Василий Зеленцов — сын священника из села Зимарова Раненбургского уезда Рязанской губернии. В 1896 году 26-летний Василий Зеленцов окончил Рязанскую духовную семинарию, в 1900 году — Московскую духовную академию. По другим данным, окончил юридический факультет Санкт-Петербургского университета и Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
В 1900 году назначен помощником инспектора в Красноярскую духовную семинарию, где с 1901 года на четвертом и пятом курсах преподавал практическое руководство для пастырей и литургику. До 1917 года, преподавал в разных духовных училищах, русский язык — в Мариупольском духовном училище, в Екатеринославской духовной семинарии — латинский язык и историю, исполнял должность епархиального миссионера.
Был избран членом Поместного собора Российской православной церкви 1917-1918 гг. от мирян Рязанской епархии, активно участвовал в работе собора. В полемике, развернувшейся вокруг вопроса о взаимоотношениях Церкви и государства, отстаивал необходимость независимости церкви; критиковал позицию некоторых членов собора, желавших добиться от государства содержания взамен на церковную свободу.
В 1918 году по окончании работы собора был послан миссионером в Полтавскую епархию. В 1919 году рукоположен во священника Полтавским архиепископом Феофаном (Быстровым), определен к Троицкой церкви Полтавы.
В Полтаве активно занимался миссионерской деятельностью, обходил окраины города для просвещения сектантов, баптистов, католиков, евреев. Помогал неимущим, содержал на своем иждивении четырёх детей-сирот, у которых умер отец-священник. Стремился привлечь к участию в богослужении всех молящихся, для деятельного противодействия насаждавшемуся государством безбожию организовал при Троицком храме молодежное Покровское христианское общество.
Священник часто проповедовал в разных храмах Полтавы. После того как в июле 1919 года город заняли войска генерала Антона Деникина, священник Василий в Троицком храме и, по благословению архиепископа, в городском соборе, на площадях города после совершения молебнов часто произносил проповеди в поддержку белого движения. Когда деникинская армия и с ней часть духовенства уходили из Полтавы, священник решил остаться, по его просьбе губернатор предоставил для эвакуирующегося духовенства отдельный вагон. Ушедший с белыми настоятель храма Кадетского корпуса протоиерей Сергий Четвериков поручил часть церковного имущества священнику Василию, с тем чтобы последний передал его по назначению. Священник Василий исполнил это поручение, при передаче ценностей ему была дана соответствующая расписка, которая была изъята у него при обыске во время кампании по изъятию церковных ценностей и явилась «доказательством» его вины.
Во время изъятия церковных ценностей в 1922 году священник Василий обратился к верующим с призывом жертвовать голодающим хлеб, но не передавать властям богослужебные предметы, т.к. был уверен, что они не будут использованы для помощи голодающим. Священник обратился к властям с просьбой сообщить, сколько нужно хлеба для передачи голодающим, но не получил ответа, в городе началось массовое изъятие церковного имущества. В это время свящ. Василию стало известно содержание телеграммы начальника Полтавского ОГПУ вышестоящему начальству в Харьков, в которой тот отчитывался о ходе кампании по изъятию ценностей и сообщал о намерении приступить к арестам духовенства. Священник немедленно сообщил о телеграмме духовенству.
30 мая 1922 года был арестован, заключен в тюрьму в Полтаве. Сначала находился в общей камере, все продукты, которые ему передавали, распределял среди заключенных, затем был переведен в одиночную камеру.
Показательный судебный процесс по делу священника Василия проходил в здании Полтавского музыкального училища 9-12 августа 1922 года. 12 августа был зачитан приговор, священника обвинили в том, что он «призывал население к активной борьбе с варварами-большевиками, как гонителей, по его, Зеленцова, выражению, Евангелия и православной Церкви, предлагая населению поддерживать, кто чем может Добровольческую армию», в разглашении телеграммы ОГПУ, имевшей, по мнению суда, «характер государственной тайны», в сокрытии церковных ценностей храма Кадетского корпуса.
Суд пришел к выводу, что «вся деятельность Зеленцова, на протяжении 4 лет направленная к борьбе с советской властью, а равно и заявление гражданина Зеленцова, что своих убеждений он не меняет, заставляет революционный трибунал рассматривать гражданина Зеленцова как определенного нераскаявшегося контрреволюционера и врага трудящихся масс», и приговорил священника к расстрелу. Сразу же после вынесения приговора делегаты от полтавских заводов поехали в Москву ходатайствовать перед властями об изменении приговора, адвокат подал кассационную жалобу в Верховный трибунал. 20 августа 1922 года Верховный трибунал принял решение о замене смертной казни 5 годами тюремного заключения.
Отец Василий отбывал срок в общей камере городской тюрьмы. Почти каждый день верующие передавали ему продукты, среди заключенных священник пользовался уважением и любовью, его избавляли от исполнения тюремных нарядов. Обеспокоенная тем, что священник Василий пользовался среди заключенных авторитетом, тюремная администрация перевела его в харьковскую тюрьму. В это время полтавская пресса вела пропагандистскую кампанию против священника, в частности, в газете «Большевик Полтавщины» некий Капельгородский опубликовал сатирический «акафист» священнику Василию, в котором высмеивал священника и «предрекал» будущее его прославление церковью.
