После анализа 160 образцов генома вируса SARS-CoV-2, выделенных у заболевших людей, ученые выяснили, что существует три генетических разновидности этого вируса. Разновидности, обозначенные как A и C, выявлены у европейцев и американцев. Вирус разновидности B наиболее распространен в Восточной Азии. Он не передается в другие регионы Земли без мутаций, превращающих его в производные типы, что указывает на возможную устойчивость к этому типу вируса за пределами Азии.
«Существует слишком много быстрых мутаций, чтобы аккуратно отследить генеалогическое древо SARS-CoV-2, — рассказывает ведущий автор исследования, генетик из Кембриджского университета Питер Форстер (Peter Forster). — Мы использовали математический сетевой алгоритм для визуализации всех вероятных деревьев одновременно. Эти методы обычно используются для реконструкции доисторических миграций человека по ДНК. Мы считаем, что это первый раз, когда они использованы для отслеживания путей заражения коронавирусом, таким как SARS-CoV-2 <...> Вирусная сеть, которую мы подробно описали, является снимком ранних стадий эпидемии, до того как эволюционные пути COVID-19 были затемнены огромным количеством мутаций. Это как поймать зарождающуюся сверхновую в действии».
Питер Форстер и его коллеги использовали геномы вируса SARS-CoV-2, отобранные по всему миру в период с 24 декабря 2019 года по 4 марта 2020 года. Они обнаружили, что наиболее генетически близкий к коронавирусу летучих мышей вирус SARS-CoV-2 типа A присутствовал в городе Ухань, но, что удивительно, не был самым распространенным типом вируса в городе. Ученые считают, что именно вирус А вызвал первичную вспышку заболевания. Мутантные варианты типа А обнаружены у американцев и австралийцев.
Вирус B произошел от А после двух мутаций, а вирус C, в свою очередь, оказался потомком вируса B. Наиболее частый в Ухани тип B распространен и среди пациентов из остальных регионов Восточной Азии, но без существенных мутаций не продвигается за ее пределы. Вариант C оказался основным в Европе. Он обнаружен у ранних пациентов из Франции, Италии, Швеции и Англии. Он отсутствует в образцах, полученных из материкового Китая, однако отмечен в Сингапуре, Гонконге и Южной Корее.
Метод генетической сети, используемый учеными, позволяет точно отслеживать пути заражения по характерным мутациям вируса. Новый анализ показывает, что одно из ранних проникновений вируса в Италию произошло через первого документально подтвержденного немецкого пациента 27 января. Еще один ранний путь проникновения вируса в Италию связан с сингапурским кластером. «Анализ филогенетической сети может помочь выявить недокументированные источники инфекции COVID-19, которые затем могут быть помещены в карантин для сдерживания дальнейшего распространения заболевания по всему миру», — говорит Питер Форстер.
Исследование опубликовано в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
