему вопрос: «Вы все еще работаете в церкви? Пора бы кончить. Ведь, наверное, к тебе в церковь никто не ходит?» На это Протопопов ответил: «Вы не думайте, что все люди такие тупые, как у вас в Острицах, которые допустили, что вы надругались над Божиим храмом, загрязнили его пылью и зерном. Это безобразие. Нужно верующим решительно идти на то, чтобы очистить храм от зерна и более решительно требовать открытия церкви. В Конституции и то сказано, что вероисповедание свободное, а вы здесь на месте нарушаете это, закрываете церкви. Недолго вам осталось сбивать людей, чтобы они шли против Бога, скоро этому подойдет конец...»
В справке на арест священника сотрудники НКВД написали: «За последнее время Протопопов проявляет особенную активность среди верующих. По его предложению в селениях проводятся тайные сборища верующих по сбору средств на украшение храма, на ремонт церкви и сбор продуктов для него».
24 ноября 1937 года отец Василий был арестован, заключен в Таганскую тюрьму в Москве и через несколько дней допрошен.
— Следствием установлено, что вы среди населения вели антисоветскую деятельность, распространяли контрреволюционную клевету против советской власти. Вы подтверждаете эти данные следствия? — спросил его следователь.
— Антисоветской деятельности и клеветы против советской власти я не высказывал. Это ложные данные, — ответил священник.
5 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Василия к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.
Скончался 8 июля 1940 года в Темниковском лагере в Мордовии. Погребен в безвестной могиле на лагерном кладбище.