В 1925 году священник Василий подал прошение о досрочном освобождении. В июне 1925 года при обозрении харьковской тюрьмы контрольной комиссией он заявил представителям комиссии: «Убедившись, что советская власть стала народной властью и, уважая право народа самому по своему желанию выбирать и организовывать себе верховное правительство, я теперь ищу мира с сов. властью, обещаюсь по выходе из заключения отдать все свои силы исключительно на служение Церкви».
12 июня 1925 года был освобожден, вернулся в Полтаву. Будучи в заключении, священник помогал нищей с маленьким сыном, просившей подаяние у стен тюрьмы. Женщина умерла, священник стал заботиться о мальчике, впоследствии поселившемся вместе с другими воспитанниками у священника Василия.
В это время в Полтавской епархии возник раскол, который возглавил епископ Феофил (Булдовский). Священник Василий выступал с обличениями нового движения, приглашал в Троицкий храм, настоятелем которой являлся, сторонников епископа Феофила разъяснять свои позиции прихожанам. У тех, кто слушал проповеди священника Василия и других православных священников, а также выступления сторонников епископа Феофила, не оставалось сомнений в беззаконности нового раскола. 13 августа 1925 года священник был вызван на допрос в ОГПУ. Его обвинили в том, что он устраивает в храме религиозные диспуты и тем самым производит возмущение среди населения города. После допросов священник Василий был освобожден.
В августе 1925 года пострижен в мантию и возведен в сан архимандрита архиепископом Полтавским Григорием (Лисовским).
25 августа 1925 года хиротонисан во епископа Прилукского, викария Полтавской епархии. Хиротонию в Троицком храме совершали архиепископ Григорий (Лисовский) и тайно прибывший в Полтаву Глуховский епископ Дамаскин (Цедрик).
Епископ Василий остался настоятелем Троицкого храма, по приглашению духовенства служил и в других храмах Полтавы. В храмах, где он служил, всегда было много молящихся, которые стремились услышать его проповедь, привлекавшую не красноречием, но верой, бесстрашием, искренностью. Принимал участие в решении общецерковных вопросов, предпринял усилия для умаления влияния григорианского раскола (письмо архиепископу Григорию (Яцковскому) 1 марта 1926 года), выступил против попыток Ярославского митрополита Агафангела (Преображенского) встать во главе церковного управления (письмо митрополиту Агафангелу 6 мая 1926 года).
27 августа 1926 года был вызван в Харьков и там арестован, затем препровожден в Бутырскую тюрьму в Москве. 30 августа Полтавское ОГПУ составило обвинительное заключение, таким образом характеризовав епископа: «Желая создать себе авторитет и, кроме того, усилить тихоновщину как таковую, гражданин Зеленцов созывает нелегальный диспут с булдовцами, во время которого старается доказать, что единственная правая церковь это тихоновская. Почувствовав под собой твердую почву в лице своего авторитета среди верующих, Зеленцов переходит к будированию всей массы, подстрекая последнюю активно выступить и потребовать тихоновскому течению привилегий».
Полтавское ОГПУ рекомендовало выслать епископа Василия из Украины на три года. 24 сентября 1926 года особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило владыку к трём годам ИТЛ по обвинению в «дискредитации советской власти», епископ отбывал срок в Соловецком лагере особого назначения.
Летом следующего года епископ Василий отправил два письма митрополиту Сергию (Страгородскому), в которых выразил несогласие с отдельными положениями «Декларации» 1927 года. Во втором послании, озаглавленном «Необходимые канонические поправки к Посланию Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митр. Сергия и Временного при нем Патриаршего Священного Синода от 16 (29) июля 1927 г.», епископ Василий развивал свою главную идею о независимости церкви от государства и утверждал, что советская власть не может быть «от Бога, тогда как она уничтожает все, что есть Божьего на земле».
22 октября 1928 года в порядке разгрузки мест заключения был досрочно освобожден из лагеря и выслан на три года в Сибирь, поселился в деревне Пьяново Братского района Иркутского округа (ныне в черте села Большеокинского Братского района Иркутской области). В материалах следственного дела 1930 года содержатся сведения о том, что в ссылке епископ Василий «начал ряд богословских работ на тему: перевод литургии на русский язык с богословскими примечаниями... пояснения к кн. Апокалипсис... каноническое положение неправославных христиан и др.».
Продолжая полемику с митрополитом Сергием, епископ Василий передал своим единомышленникам объемное сочинение «В чем состоит верность Христу в церковной жизни», в котором, по свидетельству того же следственного дела, «писал о неканоничности действий митр. Сергия и его Синода». Рукопись была размножена верующими и получила широкое распространение.
1 декабря 1929 года вышло распоряжение ОГПУ об аресте епископа Василия, 9 декабря сотрудники ОГПУ добрались до деревни, где жил епископ, произвели обыск и арестовали его.
В январе 1930 года был отправлен в Москву в Бутырскую тюрьму. В начале февраля было составлено обвинительное заключение, в котором ему ставилась в вину вся его предшествующая деятельность, его требование бескомпромиссности в отношениях Церкви к враждебному ей государству.
Расстрелян 7 февраля 1930 года по постановлению Коллегии ОГПУ от 3 февраля 1930 года, погребен в безвестной могиле на Ваганьковском кладбище в Москве.
